gff2aplot - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gff2aplot - Pag-convert ng mga GFF file para sa pairwise alignment sa PostScript.

SINOPSIS

gff2aplot [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

Ang manu-manong pahinang ito ay nagdodokumento ng maikling gff2aplot utos.

gff2aplot ay isang program na kumukuha ng puno ng kulay na alignment plots mula sa mga GFF file para doon
pagkakahanay at dalawang sequence na anotasyon.

Opsyon

Ang isang double dash sa sarili nitong "--" ay nagpapahiwatig ng pagtatapos ng mga opsyon at pagsisimula ng mga pangalan ng file (kung
kasalukuyan). Maaari kang gumamit ng isang gitling "-" bilang STDIN placeholder. Magagamit na mga opsyon at a
maikling paglalarawan ay nakalista dito:

-h, - Tumulong
Ipakita ang buod ng mga opsyon.

--bersyon
Ipinapakita ang kasalukuyang bersyon at paglabas.

-sa, --verbose
Verbose mode, ang isang buong ulat ay ipinadala sa karaniwang error (default ay nakatakda sa pagpapakita
mga BABALA lamang).

-V, --logs-filename
Ang ulat ay isinulat sa isang log file.

-q, --tahimik
Tahimik na mode, huwag magpakita ng anumang mensahe/babala sa karaniwang error (pag-uulat lamang
MGA MALI).

-p, --laki ng pahina
Pagtatakda ng laki ng pahina sa mga paunang natukoy na tingnan sa ibaba para sa isang listahan ng magagamit na pahina
mga format).

--margin-kaliwa

--margin-kanan

--margin-top

--margin-ibaba
Ang pagtatakda ng margin ng bawat pahina sa . Kung walang ibinigay na mga yunit, ipinapalagay ang mga puntos,
maaari kang gumamit ng mga puntos, milimeter, sentimetro o pulgada (pt, mm, cm o in,
ayon sa pagkakabanggit).

-B, --kulay ng background
Kulay ng background.

-F, --foreground-kulay
Kulay ng harapan.

-T, --pamagat
Pagtukoy sa pamagat ng plot.

-t, --subtitle
Pagtukoy sa subtitle ng plot.

-X, --x-label
Pagtukoy sa X-axis label.

-Y, --y-label
Pagtukoy sa label ng Y-axis.

-L, --percent-box-label
Pagtukoy sa label ng percent-box.

-l, --extra-box-label
Pagtukoy sa Extra-Box Label.

-x, --x-sequence-coords

-S, --start-x-sequence
Itinatakda ang X-sequence na unang nucleotide.

- Eh, --end-x-sequence
Itinatakda ang X-sequence na huling nucleotide.

-y, ---y-sequence-coords

-oo, --start-y-sequence
Itinatakda ang Y-sequence na unang nucleotide.

-e, --end-y-sequence
Itinatakda ang Y-sequence na huling nucleotide.

--x-sequence-zoom

--y-sequence-zoom

-Z, --zoom [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Ang opsyong ito ay nag-zoom sa isang lugar na iyong pinili gamit ang -S,-E,-s,-e (lahat ng 4 ay opsyonal).

-z, --zoom-lugar [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Ang opsyong ito ay nagmamarka ng zoom area sa iyong plot, ngunit hindi gumagawa ng zoom.

-A, --alignment-pangalan
Pagtukoy kung aling alignment ang ilalagay kung mayroon kang higit sa isang alignment
sa gff input mo.

-N, --x-sequence-name
Pagtukoy kung aling sequence ang ilalagay sa X-axis.

-n, --y-sequence-name
Pagtukoy kung aling sequence ang ilalagay sa Y-axis.

-r, --aplot-xy-noteq
Bilang default, ang mga X at Y axes ay may parehong haba, hindi pinapagana ng opsyong ito ang ganoong gawi, kaya ang X
at ang Y sequence ay magkakaroon ng mga axes-length na proporsyonal sa kanilang mga haba ng nucleotide.

-R, --xy-axes-scale <X/Y ratio>
Ang pagpipiliang ito ay nagpapahintulot sa isa na magtakda ng ibang sukat sa pagitan ng mga haba ng X at Y axes (sa pamamagitan ng
ang default ay '1'). Sa ibaba ng 1 value, mas malaki ang Y kaysa X, at mas malaki sa 1 ang resulta sa
nagiging mas malaki ang X kaysa sa Y. # Dapat ipaliwanag nang mas mahusay.

