gmt-music-survivalp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmt music survival - Gumawa ng mga survival plot at P-values ​​para sa klinikal at mutational
mga phenotype.

VERSION

Inilalarawan ng dokumentong ito ang gmt music survival version 0.04 (2016-01-01 at 23:10:19)

SINOPSIS

gmt music survival --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... kaligtasan ng musika \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... kaligtasan ng musika \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... kaligtasan ng musika \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Lahi, Kasarian, TP53' \
--output-dir /path/output_directory

KAILANGAN MGA PANGANGATWIRANG

bam-list teksto
Listahan ng mga sample na pangalan na isasama sa pagsusuri. (Tingnan ang Paglalarawan)

output-dir teksto
Direktoryo kung saan isusulat ang mga output file

OPSYONAL MGA PANGANGATWIRANG

maf-file teksto
Listahan ng mga mutasyon sa MAF na format

laktawan-tahimik boolean
Laktawan ang silent mutations mula sa ibinigay na MAF file

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noskip-tahimik boolean
Gawing 'false' ang skip-silent

uri ng genetic-data teksto
Iugnay ang klinikal na data sa data ng antas ng "gene" o "variant".

Default na value na 'gene' kung hindi tinukoy

numeric-clinical-data-file teksto
Talaan ng mga sample (y) kumpara sa numeric na klinikal na kategorya ng data (x)

categorical-clinical-data-file teksto
Talaan ng mga sample (y) kumpara sa kategoryang klinikal na data na kategorya (x)

glm-clinical-data-file teksto
Mga klinikal na katangian, mutational profile, iba pang pinaghalong klinikal na data (Tingnan ang DESCRIPTION).

mga phenotypes-to-include teksto
Isama lang ang mga gene at/o phenotype na ito sa anlaysis. (COMMA-DELIMITED)

alamat-paglalagay teksto
Pumili ng isa sa 'bottomleft', 'topleft', 'topright', o 'bottomright'.

Default na value na 'bottomleft' kung hindi tinukoy

laktawan-non-coding boolean
Laktawan ang non-coding mutations mula sa ibinigay na MAF file

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noskip-non-coding boolean
Gawing 'false' ang skip-non-coding

DESCRIPTION

Ang utos na ito ay nagsasagawa ng pagsusuri sa kaligtasan at naglalagay ng mga curve ng kaligtasan para sa mutational data, bilang
pati na rin ang anumang mga klinikal na katangian ng interes tulad ng tinukoy sa pamamagitan ng --phenotypes-to-include input
parameter. Kasama sa mga pagsusuring ginawa ang Kaplan-Meier estimator na sinusundan ng Cox
Modelo ng Proportional Hazards. Kasama sa mga output para sa bawat gene/clinical na katangian na nasuri ang kaligtasan
curves, hazard ratio (na may confidence interval), at P-values ​​at FDR na naglalarawan sa
kahalagahan ng pagkakaiba sa pagitan ng mga nakaligtas at hindi nakaligtas.

Hinahanap ang lahat ng mga file ng klinikal na data para sa kinakailangang (case insensitive) na "vital_status"
at mga column na "days_to_last_followup" na ipinares sa mga phenotype sa pamamagitan ng mga sample ID para sa
pagsusuri sa kaligtasan ng buhay. Ang unang column ng lahat ng clinical data files ay DAPAT maglaman ng sample
Mga ID, katulad ng sa iba pang mga tool ng MuSiC. Bilang default, ginagawa ang pagsusuri sa bawat gene na naroroon
sa MAF. Opsyonal, ang pagsusuri ay maaaring limitado lamang sa mga partikular na gene sa pamamagitan ng paglilista ng mga ito
(comma delimited) pagkatapos ng --phenotypes-to-include input parameter. Survival analysis ay maaaring
isasagawa din sa iba pang mga column sa clinical data file sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga header ng column
sa listahan ng mga entry na tinukoy pagkatapos ng --phenotypes-to-include input parameter.

Narito ang ilang pangkalahatang guildeline para sa paglikha ng mga klinikal na data input file:

· Kinakailangan ang mga header.

· Ang unang column ng bawat clinical data file ay dapat maglaman ng mga sample ID na tumutugma sa mga iyon
sa parehong --bam-list at sa listahan ng variant ng MAF (sa MAF, ito ang
Tumor_Sample_Barcode column, partikular).

· Sa hindi bababa sa isa sa mga klinikal na data file input, mga column na may mga header na "vital_status"
at dapat umiral ang "days_to_last_followup" (case insensitive). Ang "vital_status" ay dapat
delineated ng 1's at 0's, kung saan ang 0 ay nagsasaad ng 'nabubuhay', at ang 1 ay nagsasaad ng 'namatay'.

Tandaan na ang lahat ng mga input file ay dapat na pinaghihiwalay ng tab.

MGA PANGANGATWIRANG

--bam-listahan
Magbigay ng file na naglalaman ng mga sample na pangalan at normal/tumor BAM na lokasyon para sa bawat isa. Gamitin
ang tab-delimited na format [sample_name normal_bam tumor_bam] bawat linya. Ang tool na ito lamang
kailangan ng sample_name, para malaktawan ang lahat ng iba pang column. Ang sample_name ay dapat ang
katulad ng mga pangalan ng sample ng tumor na ginamit sa MAF file (ika-16 na column, kasama ang header
Tumor_Sample_Barcode).

Gumamit ng gmt-music-survivalp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net