Ito ang command na gbrowse na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
GBrowse2 - Ang Generic Genome Browser
SINOPSIS
libgbrowse-perl [-h]
INSTALL
Kung naka-install ang Apache2 sa system, na-configure ito ng software upang i-link ang mga URL sa
Mga direktoryo ng GBrowse. Ang pag-restart ng Apache ay kinakailangan upang isaalang-alang ito.
Available ang configuration sa /etc/gbrowse2/apache2.conf file.
Kung gumamit ng ibang web server, dapat sumangguni sa template ng apache2 upang i-map ang mga url
sa parehong paraan
MGA DEPENDENSIYA
Ang mga karagdagang opsyonal na dependency ng perl ay umiiral upang magbigay ng mga karagdagang feature. Mangyaring sumangguni
sa Opsyonal na mga module sa INSTALL na file para sa higit pang impormasyon.
Configuration
gbrowse2 Ang mga configuration file ay matatagpuan sa /etc/gbrowse. Ang pangunahing configuration file ay
GBrowse.conf. Naglalaman ito ng mga pandaigdigang elemento ng pagsasaayos. Mga partikular na configuration file
ay matatagpuan sa parehong direktoryo sa bawat data bank. Para sa higit pang mga detalye, dapat sumangguni sa
Dokumentasyon ng GBrowse.
Ang pag-install ay binibigyan ng sample ng Yeast genome.
DESCRIPTION
Ang GBrowse ay isang simple ngunit mataas
na-configure na web-based na genome browser. Ito ay isang bahagi ng
Generic Model Organism Systems Database project (GMOD).
Ilan sa mga tampok nito:
* Sabay-sabay na bird's eye at mga detalyadong view ng genome;
* Mag-scroll, mag-zoom, center;
* Maglakip ng mga arbitrary na URL sa anumang anotasyon;
* Ang pagkakasunud-sunod at hitsura ng mga track ay nako-customize ng administrator at
end-user;
* Maghanap sa pamamagitan ng annotation ID, pangalan, o komento;
* Sinusuportahan ang annotation ng third party gamit ang mga format ng GFF;
* Nagpapatuloy ang mga setting sa mga session;
* Mga dump ng DNA at GFF;
* Pagkakakonekta sa iba't ibang mga database, kabilang ang BioSQL at Chado;
* Suporta sa maraming wika;
* Naglo-load ng tampok na third-party;
* Nako-customize na arkitektura ng plug-in (hal. magpatakbo ng BLAST, dump at mag-import ng marami
mga format, maghanap ng mga oligonucleotides, magdisenyo ng mga panimulang aklat, lumikha ng mga mapa ng paghihigpit,
i-edit ang mga tampok).
WEB ACCESS
Maa-access ang GBrowse sa URL http://localhost/gbrowse2
Gamitin ang gbrowse online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