-W, --aln-scale-width
Pag-scale ng marka sa lapad para sa mga linya ng Aplot.

-w, --aln-scale-color
Pag-scale ng marka sa kulay para sa mga linya ng Aplot.

-K, --show-ribbons
Force Ribbons para sa lahat ng feature sa axes na maging: (N)one, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth.

-G, --show-grid
Ini-switch ang 'on' grid (default ay 'off').

-g, --hide-grid
Inililipat ang 'off' na grid (kung naka-on mula sa mga file sa pag-customize).

-ako, --ipakita-porsiyento-kahon
Ini-switch 'on' ang Porsyento na kahon (default ay 'off').

-ako, --itago-porsiyento-kahon
Ini-switch ang 'off' na Percent box (kung nakatakda sa 'on' sa mga custom na file).

-O, --ipakita ang dagdag na kahon
I-switch 'on' Extra box (default ay 'off').

-o, --itago-dagdag-kahon
I-switch 'off' Extra box (kung nakatakda sa 'on' sa mga custom na file).

-D, --aplot-box-kulay
I-aplot ang kulay ng background ng pangunahing kahon.

-d, --porsiyento-kahon-kulay
Porsiyento na kulay ng background ng kahon.

-b, --extra-box-kulay
Dagdag na kulay ng background ng kahon.

--walang babala
I-off ang mga babala na maaaring lumabas sa huling PostScript figure kapag X sequence,
Nawawala ang data ng input ng Y sequence at/o alignment.

-a, --itago ang mga kredito
I-off ang linya ng credits ng gff2aplot sa plot.

--debug
Pag-uulat ng mga variable na nilalaman kapag sinusubukan ang programa. Nangangailangan ng file ng ulat ng log na iyon
na-activate din ang opsyon.

--layout-var ' '

--sequence-var ' '

--source-var ' '

--strand-var ' '

--group-var ' '

--feature-var ' '
Naglo-load ng isang feature/group/strand/source/sequence/layout customization variable mula sa
command-line. Maaari kang magtakda ng ilang variable sa pamamagitan ng pag-uulit ng alinman sa mga opsyong ito,
ibig sabihin:
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-C, --custom-filename
Nilo-load ang mga parameter ng pag-customize mula sa isang naibigay na file (kung default na ".gff2aplotrc"
ang umiiral ay na-load bago ito).

Iyan ang mga kulay na tinukoy sa gff2aplot:
+ Mga Default na Kulay: itim na puti.
+ Palette ng Kulay:
gray pink magenta violet blue skyblue cyan seagreen
berde limeberde dilaw orange pula kayumanggi
Maaari kang makakuha ng hanggang siyam na kulay na kulay mula sa Variable Colors na may "verydeep",
Mga prefix na "malalim", "madilim", "madilim", "liwanag", "napakaliwanag", "maputla" at "napakaputla",
bilang halimbawa:
verydeepblue, deepblue, verydarkblue, darkblue, blue, lightblue, verylightblue,
maputlang asul at napakamaputla.
+ Mga dinamikong kulay: gradient rainbow.

Available ang mga sumusunod na laki ng pahina: mula A0 hanggang A10, mula B0 hanggang B10, 10x14,
executive, folio, ledger, legal, letter, quarto, statement at tabloid.

Kapaligiran MGA VARIABLE

Mayroong dalawang environment variable na maaaring itakda ng mga user sa kanilang mga kagustuhan:
+ Maaari mong tukuyin ang landas kung saan mahahanap ng gff2aplot ang mga default na file na may shell
variable na "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". Ang default na halaga ay ang landas kung saan ka tumatakbo
gff2aplot.
+ Maaari mo ring tukuyin ang default na custom na filename na magugustuhan mo sa variable
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", default filename ng program para sa custom na file ay ".gff2aplotrc".
+ Ngayon ang gff2aplot ay hindi na kailangang magsulat ng anumang pansamantalang file, upang ang mga nakaraang bersyon
hindi na ginagamit ang default na pansamantalang directory path variable ("GFF2APLOT_TMP").
+ Pagtatakda ng mga vars sa Bourne-shell at C-shell:
o Paggamit ng Bourne-Shell (hal. bash):
i-export ang GFF2APLOT_CUSTOMPATH="path" i-export ang GFF2APLOT_CUSTOMFILE="file_name"
o Paggamit ng C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "path" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "file_name"

Gamitin ang gff2aplot online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net