Ito ang command na gmx-lie na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-lie - Tantyahin ang libreng enerhiya mula sa mga linear na kumbinasyon
SINOPSIS
gmx lie [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[hindi]w] [-xvg ] [-Elj ] [-Eqq ]
[-Clj ] [-Cqq ] [-ligan ]
DESCRIPTION
gmx kasinungalingan nag-compute ng libreng pagtatantya ng enerhiya batay sa pagsusuri ng enerhiya mula sa nonbonded
mga enerhiya. Kailangan ng isang file ng enerhiya na may mga sumusunod na bahagi: Coul-(AB) LJ-SR (AB)
at iba pa
Para magamit g_lie tama, dalawang simulation ang kailangan: ang isa ay may molekula ng
interes na nakatali sa receptor nito at isa na may molekula sa tubig. Parehong kailangang gamitin
energygrps na ang mga termino ng Coul-SR(AB), LJ-SR(AB), atbp. ay isinulat sa .edr file.
Ang mga halaga mula sa molecule-in-water simulation ay kinakailangan para sa pagbibigay ng mga angkop na halaga
para sa -Elj at -Eqq.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f [<.edr>] (ener.edr)
File ng enerhiya
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.xvg>] (lie.xvg)
xvgr/xmgr file
Iba pang mga opsyon:
-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)
-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file
-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala
-Elj (0)
Pakikipag-ugnayan ni Lennard-Jones sa pagitan ng ligand at solvent
-Eqq (0)
Pakikipag-ugnayan ng Coulomb sa pagitan ng ligand at solvent
-Clj (0.181)
Salik sa LIE equation para sa Lennard-Jones na bahagi ng enerhiya
-Cqq (0.5)
Salik sa LIE equation para sa Coulomb na bahagi ng enerhiya
-ligan (Wala)
Pangalan ng ligand sa energy file
Gumamit ng gmx-lie online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
