indexdb_rna - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

indexdb_rna - tool para sa pag-filter, pagmamapa at OTU-picking NGS reads (indexdb)

SINOPSIS

indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [OPSYON]

DESCRIPTION

Ang SortMeRNA ay isang biological sequence analysis tool para sa pag-filter, pagmamapa at OTU-picking
Nagbabasa ang NGS. Ang pangunahing algorithm ay batay sa tinatayang mga buto at nagbibigay-daan para sa mabilis at
sensitibong pagsusuri ng mga pagkakasunud-sunod ng nucleotide. Ang pangunahing aplikasyon ng SortMeRNA ay pagsasala
rRNA mula sa metatranscriptomic data. Kasama sa mga karagdagang application ang OTU-picking at
available ang pagtatalaga ng taxonomy sa pamamagitan ng QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

Kinukuha ng SortMeRNA bilang input ang isang file ng mga reads (fasta o fastq na format) at isa o maramihang rRNA
database file(s), at pinaghiwa-hiwalay ang rRNA at tinanggihang mga nabasa sa dalawang file na tinukoy ng
gumagamit. Opsyonal, maaari itong magbigay ng mataas na kalidad na mga lokal na pagkakahanay ng rRNA reads laban sa
database ng rRNA. Gumagana ang SortMeRNA sa data ng Illumina, 454, Ion Torrent at PacBio, at maaari
gumawa ng SAM at BLAST-like alignment.

Opsyon

MANDATORY Opsyon
--ref STRING,STRING
FASTA reference file, index file
Halimbawa:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Kung nagpapasa ng maraming reference sequence file, paghiwalayin ang mga ito sa pamamagitan ng ':'
Halimbawa:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

OPSYONAL Opsyon
--mabilis BOOL
iminungkahing opsyon para sa pag-align ng ~99% na nauugnay na species (default: off)

--sensitive BOOL
iminungkahing opsyon para sa pag-align ng ~75-98% kaugnay na species (default: on)

--tmpdir STRING
direktoryo kung saan magsusulat ng mga pansamantalang file

-m Int ang halaga ng memorya (sa Mbytes) para sa pagbuo ng index (default: 3072)

-L Int haba ng binhi (default: 18)

--max_pos Int
maximum na bilang ng mga posisyon na iimbak para sa bawat natatanging L-mer (default: 10000, setting
--max_pos 0 ay mag-iimbak ng lahat ng mga posisyon)

-v BOOL
pandiwang

-h BOOL
Tulungan

Gamitin ang indexdb_rna online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net