daligner - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

daligner - long read aligner

SINOPSIS

daligner [-vbAI][-kint(14)] [-wint(6)] [-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edoble(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msubaybayan]+ paksa:db|dam target:db|dam ...

DESCRIPTION

Ihambing ang mga pagkakasunud-sunod sa na-trim paksa harangan laban sa mga nasa listahan ng target bloke
naghahanap ng mga lokal na pagkakahanay na kinasasangkutan ng hindi bababa sa -l base pairs (default 1000) o higit pa,
na may average na rate ng ugnayan ng -e (default 70%). Nahanap ang mga lokal na pagkakahanay
ay magiging output sa isang kalat-kalat na pag-encode kung saan ang isang trace point sa alignment ay naitala bawat
-s batayang pares ng a-read (default na 100bp). Ang mga nabasa ay inihambing sa parehong oryentasyon at
Ang mga lokal na pagkakahanay na nakakatugon sa pamantayan ay output sa isa sa ilang nilikhang mga file na inilarawan
sa ibaba. Ang -v Ino-on ng opsyon ang isang verbose reporting mode na nagbibigay ng mga istatistika sa bawat isa
pangunahing hakbang ng pagkalkula.

Ang mga pagpipilian -k, -h, at -w kontrolin ang paunang paghahanap ng pagsasala para sa mga posibleng tugma
sa pagitan ng mga nabasa. Sa partikular, ang aming search code ay naghahanap ng isang pares ng diagonal na mga banda ng lapad
2^w (default 2^6 = 64) na naglalaman ng koleksyon ng eksaktong tugmang k-mers (default 14)
sa pagitan ng dalawang reads, na ang kabuuang bilang ng mga base na sakop ng k-mer hits ay h
(default 35). Ang k ay hindi maaaring mas malaki sa 32 sa kasalukuyang pagpapatupad. Kung ang -b opsyon
ay nakatakda, pagkatapos ay ang daligner ipinapalagay na ang data ay may malakas na bias sa komposisyon (hal. >65% AT
rich), at sa halaga ng kaunting oras, dynamic na inaayos ang mga laki ng k-mer depende sa
compositional bias, upang ang mga mers na ginamit ay may mabisang pagtitiyak na 4^k.

Kung mayroong isa o higit pang mga interval track na tinukoy kasama ng -m opsyon, pagkatapos ay ang mga nabasa ng
ang DB o DB kung saan nalalapat ang maskara ay malambot na nakamaskara sa pagsasama ng mga pagitan
sa lahat ng mga interval track na nalalapat, iyon ay anumang k-mers na naglalaman ng anumang mga base sa alinman sa
ang mga naka-mask na pagitan ay binabalewala para sa mga layunin ng seeding ng isang tugma. Isang interval track
ay isang track, tulad ng "dust" track na nilikha ng DBdust, na nag-encode ng isang hanay ng mga pagitan
sa alinman sa hindi pinutol o na-trim na DB.

Palagi, ang ilang k-mer ay labis na kinakatawan (hal., homopolymer run).
Ang mga k-mer na ito ay lumilikha ng labis na bilang ng mga tumutugmang pares ng k-mer at kung hindi ito matutugunan ay gagawin
maging sanhi ng daligner na umapaw ang magagamit na pisikal na memorya. Ang isang paraan upang harapin ito ay ang
tahasang itinakda ang -t parameter na pinipigilan ang paggamit ng anumang k-mer na nangyayari nang higit pa
kaysa t beses sa paksa o target na bloke. Gayunpaman, isang mas mahusay na paraan upang mahawakan ang
sitwasyon ay upang hayaan ang programa na awtomatikong pumili ng isang halaga ng t na nakakatugon sa isang ibinigay
limitasyon sa paggamit ng memory na tinukoy (sa Gb) ng -M parameter. Bilang default daligner gagamitin
ang dami ng pisikal na memorya bilang pagpipilian para sa -M. Kung gusto mong gumamit ng mas kaunti, sabihin ang 8Gb lang
sa isang 24Gb HPC cluster node dahil gusto mong magpatakbo ng 3 daligner mga trabaho sa node, pagkatapos
tukuyin -M8. Tinutukoy -M0 karaniwang nagpapahiwatig na hindi mo gusto daligner sa sarili
ayusin ang pagsugpo sa k-mer upang magkasya sa loob ng isang naibigay na halaga ng memorya.

