gmx-energy - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-energy - Nagsusulat ng mga enerhiya sa mga xvg file at nagpapakita ng mga average

SINOPSIS

gmx energy [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viol [<.xvg>]] [-pares [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[hindi]w] [-xvg ] [-[walang bayad]
[-fetemp ] [-zero ] [-[no]sum] [-[no]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[no]mutot] [-laktawan ]
[-[no]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[no]driftcorr] [-[walang]fluc] [-[no]orinst] [-[no]ovec]
[-acflen ] [-[no] gawing normal] [-P ]
[-fitfn ] [-magsimula ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx lakas kinukuha ang mga bahagi ng enerhiya o data ng pagpigil sa distansya mula sa isang file ng enerhiya. Ang
ang user ay sinenyasan na interactive na piliin ang nais na mga tuntunin ng enerhiya.

Ang average, RMSD, at drift ay kinakalkula nang may ganap na katumpakan mula sa simulation (tingnan
naka-print na manwal). Kinakalkula ang Drift sa pamamagitan ng pagsasagawa ng least-squares fit ng data sa a
tuwid na linya. Ang naiulat na kabuuang drift ay ang pagkakaiba ng akma sa una at huli
punto. Ang pagtatantya ng error ng average ay ibinibigay batay sa isang block na average sa 5 block
gamit ang buong-katumpakan na mga average. Ang pagtatantya ng error ay maaaring gawin sa maraming bloke
haba kasama ang mga pagpipilian -nbmin at -nbmax. nota na sa karamihan ng mga kaso ang mga file ng enerhiya
naglalaman ng mga average sa lahat ng hakbang sa MD, o higit sa marami pang puntos kaysa sa bilang ng mga frame sa loob
file ng enerhiya. Ginagawa nitong ang gmx lakas statistics output na mas tumpak kaysa sa .xvg
output. Kapag ang eksaktong mga average ay wala sa energy file, binanggit ang mga istatistika
sa itaas ay higit lamang sa solong, per-frame na mga halaga ng enerhiya.

Ang terminong pagbabagu-bago ay nagbibigay sa RMSD sa paligid ng least-squares fit.

Maaaring kalkulahin ang ilang pag-aari na umaasa sa pagbabagu-bago kung may tamang mga tuntunin sa enerhiya
ay pinili, at ang command line na opsyon -fluct_props ay ibinigay. Ang mga sumusunod
Ang mga ari-arian ay kalkulahin:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│Pag-aari │ Kinakailangan ang mga tuntunin ng enerhiya │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Heat capacity C_p (NPT sims): │ Enthalpy, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Heat capacity C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Thermal expansion coeff. (NPT): │ Enthalpy, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Isothermal compressibility: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Adiabatic bulk modulus: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Kailangan mong palaging itakda ang bilang ng mga molekula -nmol. Ginagawa ang C_p/C_v computations hindi
isama ang anumang mga pagwawasto para sa quantum effect. Gamitin ang gmx dos program kung kailangan mo iyon (at
gawin mo).

Kapag ang -viol ang opsyon ay nakatakda, ang oras na na-average na mga paglabag ay na-plot at ang pagtakbo
muling kinakalkula ang time-average at agarang kabuuan ng mga paglabag. Bilang karagdagan sa pagtakbo
Ang average na oras at madaliang mga distansya sa pagitan ng mga napiling pares ay maaaring i-plot gamit ang
-pares pagpipilian.

Options -ora, -ort, -oda, -odr at -odt ay ginagamit para sa pagsusuri ng data ng pagpigil sa oryentasyon.
Ang unang dalawang pagpipilian ay nagplano ng oryentasyon, ang huling tatlo ay ang mga paglihis ng
oryentasyon mula sa mga pang-eksperimentong halaga. Ang mga opsyon na nagtatapos sa isang 'a' plot the
average sa paglipas ng panahon bilang isang function ng pagpigil. Ang mga opsyon na nagtatapos sa isang 't' ay nag-prompt ng
user para sa mga numero ng label ng pagpigil at i-plot ang data bilang isang function ng oras. Pagpipilian -odr
Inilalagay ang paglihis ng RMS bilang isang function ng pagpigil. Nang gumamit ng oras o ensemble ang pagtakbo
average na orientation restraints, opsyon -orinst maaaring gamitin upang pag-aralan ang madalian,
hindi ensemble-averaged orientations at deviations sa halip na ang oras at ensemble
mga average

Opsyon -oten Inilalagay ang mga eigenvalues ​​ng molecular order tensor para sa bawat oryentasyon
eksperimento sa pagpigil. May opsyon -ovec din ang eigenvectors ay naka-plot.

