gmt-musicp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmt music - Mutational Significance in Cancer (Cancer Mutation Analysis)

VERSION

Inilalarawan ng dokumentong ito ang bersyon ng gmt music 0.04 (2016-01-01 sa 23:10:18)

SINOPSIS

gmt music...

DESCRIPTION

Ang MuSiC suite ay isang set ng mga tool na naglalayong tuklasin ang kahalagahan ng somatic
mga mutasyon na matatagpuan sa loob ng isang partikular na pangkat ng mga sample ng kanser, at may kinalaman sa iba't ibang uri ng
panlabas na pinagmumulan ng data. Ang mga karaniwang input na kinakailangan ay:

1. nakamapang mga nabasa sa BAM na format
2. hinulaang o na-validate ang mga SNV o indel sa mutation annotation format (MAF)
3. isang listahan ng mga rehiyon ng interes (karaniwang ang mga hangganan ng mga coding exon)
4. anumang nauugnay na numeric o kategoryang klinikal na data.

Ang mga format para sa mga input 3. at 4. ay:

3. File ng Mga Rehiyon ng Interes:
· Huwag gumamit ng mga header

· 4 na column, na [chromosome start-position(1-based) stop-position(1-based)
gene_name]

4. Mga File ng Data ng Klinikal:
· Kinakailangan ang mga header

· Hindi bababa sa 1 sample_id column at 1 attribute column, na may format
[sample_id clinical_data_attribute clinical_data_attribute ...]

· Dapat tumugma ang sample_id sa sample_id na nakalista sa MAF sa ilalim
"Tumor_Sample_Barcode" para sa pag-uugnay ng mga mutasyon ng sample na ito.

· Ang header para sa bawat clinical_data_attribute ay lalabas sa output file sa
tukuyin ang mga relasyon sa data ng mutation mula sa MAF.

Ang mga paglalarawan para sa paggamit ng bawat tool (bawat sub-command) ay matatagpuan nang hiwalay.

Ang maglaro pinapatakbo ng command ang lahat ng mga sub-command nang serial sa isang napiling set ng input.

SUB-COMMANDS

PANGKALAHATAN
bmr
Kalkulahin ang mga saklaw ng gene at mga rate ng mutation sa background.

klinikal na ugnayan
Iugnay ang mga phenotypic na katangian laban sa mga mutated na gene, o laban sa mga indibidwal na variant

cosmic-omim
Ihambing ang mga pagbabago sa amino acid ng mga ibinigay na mutasyon sa COSMIC at OMIM database.

kalawakan
Patakbuhin ang buong suite ng mga tool ng MuSiC nang sunud-sunod.

kaugnayan-mutation
Tukuyin ang mga ugnayan ng mutation concurrency o mutual exclusivity sa mga gene sa kabuuan
mga kaso.

path-scan
Maghanap ng mga makabuluhang na-mutate na pathway sa isang cohort na binigyan ng listahan ng mga somatic mutations.

pfam
Magdagdag ng anotasyon ng Pfam sa isang MAF file

maglaro
Patakbuhin ang buong suite ng mga tool ng MuSiC nang sunud-sunod.

isang lagay ng lupa
Bumuo ng mga nauugnay na plot at visualization para sa MuSiC.

kalapitan
Magsagawa ng proximity analysis sa isang listahan ng mga mutasyon.

smg
Kilalanin ang makabuluhang mutated na mga gene.

kaligtasan ng buhay
Gumawa ng mga survival plot at P-values ​​para sa clinical at mutational phenotypes.

Gumamit ng gmt-musicp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net