glam2 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

glam2 - Gapped Local Alignment ng mga Motif

SINOPSIS

glam2 [pagpipilian] alpabeto my_seqs.fa

Isang alpabeto maliban sa p or n ay binibigyang kahulugan bilang pangalan ng isang alphabet file.

DESCRIPTION

Ang GLAM2 ay isang software package para sa paghahanap ng mga motif sa mga sequence, karaniwang amino-acid o
mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide. Ang motif ay isang umuulit na pattern ng pagkakasunud-sunod: ang karaniwang mga halimbawa ay ang
TATA box at ang CAAX prenylation motif. Ang pangunahing pagbabago ng GLAM2 ay pinahihintulutan nito
pagsingit at pagtanggal sa mga motif.

Opsyon (DEFAULT MGA SETTING)

-h
Ipakita ang lahat ng mga opsyon at ang kanilang mga default na setting.

-o
Output file (stdout).

-r
Bilang ng alignment run (10).

-n
Tapusin ang bawat pagtakbo pagkatapos nitong maraming pag-ulit na walang pagpapabuti (10000).

-2
Suriin ang parehong mga hibla - pasulong at baligtad na pandagdag.

-z
Pinakamababang bilang ng mga sequence sa pagkakahanay (2).

-a
Minimum na bilang ng mga nakahanay na column (2).

-b
Pinakamataas na bilang ng mga nakahanay na column (50).

-w
Paunang bilang ng mga nakahanay na column (20).

-d
Dirichlet mixture file.

-D
Pagtanggal ng pseudocount (0.1).

-E
Walang-pagtanggal na pseudocount (2.0).

-I
Insertion pseudocount (0.02).

-J
Walang-insertion pseudocount (1.0).

-q
Timbang para sa generic versus sequence-set-specific na residue abundances (1e + 99).

-t
Paunang temperatura (1.2).

-c
Salik ng paglamig sa bawat n pag-ulit (1.44).

-u
Temperatura sa ibabang hangganan (0.1).

-p
I-print ang impormasyon ng pag-unlad sa bawat pag-ulit.

-m
Column-sampling moves sa bawat site-sampling move (1.0).

-x
Algorithm sa pag-sample ng site: 0=MABILIS 1=Mabagal 2=FFT (0).

-s
Binhi para sa mga pseudo-random na numero (1).

Gumamit ng glam2 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net