geom - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

geom - sinusuri ang isang molecular geometry input sa mga coordinate ng Cartesian.

DESCRIPTION

Ang programa geom nagbabasa ng isang set ng Cartesian coordinate at tinutukoy mula sa kanila ang bono
mga distansya (Bohr at angstrom), mga anggulo ng bono, mga anggulo ng torsional, mga anggulo sa labas ng eroplano
(opsyonal), mga sandali ng pagkawalang-galaw, at mga pare-parehong umiikot.

MGA FILE KAILANGAN

input.dat - Input na file
at isa sa mga sumusunod:
geom.dat - geometry file
file11.dat - PSI-format geometry/gradient file

MGA FILE NABUO

geom.out - file na naglalaman ng pagsusuri

INPUT Opsyon

Ang geom Ang programa ay may mga sumusunod na pagpipilian:

-h I-print ang impormasyon ng tulong (mga opsyong ito).

-aces [filename]
Basahin ang input sa isang ACES output format, na ang bawat linya ay binubuo ng atomic
simbolo, atomic number, at Cartesian coordinate (sa Bohr). Ang opsyonal na argumento
ay ang pangalan ng geometry input file, na nagde-default sa geom.dat.

-qchem [filename]
Basahin ang input sa isang QCHEM output format, na ang bawat linya ay binubuo ng atom
numero, ang simbolo ng atom, at mga coordinate ng Cartesian (sa Angstroms). Ang opsyonal
argument ay ang pangalan ng geometry input file, na nagde-default sa geom.dat.

-xyz [filename]
Basahin ang input sa isang XYZ output format. Ang unang linya ay naglalaman ng bilang ng
atoms at ang pangalawang linya ay isang linya ng komento. Ang mga kasunod na linya ay naglalaman ng bawat isa ng
simbolo ng atom at mga coordinate ng Cartesian XY at Z (sa Angstroms). Ang opsyonal
argument ay ang pangalan ng geometry input file, na nagde-default sa geom.dat.

-oop Mag-print ng mga anggulo sa labas ng eroplano, kung saan ang anggulo abcd ay tinukoy bilang anggulong nabuo
ng vector ad at ang eroplanong tinukoy ng mga atom b, c, at d.

DO_OOP = boolean
Pareho sa command-line switch -oop na inilarawan sa itaas.

ISOTOPES = matris of reals/strings
Ginagamit upang tukuyin ang mga masa na gagamitin sa pagkalkula ng sentro ng masa at
rotational constants. Isang array ang ibinibigay para sa bawat isotopomer na kalkulahin.
Ang mga array ay maaaring maghalo ng mga floating point na numero sa mga string na tumutukoy sa isotopes.
Kung ang array na ito ay hindi ibinigay at ang file11.dat ay naroroon, kung gayon ang masa ay magiging
nakuha sa pamamagitan ng pag-convert ng mga atomic number sa file11. Kung ang mga misa ay hindi ibinigay ng
ISOTOPES o sa pamamagitan ng file11, pagkatapos ay walang mass-related na dami na kakalkulahin.

-g [filename]
Basahin ang mga coordinate ng Cartesian mula sa isang file maliban sa file11.dat. Kung ang isang filename ay hindi
ibinigay, ang default ay geom.dat. Ang alternatibong file ay ipinapalagay na nasa isang format
katulad ng geom.dat ng PSI. Dahil ang mga nasabing file ay hindi naglalaman ng mga atomic na numero,
ang mga sandali ng inertia at rotational constants ay hindi kinakalkula kung ang pagpipiliang ito
Ginagamit.

READ_GEOM = boolean
Ang pagpipiliang ito sa input.dat ay nagsasabi geom para basahin ang geometry mula sa geom.dat sa PSI
geom.dat na format.

-a I-print ang mga parameter para sa lahat ng distansya ng pares.

PRINT_ALL_DIST = boolean
Kapareho ng -isang watawat na inilarawan sa itaas.

-d layo
I-print lamang ang mga parameter na kinasasangkutan ng mga pares ng mga atom na mas mababa sa layo bohr
magkahiwalay (ang default na halaga ay 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = halaga
Kapareho ng -d flag na inilarawan sa itaas.

-angstrom
Ang input coordinates ay nasa angstroms, hindi bohr.

ANGSTROM = boolean
If TRUE, ang input coordinates ay nasa angstroms sa halip na bohr. Ang default ay
FALSE.

Ang sumusunod na halimbawa ay para sa pagkalkula ng geometrical na impormasyon para sa tubig na may
ilang iba't ibang isotopes. Binabasa ang geometry mula sa geom.dat sa halip na mula sa
file11.dat.

geom :(
read_geom = totoo
isotopes = (
(OHH)
(ODD)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 Hunyo, 1998 geom(1)

Gumamit ng geom online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net