idba - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler para sa hybrid sequencing data

SINOPSIS

idba_hybrid -r basahin.fa -o output_dir [--sanggunian ref.fa]

DESCRIPTION

Ang IDBA-Tran ay isang umuulit na De Bruijn Graph De Novo short read assembler para sa transcriptome.
Ito ay purong de novo assembler batay lamang sa RNA sequencing reads. Gumagamit ang IDBA-Tran ng lokal
pagpupulong sa muling pagtatayo ng mga nawawalang k-mers sa mga transcript na mababa ang pagkakapahayag at pagkatapos ay gumamit
progresibong cutoff sa contigs upang paghiwalayin ang graph sa mga bahagi. Bawat bahagi
tumutugma sa isang gene sa karamihan ng mga kaso at naglalaman ng hindi maraming transcript. Isang heuristic
Ang algorithm na batay sa mga pares-end na pagbabasa ay pagkatapos ay ginagamit upang mahanap ang mga isoform.

Opsyon

-o, --labas arg (=out)
direktoryo ng output

-r, --basahin arg
fasta read file (<=128)

--read_level_2 arg
pares-end reads fasta para sa pangalawang antas ng scaffolds

--read_level_3 arg
pares-end reads fasta para sa ikatlong antas ng scaffolds

--read_level_4 arg
paired-end reads fasta para sa ikaapat na antas ng scaffolds

--read_level_5 arg
paired-end reads fasta para sa fifth level scaffolds

-l, --mahabang_basa arg
fasta long read file (>128)

--sanggunian arg
sangguniang genome

--mink arg (=20)
pinakamababang halaga ng k (<=124)

--maxk arg (=100)
maximum na halaga ng k (<=124)

--hakbang arg (=20)
pagtaas ng k-mer ng bawat pag-ulit

--inner_mink arg (=10)
panloob na minimum na halaga ng k

--inner_step arg (=5)
panloob na pagtaas ng k-mer

--prefix arg (=3)
haba ng prefix na ginamit sa pagbuo ng sub k-mer table

--min_count arg (=2)
pinakamababang multiplicity para sa pag-filter ng k-mer kapag binubuo ang graph

--min_support arg (=1)
minimum na supoort sa bawat pag-ulit

--num_threads arg (=0)
bilang ng mga thread

--seed_kmer arg (=30)
laki ng buto kmer para sa pagkakahanay

--min_contig arg (=200)
pinakamababang sukat ng contig

--min_region arg (=500)
pinakamababang sukat ng rehiyon sa reference genome

--katulad arg (=0.95)
pagkakatulad para sa pagkakahanay

--max_mismatch arg (=3)
max mismatch ng pagwawasto ng error

--min_pares arg (=3)
pinakamababang bilang ng mga pares

--max_gap arg (=50)
maximum na agwat sa sanggunian

--no_local
huwag gumamit ng lokal na pagpupulong

--walang_saklaw
huwag umulit sa coverage

--walang_tama
huwag gumawa ng pagwawasto

--pre_correction
magsagawa ng paunang pagwawasto bago ang pagpupulong

Gumamit ng idba online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net