genome-music-bmr-calc-wig-covgp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

genome music bmr calc-wig-covg - Bilangin ang mga sakop na base per-gene para sa bawat binigay na wiggle track
format ng file.

VERSION

Inilalarawan ng dokumentong ito ang genome music bmr calc-wig-covg version 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

SINOPSIS

genome music bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

Pangkalahatang paggamit:

... musika bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

KAILANGAN MGA PANGANGATWIRANG

roi-file teksto
Tab-delimited na listahan ng mga ROI [chr start stop gene_name] (Tingnan ang Paglalarawan)

reference-sequence teksto
Path sa reference sequence sa FASTA na format

listahan ng peluka teksto
Tab-delimited na listahan ng mga WIG file [sample_name wig_file] (Tingnan ang Paglalarawan)

output-dir teksto
Direktoryo kung saan isusulat ang mga output file at subdirectory

DESCRIPTION

Ang script na ito ay nagbibilang ng mga base na may sapat na saklaw sa mga ROI ng bawat gene mula sa ibinigay
i-wiggle ang mga file ng format ng track, at ikategorya ang mga ito sa - mga bilang ng AT, CG (hindi CpG), at CpG.
Idinaragdag din nito ang mga base-count na ito sa lahat ng ROI ng bawat gene para sa bawat sample, ngunit
Ang mga sakop na base na nasa loob ng mga overlapping na ROI ay hindi binibilang nang higit sa isang beses patungo
ang kabuuang bilang na ito.

MGA PANGANGATWIRANG

--roi-file
Ang mga rehiyon ng interes (ROI) ng bawat gene ay karaniwang mga rehiyon na naka-target para sa
sequencing o pinagsamang exon loci (mula sa maraming transcript) ng mga gene na may 2-bp
flanks (splice junctions). Para sa mga bilang ng base sa bawat gene, magkakaroon ng magkakapatong na base
binibilang sa tuwing lumilitaw ito sa isang ROI ng parehong gene. Upang maiwasan ito, siguraduhing
pagsamahin ang magkakapatong na ROI ng parehong gene. Maaaring makatulong ang mergeBed ng BEDtools kung gagamitin
bawat gene.
--reference-sequence
Ang reference sequence sa FASTA na format. Kung ang isang reference sequence index ay hindi natagpuan
sa tabi ng file na ito (isang .fai file), ito ay gagawin.
--wig-list
Magbigay ng file na naglalaman ng mga sample na pangalan at mga lokasyon ng file ng format ng wiggle track
bawat isa. Gamitin ang tab-delimited na format na [sample_name wig_file] bawat linya. Mga karagdagang column
tulad ng klinikal na data ay pinapayagan, ngunit hindi pinansin. Ang sample_name ay dapat na kapareho ng
mga pangalan ng sample ng tumor na ginamit sa MAF file (ika-16 na column, kasama ang header
Tumor_Sample_Barcode).
--output-dir
Tumukoy ng direktoryo ng output kung saan gagawin/isusulat ang sumusunod: roi_covgs:
Subdirectory na naglalaman ng per-ROI na sakop na mga base count para sa bawat sample. gene_covgs:
Subdirectory na naglalaman ng per-gene covered base counts para sa bawat sample. total_covgs:
Ang file na naglalaman ng pangkalahatang hindi magkakapatong na mga saklaw sa bawat sample.

Gumamit ng genome-music-bmr-calc-wig-covgp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net