Ito ang command na hmm-assembler.pl na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
hmm-assembler.pl - SNAP module hmm-assembler.pl
SINOPSIS
hmm-assembler.pl [-OPSYON [-MORE_OPTIONS]] [--] [PROGRAM_ARG1 ...]
Opsyon
Ang sumusunod iisang karakter pagpipilian ay tinanggap:
Na may mga argumento: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Boolean (walang mga argumento): -r -o -x -p -t -1
Maaaring pagsamahin ang mga opsyon. -- huminto sa pagproseso ng mga opsyon. Hindi kailangan ng espasyo
sa pagitan ng mga pagpipilian at kanilang mga argumento.
Pagpipilian:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] isama ang 3'UTR na modelo, nangangailangan -a
-a [] isama ang modelong PolyA, nangangailangan -3
-5 [] isama ang 5'UTR moel, nangangailangan -p
-p isama ang generic na modelo ng tagataguyod, ay nangangailangan -5
-r isama ang generic repeat model
-o isama ang reverse ORF model
-x gumamit ng tahasang tagal na modelo ng intron
-t isama ang C.elegans trans-splicing, nangangailangan -p, -5
-Z nagtatakda ng mga halagang tukoy sa clade (uod, langaw, halaman)
-1 solong modelo ng gene
-c
isama ang GC-AG splice donor model
Gamitin ang hmm-assembler.pl online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net