gmx-insert-molecules - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-insert-molecules - Ipasok ang mga molekula sa mga kasalukuyang bakante

SINOPSIS

gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ito [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-boks ]
[-nmol ] [-subukan ] [-binhi ]
[-radyus ] [-scale ] [-dr ]
[-bulok ]

DESCRIPTION

gmx insert-molecules pagsingit -nmol mga kopya ng system na tinukoy sa -ito input file.
Ang mga pagpapasok ay nagaganap alinman sa bakanteng espasyo sa solute conformation na ibinigay sa
-f, o sa isang walang laman na kahon na ibinigay ni -boks. Tinutukoy ang pareho -f at -boks kumikilos tulad ng -f, Ngunit
naglalagay ng bagong kahon sa paligid ng solute bago ipasok. Anumang mga bilis na naroroon ay
itinapon.

Bilang default, ang mga posisyon sa pagpasok ay random (na may paunang binhi na tinukoy ng -binhi). Ang
umuulit ang programa hanggang -nmol Ang mga molekula ay naipasok sa kahon. Ang mga molekula ay hindi
ipinasok kung saan ang distansya sa pagitan ng anumang umiiral na atom at anumang atom ng ipinasok
Ang molekula ay mas mababa kaysa sa kabuuan batay sa van der Waals radii ng parehong mga atomo. Isang database
(vdwradii.dat) ng van der Waals radii ay binabasa ng programa, at ang resultang radii
pinaliit ng -scale. Kung ang radii ay hindi matatagpuan sa database, ang mga atomo ay itinalaga sa
(pre-scaled) distansya -radyus.

Isang kabuuan ng -nmol * -subukan Ang mga pagtatangka sa pagpasok ay ginawa bago sumuko. Taasan -subukan kung
magkaroon ng ilang maliliit na butas upang punan. Pagpipilian -bulok tumutukoy kung ang mga molecule ng pagpapasok
ay random na nakatuon bago ang mga pagtatangka sa pagpasok.

Bilang kahalili, ang mga molekula ay maaaring ipasok lamang sa mga posisyong tinukoy sa mga posisyon.dat
(-ip). Ang file na iyon ay dapat may 3 column (x,y,z), na nagbibigay ng mga displacement kumpara sa
ang posisyon ng input molecule (-ito). Samakatuwid, kung ang file na iyon ay dapat maglaman ng absolute
posisyon, ang molekula ay dapat na nakasentro sa (0,0,0) bago gamitin gmx insert-molecules
(hal. mula sa gmx editconf -gitna). Binabalewala ang mga komento sa file na iyon na nagsisimula sa #.
Opsyon -dr tumutukoy sa pinakamaraming pinapayagang mga displacement sa panahon ng mga insertial na pagsubok. -subukan at
-bulok gumana tulad ng sa default na mode (tingnan sa itaas).

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Opsyonal)
Kasalukuyang configuration na ilalagay sa: malaki g96 pdb brk ent esp tr

-ito [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Configuration na ilalagay: malaki g96 pdb brk ent esp tr

-ip [<.dat>] (positions.dat) (Opsyonal)
Mga paunang natukoy na posisyon ng pagsubok sa pagpasok

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Configuration ng output pagkatapos ng pagpasok: malaki g96 pdb brk ent esp

Iba pang mga opsyon:

-boks (0 0 0)
Laki ng kahon (sa nm)

-nmol (0)
Bilang ng mga karagdagang molekula na ilalagay

-subukan (10)
Subukan mong ipasok -nmol beses -subukan beses

-binhi (1997)
Random generator seed

-radyus (0.105)
Default na distansya ng van der Waals

-scale (0.57)
Scale factor para i-multiply ang Van der Waals radii mula sa database sa
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Ang default na halaga ng 0.57 ay nagbubunga ng density na malapit sa
1000 g/l para sa mga protina sa tubig.

-dr (0 0 0)
Pinapayagan ang pag-displace sa x/y/z mula sa mga posisyon sa -ip file

-bulok
Paikutin ang mga ipinasok na molekula nang random: xyz, z, wala

Gumamit ng gmx-insert-molecules online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net