gt-eval - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gt-eval - Paghambingin ang mga file ng anotasyon at ipakita ang mga sukat ng katumpakan (hula kumpara sa sanggunian).

SINOPSIS

gt eval reference_file prediction_file

DESCRIPTION

-nuc [oo|hindi]
suriin ang antas ng nucleotide (ang pagkonsumo ng memorya ay proporsyonal sa mga laki ng input file)
(default: oo)

-ltr [oo|hindi]
suriin ang isang hula ng retrotransposon ng LTR sa halip na isang hula ng gene (lahat
Ang mga elemento ng LTR_retrotransposon ay itinuturing na may hindi natukoy na strand) (default:
hindi)

-ltrdelta [halaga]
itakda ang pinapayagang delta para sa mga hangganan ng LTR na ituring na pantay (default: 20)

-v [oo|hindi]
maging verbose (default: hindi)

-o [filename]
i-redirect ang output sa tinukoy na file (default: hindi natukoy)

-gzip [oo|hindi]
isulat ang gzip compressed output file (default: hindi)

-bzip2 [oo|hindi]
isulat ang bzip2 compressed output file (default: hindi)

-puwersa [oo|hindi]
pilitin ang pagsulat sa output file (default: hindi)

-tulong
ipakita ang tulong at paglabas

-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas

Ipinapakita ng programa ang mga halaga ng sensitivity at specificity para sa ilang partikular na uri ng feature (hal,
gene, mRNA, at exon). Para sa ilang uri ng feature ang bilang ng nawawala at maling feature ng
ang uri na iyon ay ipinapakita din. Dahil dito, ang ibig sabihin ng "nawawala" ay ang bilang ng mga feature ng ganoong uri mula sa
ang "reference" na walang overlap sa isang feature ng ganoong uri mula sa "prediction". Vice
versa, ang "mali" ay tumutukoy sa bilang ng mga katangian ng ganoong uri mula sa "hula" na wala
nagsasapawan sa isang feature ng ganoong uri mula sa "reference".

Pag-uulat TUMBOK

Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.

Gumamit ng gt-eval online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net