gmx-rmsf - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-rmsf - Kalkulahin ang atomic fluctuations

SINOPSIS

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [- baka [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[hindi]w] [-xvg ] [-[walang]res]
[-[no]aniso] [-[walang]angkop]

DESCRIPTION

gmx rmsf kinukuwenta ang root mean square fluctuation (RMSF, ibig sabihin, standard deviation) ng
mga atomic na posisyon sa trajectory (ibinigay ng -f) pagkatapos (opsyonal) na angkop sa a
reference frame (ibinigay sa -s).

Gamit ang pagpipilian -oq ang mga halaga ng RMSF ay na-convert sa mga halaga ng B-factor, na isinusulat sa a
.pdb file na may mga coordinate, ng structure file, o ng a .pdb file kung kailan -q is
tinukoy. Pagpipilian - baka nagsusulat ng B-factor sa isang file na may average na mga coordinate.

Gamit ang opsyon -od ang root mean square deviation na may kinalaman sa reference structure
ay kinakalkula.

Gamit ang opsyon -aniso, gmx rmsf magko-compute ng anisotropic temperature factor at pagkatapos ay ito
maglalabas din ng mga average na coordinate at a .pdb file na may mga tala ng ANISOU (naaayon sa
ang -oq or - baka opsyon). Pakitandaan na ang mga halaga ng U ay nakasalalay sa oryentasyon, kaya bago
paghahambing sa pang-eksperimentong data dapat mong i-verify na akma ka sa pang-eksperimentong
coordinate

Kapag ang isang .pdb Ang input file ay ipinasa sa programa at sa -aniso flag ay nakatakda ng isang ugnayan
gagawin ang plot ng Uij, kung mayroong anumang anisotropic temperature factors sa
.pdb file.

Gamit ang pagpipilian -dir ang average na MSF (3x3) matrix ay diagonalized. Ipinapakita nito ang mga direksyon
kung saan ang mga atomo ang pinakamarami at pinakamaliit.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Opsyonal)
File ng bangko ng data ng protina

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opsyonal)
File ng bangko ng data ng protina

- baka [<.pdb>] (xaver.pdb) (Opsyonal)
File ng bangko ng data ng protina

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr file

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-dir [<.log>] (rmsf.log) (Opsyonal)
Mag-log file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang]res (hindi)
Kalkulahin ang mga average para sa bawat nalalabi

-[no]aniso (hindi)
Compute anisotropic temperature factor

-[walang]angkop (oo)
Gumawa ng hindi bababa sa mga parisukat na superposisyon bago kalkulahin ang RMSF. Kung wala ito kailangan mong gawin
siguraduhin na ang istraktura ng sanggunian at ang tilapon ay magkatugma.

Gumamit ng gmx-rmsf online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net