gt-ltrharvest - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gt-ltrharvest - Hulaan ang mga retrotransposon ng LTR.

SINOPSIS

gt ltrharvest [pagpipilian ...] -index

DESCRIPTION

-index [pisi]
tukuyin ang pangalan ng pinahusay na suffix array index (mandatory) (default: undefined)

-bago [simula dulo]
tukuyin ang saklaw sa (mga) sequence ng input kung saan hinahanap ang mga pares ng LTR (default:
[0..0])

-binhi [halaga]
tukuyin ang pinakamababang haba ng binhi para sa eksaktong pag-uulit (default: 30)

-minlenltr [halaga]
tukuyin ang pinakamababang haba para sa bawat LTR (default: 100)

-maxlenltr [halaga]
tukuyin ang maximum na haba para sa bawat LTR (default: 1000)

-mindistltr [halaga]
tukuyin ang pinakamababang distansya ng mga pagsisimula ng LTR (default: 1000)

-maxdistltr [halaga]
tukuyin ang maximum na distansya ng mga startposition ng LTR (default: 15000)

-katulad [halaga]
tukuyin ang similaritythreshold sa range [1..100%] (default: 85.000000)

-mintsd [halaga]
tukuyin ang pinakamababang haba para sa bawat TSD (default: 4)

-maxtsd [halaga]
tukuyin ang maximum na haba para sa bawat TSD (default: 20)

-motif [pisi]
tukuyin ang 2 nucleotides startmotif + 2 nucleotides endmotif: ** (default: hindi natukoy)

-motifmis [halaga]
tukuyin ang maximum na bilang ng mga hindi pagkakatugma sa motif [0,3] (default: 4)

-vic [halaga]
tukuyin ang bilang ng mga nucleotide (sa kaliwa at sa kanan) na hahanapin
para sa mga TSD at/o mga motif sa paligid ng 5' at 3' na hangganan ng hinulaang mga retrotransposon ng LTR
(default: 60)

-nagpapatong [...]
tukuyin ang hindi|pinakamahusay|lahat (default: pinakamahusay)

-xdrop [halaga]
tukuyin ang xdropbelowscore para sa extension-alignment (default: 5)

-banig [halaga]
tukuyin ang matchscore para sa extension-alignment (default: 2)

-mis [halaga]
tukuyin ang mismatchscore para sa extension-alignment (default: -2)

-in [halaga]
tukuyin ang insertionscore para sa extension-alignment (default: -3)

-ng [halaga]
tukuyin ang deletionscore para sa extension-alignment (default: -3)

-v [oo|hindi]
verbose mode (default: hindi)

-tabout [oo|hindi]
Ipakita luma tabular na output sa halip na GFF3 sa stdout (default: oo)

-seqids [oo|hindi]
gumamit ng mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod sa halip na mga numero ng pagkakasunud-sunod sa output ng GFF3 (default: hindi)

-md5 [oo|hindi]
magdagdag ng MD5 hash sa seqids sa GFF3 output (default: hindi)

-mahabang output [oo|hindi]
karagdagang motif/TSD output (default: hindi)

-labas [pisi]
tukuyin ang FASTA outputfilename (default: hindi natukoy)

-outinner [pisi]
tukuyin ang FASTA outputfilename para sa mga panloob na rehiyon (default: hindi natukoy)

-gff3 [pisi]
tukuyin ang GFF3 outputfilename (default: hindi natukoy)

-offset [halaga]
idinagdag ang offset sa mga coordinate ng GFF3 (default: 0)

-scan [oo|hindi]
i-scan ang index nang sunud-sunod sa halip na i-map ito sa memorya nang buo (default: oo)

-tulong
ipakita ang tulong para sa mga pangunahing opsyon at paglabas

-tulong+
ipakita ang tulong para sa lahat ng mga opsyon at paglabas

-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas

KARAGDAGANG IMPORMASYON

Para sa detalyadong impormasyon, mangyaring sumangguni sa manwal ng ltrharvest.

Pag-uulat TUMBOK

Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.

Gamitin ang gt-ltrharvest online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net