Opsyon -odh kinukuha at ini-plot ang libreng data ng enerhiya (mga pagkakaiba sa Hamiltoian at/o ang
Hamiltonian derivative dhdl) mula sa ener.edr file.

may -bayad ang isang pagtatantya ay kinakalkula para sa libreng-enerhiya na pagkakaiba sa isang perpektong gas
estado:

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

kung saan ang k ay ang pare-pareho ng Boltzmann, ang T ay itinakda ng -fetemp at ang average ay higit sa ensemble
(o oras sa isang tilapon). Tandaan na ito sa prinsipyo ay tama lamang kapag nag-a-average
sa kabuuan (Boltzmann) ensemble at gamit ang potensyal na enerhiya. Ito rin ay nagpapahintulot para sa
isang pagtatantya ng entropy gamit ang:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Kapag tinukoy ang pangalawang file ng enerhiya (-f2), ang isang libreng pagkakaiba sa enerhiya ay kinakalkula:

dF = -kT ln( _A),

kung saan ang E_A at E_B ay ang mga enerhiya mula sa una at pangalawang mga file ng enerhiya, at ang average
ay higit sa ensemble A. Ang average na tumatakbo ng libreng pagkakaiba sa enerhiya ay naka-print sa a
file na tinukoy ni -ravg. nota na ang mga energies ay dapat parehong kalkulahin mula sa pareho
tilapon.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.edr>] (ener.edr)
File ng enerhiya

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opsyonal)
File ng enerhiya

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opsyonal)
Portable xdr run input file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
xvgr/xmgr file

-viol [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-pares [<.xvg>] (pares.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang bayad (hindi)
Gumawa ng libreng pagtatantya ng enerhiya

-fetemp (300)
Sangguniang temperatura para sa libreng pagkalkula ng enerhiya

-zero (0)
Magbawas ng zero-point na enerhiya

-[no]sum (hindi)
Isama ang mga termino ng enerhiya na pinili sa halip na ipakita ang lahat ng ito

-[no]dp (hindi)
Mag-print ng mga enerhiya sa mataas na katumpakan

-nbmin (5)
Pinakamababang bilang ng mga bloke para sa pagtatantya ng error

-nbmax (5)
Pinakamataas na bilang ng mga bloke para sa pagtatantya ng error

-[no]mutot (hindi)
Kalkulahin ang kabuuang dipole moment mula sa mga bahagi

-laktawan (0)
Laktawan ang bilang ng mga frame sa pagitan ng mga punto ng data

-[no]aver (hindi)
I-print din ang eksaktong average at rmsd na nakaimbak sa mga frame ng enerhiya (lamang kapag 1 term
ay hinihiling)

-nmol (1)
Bilang ng mga molekula sa iyong sample: ang mga enerhiya ay hinati sa numerong ito

-[no]fluct_props (hindi)
Mag-compute ng mga katangian batay sa mga pagbabago sa enerhiya, tulad ng kapasidad ng init

-[no]driftcorr (hindi)
Kapaki-pakinabang lamang para sa mga kalkulasyon ng mga katangian ng pagbabagu-bago. Ang pag-anod sa
ang mga observable ay ibabawas bago kalkulahin ang mga katangian ng pagbabagu-bago.

-[walang]fluc (hindi)
Kalkulahin ang autocorrelation ng mga pagbabago-bago ng enerhiya kaysa sa mismong enerhiya

-[no]orinst (hindi)
Suriin ang agarang data ng oryentasyon

-[no]ovec (hindi)
I-plot din ang eigenvectors gamit ang -oten

-acflen (-1)
Haba ng ACF, ang default ay kalahati ng bilang ng mga frame

-[no] gawing normal (oo)
I-normalize ang ACF

-P (0)
Order of Legendre polynomial para sa ACF (0 ay nagpapahiwatig ng wala): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Wala)
Fit function: wala, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-magsimula (0)
Oras kung saan sisimulan ang exponential fit ng correlation function

-endfit (-1)
Oras kung saan tatapusin ang exponential fit ng correlation function, -1 ay hanggang sa
dulo

Gumamit ng gmx-energy online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net