Para sa bawat paksa, i-target ang pares ng mga bloke, sabihin X at Y, ang programa ay nag-uulat ng mga pagkakahanay kung saan
ang a-read ay nasa X at ang b-read ay nasa Y, at vice versa. Gayunpaman, kung ang -A Ang opsyon ay
set ("A" para sa "asymmetric") pagkatapos ay magkakapatong lang kung saan ang a-read ay nasa X at ang b-read ay
sa Y ay iniulat, at kung X = Y, pagkatapos ay iuulat lamang ang mga magkakapatong kung saan ang
a-read index ay mas mababa kaysa sa b-read index. Sa alinmang kaso, kung ang -I nakatakda ang opsyon ("I"
para sa "pagkakakilanlan") pagkatapos ay kapag X = Y, magkakapatong sa pagitan ng iba't ibang bahagi ng parehong read ay
mahahanap at maiulat din.

Ang bawat nahanap na pagkakahanay ay naitala bilang -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- kung saan ang a at b ay ang
mga indeks (sa trimmed DB) ng mga read na nagsasapawan, o nagpapahiwatig kung ang b-read ay
mula sa pareho o kabaligtaran na strand, at ang [ab,ae] at [bb,be] ay ang mga pagitan ng a at bo,
ayon sa pagkakabanggit, na align. Inilalagay ng programa ang mga talaan ng pagkakahanay na ito sa mga file na may pangalan
ay nasa anyong XY[C|N]#.las kung saan ang C ay nagpapahiwatig na ang mga b-read ay kinukumpleto at N
ay nagpapahiwatig na sila ay hindi (parehong mga paghahambing ay ginanap) at # ay ang thread na nakita
at isinulat ang koleksyon ng mga pagkakahanay na nakapaloob sa file. Iyon ang file
Ang XYO#.las ay naglalaman ng mga alignment na ginawa ng thread # kung saan ang a-read ay mula sa X at
ang b-read ay mula sa Y at nasa oryentasyong O. Ang utos daligner -A X Y gumagawa ng 2*NTHREAD
thread files XY?.las at daligner X Y gumagawa ng 4*NTHREAD file XY?.las at YX?.las
(maliban X=Y kung saan ang mga NTHREAD file lang, XX?.las, ang ginawa).

Sa pamamagitan ng default, daligner inihahambing ang lahat ng mga overlap sa pagitan ng mga nabasa sa database na mas malaki
kaysa sa minimum na cutoff na itinakda noong nahati ang mga DB o DB, karaniwang 1 o 2 Kbp. gayunpaman,
gusto lang ng HGAP assembly pipeline na itama ang malalaking reads, sabihing 8Kbp o higit pa, at iba pa
kailangan lamang ng mga overlap kung saan ang a-read ay isa sa mga malalaking reads. Sa pamamagitan ng pagtatakda ng -H
parameter para sabihing N, binabago ng isa daligner upang ang mga ulat lamang ay magkakapatong kung saan ang a-read
ay higit sa N base-pares ang haba.

Habang ang mga setting ng default na parameter ay mabuti para sa raw na data ng Pacbio, daligner ay maaaring magamit
para sa mahusay na paghahanap ng mga pagkakahanay sa mga naitama na nabasa o iba pang hindi gaanong maingay na mga nabasa. Para sa
halimbawa, para sa mga aplikasyon sa pagmamapa laban sa .dams, tumatakbo kami

daligner -k20 -h60 -e. 85

at sa mga naitama na nabasa, karaniwang tumatakbo kami

daligner -k25 -w5 -h60 -e. 95 -s500

at sa mga setting na ito ay napakabilis.

Gumamit ng daligner online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net