Ito ang command na cpgplote na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
cpgplot - Kilalanin at i-plot ang mga isla ng CpG sa (mga) nucleotide sequence
SINOPSIS
cpgplot -pagkakasunod-sunod seqall -bintana kabuuan -minlen kabuuan -minoe lumutang -minpc lumutang
-outfile outfile -plot toggle -graph xygraph -obsexp boolean -cg boolean
-pc boolean -pagkatalo featout
cpgplot -tulong
DESCRIPTION
cpgplot ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group ng "Nucleic:CpG Islands".
Opsyon
input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall
Kailangan seksyon
-bintana kabuuan
Ang porsyento ng nilalaman ng CG at ang Naobserbahang dalas ng CG ay kinakalkula sa loob ng a
window na ang laki ay itinakda ng parameter na ito. Ang window ay inilipat pababa sa pagkakasunud-sunod at
ang mga istatistikang ito ay kinakalkula sa bawat posisyon kung saan inilipat ang window. Default
halaga: 100
-minlen kabuuan
Itinatakda nito ang pinakamababang haba na dapat maging isang isla ng CpG bago ito maiulat.
Default na halaga: 200
-minoe lumutang
Itinatakda nito ang pinakamababang average na naobserbahan sa inaasahang ratio ng C plus G sa CpG sa isang set
ng 10 bintana na kinakailangan bago maiulat ang isang isla ng CpG. Default na halaga: 0.6
-minpc lumutang
Itinatakda nito ang pinakamababang average na porsyento ng G plus C isang set ng 10 window na
kinakailangan bago iulat ang isang isla ng CpG. Default na halaga: 50.
Pagbubuhos seksyon
-outfile outfile
Itinatakda nito ang pangalan ng file na may hawak na ulat ng pangalan ng sequence ng input, CpG
mga parameter ng isla at ang mga detalye ng output ng anumang mga isla ng CpG na matatagpuan.
-plot toggle
Default na halaga: Y
-graph xygraph
-obsexp boolean
Kung ito ay nakatakda sa true, ang graph ng naobserbahan sa inaasahang ratio ng C plus G sa
CpG sa loob ng isang window ay ipinapakita. Default na halaga: Y
-cg boolean
Kung ito ay nakatakda sa true, ang graph ng mga rehiyon na natukoy na
Ang mga isla ng CpG ay ipinapakita. Default na halaga: Y
-pc boolean
Kung ito ay nakatakda sa true, ang graph ng porsyento ng C plus G sa loob ng isang window ay
ipinapakita. Default na halaga: Y
-pagkatalo featout
File para sa mga feature ng output
Gumamit ng cpgplote online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
