faidx - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

faidx - Kunin ang mga sequence mula sa FASTA

SINOPSIS

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--bersyon] mabilis
[rehiyon [rehiyon ...]]

DESCRIPTION

Kunin ang mga sequence mula sa FASTA. Kung walang tinukoy na mga rehiyon, ang lahat ng mga entry sa input file ay
ibinalik. Ang input na FASTA file ay dapat na pare-parehong line-wrapped, at line wrapping ng output
ay batay sa mga haba ng linya ng input.

Opsyon

Posisyon argumento
fasta FASTA file

rehiyon
space separated regions of sequence to fetch eg chr1:1-1000

Opsyonal argumento
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

-b kama, --kama BED
bed file ng mga rehiyon

-o LABAS, --labas SA
pangalan ng file ng output (default: stdout)

-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}, --magbago
{bed,chromsizes,nucleotide,transposed}
baguhin ang mga hiniling na rehiyon sa ibang format. default: Wala

-c, --complement
umakma sa pagkakasunod-sunod. default: Mali

-r, --baligtad
baligtarin ang pagkakasunod-sunod. default: Mali

-n, --walang mga pangalan
alisin ang mga pangalan ng sequence mula sa output. default: Mali

-f, --buong-pangalan
buong pangalan ng output kasama ang paglalarawan. default: Mali

-x, --split-files
isulat ang bawat rehiyon sa isang hiwalay na file (ang mga pangalan ay nagmula sa mga rehiyon)

-l, --tamad
punan --default-seq para sa mga nawawalang hanay. default: Mali

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
default na base para sa mga nawawalang posisyon at masking. default: N

-d DELIMITER, --delimiter DELIMITER
delimiter para sa paghahati ng mga pangalan sa maramihang mga halaga (ang mga dobleng pangalan ay magiging
itinapon). default: Wala

-g REGEX, --regex REGEX
regular na expression para sa pag-filter ng hindi tumutugmang mga pangalan ng sequence. default: .*

-m, --mask-na may-default-seq
i-mask ang FASTA file gamit ang --default-seq default: Mali

-M, --mask-by-case
i-mask ang FASTA file sa pamamagitan ng pagbabago sa lowercase. default: Mali

--bersyon
i-print ang numero ng bersyon ng pyfaidx

Gumamit ng faidx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net