gmx-sham - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-sham - Mag-compute ng mga libreng enerhiya o iba pang histogram mula sa mga histogram

SINOPSIS

gmx sham [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-kasaysayan [<.xvg>]] [-bin [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[hindi]w] [-xvg ]
[-[walang oras] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[hindi]d] [-[walang] pagkukunwari] [-tsham ]
[-pmin ] [- madilim ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nlevels ]

DESCRIPTION

gmx pagkukunwari gumagawa ng mga multi-dimensional na free-energy, enthalpy at entropy plot. gmx pagkukunwari bumabasa
isa o higit pa .xvg mga file at sinusuri ang mga set ng data. Ang pangunahing layunin ng gmx pagkukunwari ay magplano
Mga landscape ng libreng enerhiya ng Gibbs (opsyon -ls) sa pamamagitan ng Bolzmann inverting multi-dimensional
histograms (opsyon -lp), ngunit maaari rin itong gumawa ng enthalpy (opsyon -lsh) at entropy (opsyon
-lss) mga plot. Ang mga histogram ay maaaring gawin para sa anumang dami na ibinibigay ng gumagamit. Isang linya sa loob
ang input file ay maaaring magsimula sa isang oras (tingnan ang opsyon -panahon) at anumang bilang ng y-mga halaga ay maaaring
sumunod. Mababasa rin ang maramihang mga set kapag pinaghiwalay sila ng & (opsyon -n), dito sa
kaso isa lang y-Ang halaga ay binabasa mula sa bawat linya. Ang lahat ng mga linya na nagsisimula sa # at @ ay
nilaktawan.

Opsyon -ge ay maaaring gamitin upang magbigay ng isang file na may libreng enerhiya kapag ang ensemble ay hindi a
Boltzmann ensemble, ngunit kailangang maging bias ng libreng enerhiya na ito. Ang isang libreng halaga ng enerhiya ay
kinakailangan para sa bawat (multi-dimensional) na punto ng data sa -f input.

Opsyon -ene ay maaaring magamit upang magbigay ng isang file na may mga energies. Ang mga enerhiyang ito ay ginagamit bilang a
weighting function sa iisang histogram analysis method ni Kumar et al. Kailan
ibinibigay ang mga temperatura (bilang pangalawang column sa file), isang pang-eksperimentong pagtimbang
inilapat ang scheme. Bilang karagdagan ang mga vales ay ginagamit para sa paggawa ng enthalpy at entropy plots.

Gamit ang pagpipilian - madilim, maaaring ibigay ang mga sukat para sa mga distansya. Kapag ang distansya ay 2- o
3-dimensional, ang circumference o surface na na-sample ng dalawang particle ay tumataas nang may
pagtaas ng distansya. Depende sa kung ano ang gustong ipakita ng isa, maaaring piliin ng isa na itama
ang histogram at libreng-enerhiya para sa volume effect na ito. Ang posibilidad ay na-normalize ng r
at r^2 para sa mga sukat ng 2 at 3, ayon sa pagkakabanggit. Ang isang halaga ng -1 ay ginagamit upang ipahiwatig ang isang
anggulo sa mga degree sa pagitan ng dalawang vectors: isang sin(angle) normalization ang ilalapat. nota
na para sa mga anggulo sa pagitan ng mga vector ang panloob na produkto o cosine ay ang natural na dami sa
gamitin, dahil gagawa ito ng mga bin ng parehong dami.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
xvgr/xmgr file

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-dist [<.xvg>] (ener.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-kasaysayan [<.xvg>] (edist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-bin [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opsyonal)
Index file

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Opsyonal)
File ng bangko ng data ng protina

-g [<.log>] (shamlog.log) (Opsyonal)
Mag-log file

Iba pang mga opsyon:

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang oras (oo)
Asahan ang isang oras sa input

-b (-1)
Unang beses na magbasa mula sa set

-e (-1)
Huling beses na basahin mula sa set

-ttol (0)
Pagpapahintulot sa oras sa naaangkop na mga yunit (karaniwang ps)

-n (1)
Basahin ang bilang ng mga set na ito na pinaghihiwalay ng mga linyang naglalaman lamang ng isang ampersand

-[hindi]d (hindi)
Gamitin ang derivative

-[walang] pagkukunwari (oo)
I-off ang energy weighting kahit na binigay ang energies

-tsham (298.15)
Temperatura para sa solong pagsusuri ng histogram

-pmin (0)
Pinakamababang posibilidad. Anumang mas mababa dito ay itatakda sa zero

- madilim (1 1 1)
Mga dimensyon para sa mga distansya, ginagamit para sa pagwawasto ng volume (max 3 value, dimensyon > 3
ay makakakuha ng parehong halaga tulad ng huli)

-ngrid (32 32 32)
Bilang ng mga basurahan para sa mga landscape ng enerhiya (max 3 value, dimensyon > 3 ang makakakuha ng
parehong halaga ng huli)

-xmin (0 0 0)
Pinakamababa para sa mga axes sa landscape ng enerhiya (tingnan sa itaas para sa > 3 dimensyon)

-xmax (1 1 1)
Maximum para sa mga axes sa energy landscape (tingnan sa itaas para sa > 3 dimensyon)

-pmax (0)
Pinakamataas na posibilidad sa output, ang default ay kalkulahin

-gmax (0)
Pinakamataas na libreng enerhiya sa output, ang default ay kalkulahin

-emin (0)
Pinakamababang enthalpy sa output, ang default ay kalkulahin

-emax (0)
Pinakamataas na enthalpy sa output, ang default ay kalkulahin

-nlevels (25)
Bilang ng mga antas para sa landscape ng enerhiya

Gumamit ng gmx-sham online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net