Ito ang command na gff2ps na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gff2ps - Gumagawa ng PostScript graphical na output mula sa mga GFF-file.
SINOPSIS
gff2ps [mga opsyon] -- gff_files
DESCRIPTION
Ang program na ito ay kumukuha ng mga DotPlot na puno ng kulay mula sa mga file na may mga field ng data na naka-format sa gff. Ang
kinukuha ng program bilang input ang mga annotated na feature sa isang genomic sequence sa GFF na format, at
gumagawa ng visual na output sa PostScript.
Opsyon
-h Ipakita ang buod ng mga opsyon.
-H
Ipinapakita lamang ang tulong para sa tinukoy na opsyon.
-V Verbose mode, ang isang buong ulat ay ipinapadala sa karaniwang error (default lang ang nagpapadala
Mga Babala).
-v Silent mode: I-disable ang lahat ng babala, walang mensaheng ipinadala sa karaniwang error.
-d Isulat (o isulat muli kung mayroon) default na customfile.
-D
Gumawa ng bagong default na customfile gamit ang ibinigay na filename.
-C
I-load ang ibinigay na custom na file at idagdag sa default na custom na file (.gff2psrc).
-s
Kapaki-pakinabang upang baguhin ang laki ng pahina (default ay a4).
-p Inilipat ang oryentasyon ng page sa Portrait (default ay Landscape).
-G
Nagtatakda ng kulay para sa FOREGROUND (default ay itim).
-g
Nagtatakda ng kulay para sa BACKGROUND (default ay puti).
-P <#> Itinatakda kung gaano karaming mga pahina ang kinakailangan upang hatiin ang iyong output (ang default ay isa).
-S <#> Mag-zoom muna ng nucleotide (default ay sequence origin).
-E <#> I-zoom ang huling nucleotide (default ay haba ng pagkakasunud-sunod).
-B <#> Nagtatakda ng mga bloke bawat pahina (ang default ay isa).
-N <#> Nagtatakda ng mga nucleotide bawat linya (ang default ay ang pinakamalaking sequence position mula sa input gff-
mga file).
-b Bina-block mula kaliwa hanggang kanan at mula sa itaas hanggang sa ibaba (ang default ay nasa itaas hanggang ibaba muna).
-L I-off ang Header (Lugar ng pamagat).
-T
Pagtukoy sa pamagat (default ay input gff filename).
-t
Pagtukoy sa subtitle (default ay wala).
-l Hindi nagpapakita ng page numbering.
-O Hindi nagpapakita ng petsa.
-o Hindi nagpapakita ng oras.
-M <#> Bilang ng mga pangunahing tickmark sa bawat linya (default 10).
-K <#> Major tickmarks scale sa mga nucleotides, ang default ay ang haba ng nucleotide para sa mga linya
hinati sa pangunahing numero ng tickmarks (tingnan ang opsyon -T).
-m <#> Bilang ng mga menor de edad na marka sa pagitan ng mga pangunahing marka (default 10).
-k <#> Ang maliit na sukat ng mga tickmark sa default ng mga nucleotide ay ang mga pangunahing sukat ng mga tickmark na hinati sa
minor tickmarks number (tingnan ang opsyon -t).
-w, -f I-off ang pagpapakita ng mga elemento ng forward-strand(Watson).
-c, -r I-off ang pagpapakita ng mga elemento ng reverse-strand(Crick).
-i I-off ang pagpapakita ng mga strand-independent na elemento.
-0
Nagtatakda ng kulay para sa frame na "0" (ang default ay asul).
-1 Nagtatakda ng kulay para sa frame na "1" (ang default ay pula).
-2 Nagtatakda ng kulay para sa frame na "2" (default ay berde).
-3 Nagtatakda ng kulay para sa frame "." (Ang default ay orange).
-n I-off ang mga label para sa mga posisyon ng elemento.
-a I-off ang linya ng CopyRight sa plot.
Kapaligiran MGA VARIABLE
Mayroong tatlong mga variable sa kapaligiran na maaaring itakda ng mga user sa kanilang mga kagustuhan:
+ Maaari mong tukuyin ang landas kung saan mahahanap ng GFF2PS ang mga default na file na may shell
variable na "GFF2PS_CFDIR". Ang default na value ay path kung saan ka nagpapatakbo ng GFF2PS.
+ Maaari mo ring tukuyin ang default na custom na filename na magugustuhan mo sa variable
"GFF2PS_CUSTOMFILE", default filename ng program para sa custom na file ay ".gff2psrc".
+ Ang GFF2PS ay kailangang magsulat ng ilang pansamantalang mga file sa isang direktoryo na may mga pahintulot para sa kasalukuyan
user na magbasa at magsulat. Ang default na landas ng pansamantalang direktoryo ay nakatakda sa "/ tmp /"pero kaya mo
magtalaga ng ibang pansamantalang path ng direktoryo gamit ang variable na "GFF2PS_TMP".
Ang pagtatakda ng mga vars sa Bourne-shell (bash):
i-export ang GFF2PS_CFDIR="path"
i-export ang GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name"
i-export ang GFF2PS_TMP="path"
Paggamit ng C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "path"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "path"
KOMENTARYO
* Ang mga tinukoy na kulay ay:
Pangunahing Kulay: itim na puti
Variable Colors: gray magenta violet blue skyblue cyan seagreen green lime green dilaw
orange na pula kayumanggi
Makakakuha ka ng limang color shades mula sa Variable Colors na may "verydark", "dark", "light" at
"verylight" prefix. Isang halimbawa: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
verylightseagreen
* Ang mga Laki ng Pahina ay tinukoy ay:
Mula A0 hanggang A10, mula B0 hanggang B10, 10x14, executive, folio, ledger, legal, letter, quarto,
pahayag at tabloid.
Gumamit ng gff2ps online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
