Ito ang command correct_abundances na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
correct_abundances - patakbuhin ang hakbang sa pagwawasto ng pagkakatulad ng genome abundance
SINOPSIS
tama_kasaganaan NAMES
DESCRIPTION
Patakbuhin ang hakbang sa pagwawasto ng pagkakatulad.
Tandaan: Bagama't posibleng patakbuhin ang mga read mapper sa pamamagitan ng kamay o lumikha ng pagkakatulad
matrix nang manu-mano, lubos naming inirerekumenda na gamitin ang ibinigay na mga script ng Python na 'run_mappers.py'
at 'create_similarity_matrix.py'.
Opsyon
NAMES: Filename ng mga pangalan ng file; ang plain text names file ay dapat maglaman ng isang pangalan bawat
linya. Ang pangalan ay ginagamit bilang identifier sa buong algorithm.
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-m SMAT, --similarity-matrix=SMAT
Path sa similarity matrix file. Ang pagkakatulad matrix ay dapat na nilikha na may pareho
NAMES file. [default: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=Sam
Pattern na tumuturo sa mga SAM file na ginawa ng mapper. Placeholder para sa pangalan
ay "%s". [default: ./SAM/%s.sam]
-b BOOT, --bootstrap-sample=bOOT
Itakda ang bilang ng mga sample ng bootstrap. Gumamit ng 1 upang huwag paganahin ang bootstrap [default: 100]
-o LABAS, --output=SA
Plain text output file na naglalaman ng mga resulta. [default: ./results.txt]
Gumamit ng correct_abundances online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net