hmmer - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

HMMER - mga profile HMM para sa pagsusuri ng biological sequence

SINOPSIS

hmmmalign
I-align ang mga sequence sa isang profile

hmmbuild
Bumuo ng (mga) profile mula sa maramihang (mga) pagkakahanay ng sequence

hmmconvert
I-convert ang profile file sa iba't ibang HMMER at non-HMMER na format

hmmemit
Mga halimbawang pagkakasunud-sunod mula sa isang profile

hmmmfetch
Kunin ang (mga) profile na HMM mula sa isang file

hmmpgmd
Ginamit ang Daemon para sa hmmer.org web server, para sa phmmer-, hmmsearch-, at hmmscan-like na paghahanap

hmmpress
Maghanda ng HMM database para sa hmmscan

hmmscan
Maghanap ng (mga) sequence ng protina laban sa database ng profile ng protina

hmmsearch
Maghanap ng (mga) profile ng protina laban sa database ng sequence ng protina

hmmsim
Kolektahin ang mga pamamahagi ng marka ng profile sa mga random na pagkakasunud-sunod

hmmstat
Mga istatistika ng buod para sa isang profile file

jackhmmer
Paulit-ulit na paghahanap ng isang sequence ng protina laban sa isang database ng sequence ng protina

nhmmer
Maghanap ng (mga) nucleotide sequence, (mga) alignment, o (mga) profile laban sa isang nucleotide sequence
database

nhmmscan
Maghanap ng (mga) sequence ng nucleotide laban sa isang database ng profile ng nucleotide

phmmer
Maghanap ng (mga) sequence ng protina laban sa database ng sequence ng protina

DESCRIPTION

Ang HMMER ay isang suite ng ilang mga programa para sa biological sequence alignment at database
paghahanap ng homology. Gumagamit ito ng mga probabilistikong modelo na tinatawag na "profile hidden Markov models"
(mga profile HMM) upang kumatawan sa malamang na evolutionary homologs ng isang solong sequence o a
multiple alignment ng isang sequence family. Ang isang pangunahing paraan ng pananaliksik ay upang mapabuti ang
evolutionary predictive models sa HMMER upang makilala at tumpak na ihanay
lalong malayong mga homolog, malayo sa panahon.

Ginagamit din ang HMMER bilang tool na pang-organisasyon, upang pangkatin ang lumalaking bilang ng mga
biological sequence sa isang napakaliit na set ng well-annotated sequence family. Bago
maaaring i-annotate ang mga sequence sa pamamagitan ng paghahambing laban sa mga na-curate na sequence na mga database ng pamilya ng
mga prebuilt na profile ng HMMER, bilang karagdagan o sa halip na paghahambing sa buong sequence
database. Ang mga database tulad ng Pfam, SMART, at TIGRfams, bukod sa iba pa, ay nakabatay dito
prinsipyo.

Ginagamit ang HMMER sa tatlong pangunahing mga mode: upang maghanap ng sequence database para sa mga bagong homolog ng a
sequence o isang sequence family; upang maghanap sa isang database ng profile (tulad ng Pfam) upang mahanap kung ano ang alam
pamilya ng isang query sequence nabibilang, o kung anong mga domain mayroon ito; at awtomatikong bumuo
malalaking multiple alignment (ibig sabihin, may epektibong walang limitasyong bilang ng mga sequence) gamit ang a
profile representative ng isang sequence family.

Ipagpalagay na mayroon kang maramihang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod ng isang magkakasunod na pamilya ng interes, at ikaw
gustong maghanap ng sequence database para sa mga karagdagang homolog. Ang hmmbuild pagbuo ng programa
(mga) profile mula sa maramihang (mga) alignment. Ang hmmsearch Ang programa ay naghahanap ng (mga) profile ng protina
laban sa isang database ng pagkakasunud-sunod ng protina, at nhmmer naghahanap ng (mga) profile ng nucleotide laban sa a
database ng pagkakasunud-sunod ng nucleotide.

Ipagpalagay na mayroon kang isang pagkakasunud-sunod ng interes, at gusto mong maghanap ng database ng pagkakasunud-sunod
para sa karagdagang mga homolog. Ang phmmer Ang programa ay naghahanap ng isang solong pagkakasunud-sunod ng protina laban sa a
database ng pagkakasunud-sunod ng protina. Ang jackhmmer Ginagawa ng program ang parehong bagay ngunit paulit-ulit --
Ang mga homolog na nakita sa isang nakaraang round ay isinama sa isang bagong profile, at ang bago
Hinahanap muli ang profile. phmmer ay ginagamit tulad ng BLASTP, at jackhmmer ay ginagamit tulad ng a
protina PSI-BLAST. Ang nhmmer Ang programa ay naghahanap ng isang solong nucleotide sequence laban sa a
pagkakasunud-sunod ng nucleotide.

Ipagpalagay na mayroon kang (mga) sequence na gusto mong suriin gamit ang isang HMMER-based na profile na HMM
database tulad ng Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). Ang hmmpress Ang programa ay nag-format ng isang profile na HMM
flatfile (tulad ng file na iyong ida-download mula sa Pfam) sa isang HMMER binary database.
Ang hmmscan Ang programa ay naghahanap ng (mga) sequence ng protina laban sa database na iyon. Ang nhmmscan
Ang programa ay maaari ring maghanap ng nucleotide sequence(s) laban sa isang pinindot na database ng
mga profile ng nucleotide, tulad ng mula sa Dfam (http://dfam.janelia.org).

Ipagpalagay na gusto mong ihanay ang maraming sequence. Maaari kang bumuo ng isang pamahalaang maliit
alignment ng isang kinatawan na hanay ng mga sequence, bumuo ng isang profile na may hmmbuild, at gamitin ang
hmmmalign program upang ihanay ang anumang bilang ng mga sequence sa profile na iyon.

Kasama rin sa HMMER ang ilang mga pantulong na tool para sa pagtatrabaho sa malalaking database ng profile.
hmmmfetch kumukuha ng isa o higit pang mga profile mula sa isang database. hmmstat nagpi-print ng mga istatistika ng buod
tungkol sa isang profile file.

Para sa pagiging tugma sa ibang software ng profile at mga nakaraang bersyon ng HMMER, ang
hmmconvert Ang programa ay nagko-convert ng mga profile sa ilang iba pang mga format. Nilalayon naming magdagdag ng higit pang suporta
para sa iba pang mga format sa paglipas ng panahon.

Ang hmmemit ang programa ay bumubuo (naggaya) ng "homologous" na mga sequence sa pamamagitan ng sampling mula sa a
profile. Maaari rin itong bumuo ng isang "consensus" sequence.

Ang hmmsim Ang programa ay isang simulator na ginagamit para sa pagkolekta ng mga istatistika tungkol sa mga pamamahagi ng marka
sa mga random na pagkakasunud-sunod.

Ang bawat programa ay may sariling man page.

Gamitin ang hmmer online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net