gmx-nmeig - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-nmeig - I-diagonalize ang Hessian para sa normal na mode analysis

SINOPSIS

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-ng [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-ikaw [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[hindi]m] [-una ] [-huling ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-bandwidth ]

DESCRIPTION

gmx nmeig kinakalkula ang eigenvectors/values ​​ng isang (Hessian) matrix, na maaaring
kinakalkula gamit ang gmx mdrun. Ang eigenvectors ay isinulat sa isang trajectory file (-v). Ang
ang istraktura ay unang nakasulat na may t=0. Ang eigenvectors ay nakasulat bilang mga frame na may
eigenvector number bilang timestamp. Ang eigenvectors ay maaaring masuri gamit ang gmx anaeig, Sa
ensemble of structures ay maaaring mabuo mula sa eigenvectors na may gmx nmens. Kapag nagmisa
ginagamit ang weighting, ang nabuong eigenvectors ay i-scale pabalik sa plain Cartesian
mga coordinate bago makabuo ng output. Sa kasong ito, hindi na sila magiging eksakto
orthogonal sa pamantayang Cartesian norm, ngunit sa mass-weighted norm sila ay magiging.

Maaaring opsyonal na gamitin ang program na ito upang makalkula ang mga quantum correction sa kapasidad ng init at
enthalpy sa pamamagitan ng pagbibigay ng dagdag na argumento ng file -qcorr. Tingnan ang manwal ng GROMACS, Kabanata 1,
para sa mga detalye. Kasama sa resulta ang pagbabawas ng isang harmonic na antas ng kalayaan sa ibinigay
temperatura. Ang kabuuang pagwawasto ay naka-print sa terminal screen. Ang inirerekomendang paraan
ng pagkuha ng mga pagwawasto ay:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -una 7 -huling 10000 -T 300 -qc [-constr]

Ang -constr dapat gamitin ang opsyon kapag ginamit ang mga hadlang sa bono sa panahon ng simulation
para lahat ang covalent Bonds. Kung hindi ito ang kaso, kailangan mong pag-aralan ang
quant_corr.xvg i-file ang iyong sarili.

Upang gawing mas flexible ang mga bagay, maaari ding isaalang-alang ng program ang mga virtual na site kung kailan
computing quantum corrections. Kapag pumipili -constr at -qc, ang -simulan at -huli pagpipilian
ay awtomatikong itatakda din. Muli, kung sa tingin mo ay mas alam mo ito, pakisuri
ang eigenfreq.xvg output.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
Hessian matrix

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-ng [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
xvgr/xmgr file

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr file

-ikaw [<.xvg>] (spectrum.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng

Iba pang mga opsyon:

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[hindi]m (oo)
Hatiin ang mga elemento ng Hessian sa pamamagitan ng produkto ng sqrt(mass) ng mga kasangkot na atom bago ang
diagonalization. Dapat itong gamitin para sa pagsusuri ng 'Normal Mode'

-una (1)
Unang eigenvector na isusulat

-huling (50)
Huling eigenvector na isusulat

-maxspec (4000)
Pinakamataas na dalas (1/cm) upang isaalang-alang sa spectrum

-T (298.15)
Temperatura para sa pag-compute ng quantum heat capacity at enthalpy kapag gumagamit ng normal na mode
mga kalkulasyon upang itama ang mga klasikal na simulation

-[no]constr (hindi)
Kung ang mga hadlang ay ginamit sa simulation ngunit hindi sa normal na mode analysis
(ito ang inirerekomendang paraan ng paggawa nito) kakailanganin mong itakda ito para sa pag-compute
ang quantum corrections.

-bandwidth (1)
Lapad (sigma) ng gaussian peak (1/cm) kapag bumubuo ng spectrum

Gumamit ng gmx-nmeig online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net