indigo-depict - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

indigo-depict - utility sa pag-render ng molekula at reaksyon

SINOPSIS

indigo-depict infile.{mol,rxn,cml,smi} outfile.{png,svg,pdf} [parameter]

indigo-depict infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parameter]

indigo-depict infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parameter]

indigo-depict - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parameter]

indigo-depict -tulong

DESCRIPTION

indigo-depict ay ginagamit para sa paglalarawan ng mga molekula.

Opsyon

indigo-depict maaaring basahin ang mga input file o SMILES code mula sa karaniwang input. Ang mga ito ay maaaring
sinusundan ng isa o higit pa sa mga sumusunod na parameter.

-w
Lapad ng larawan sa mga pixel

-h
Taas ng larawan sa mga pixel

-buklod
Average na haba ng bond sa mga pixel

-mga margin
Pahalang at patayong mga margin, sa mga pixel. Walang mga margin bilang default

-kapal
Itakda ang relatibong kapal na kadahilanan. Default ay 1.0

-linewidth
Itakda ang salik ng lapad ng linya ng bono. Default ay 1.0

-label
Itakda ang atom label display mode. Default ay terminal-hetero

-hydro
Ipakita ang mga implicit na hydrogen. Default ay on

-[de]arom
Force [de]aromatization

-stereo
Mode ng pagpapakita ng mga stereogroup. Default ay luma

-cdbwsa
Igitna ang mga double bond na may katabing stereo bond (naka-disable bilang default)

-tanong Tratuhin ang input bilang isang molekula ng query o reaksyon (naka-disable bilang default)

-matalino
Tratuhin ang input bilang isang SMARTS query molecule o reaksyon (naka-disable bilang default)

-idfield
SDF/RDF field na ilalagay sa lugar ng '%s' sa mga pangalan ng mga naka-save na file (default ay
molekula/reaksyon na numero)

-mga katalista
Reaction catalysts placement wrt the arrow. Default ay taas at baba

-komento
Ilagay ang text comment sa itaas ng molekula o reaksyon. Walang default na halaga

-commentoffset
Patayong espasyo (sa mga pixel) sa pagitan ng komento at istraktura

-commentfield
Gamitin ang tinukoy na field ng SDF/RDF bilang komento

-commentname
Gamitin ang pangalan ng molekula/reaksyon bilang komento

-magkomento
Salik ng laki ng font ng text comment na nauugnay sa kapal ng bono. Default ay 6

-commentpos
Posisyon ng komento sa text (sa ibaba bilang default)

-commentalign <0..1>
Pag-align ng text comment, isang float value: 0 = kaliwa, 0.5 = gitna, 1 = tama

-pangkulay
I-enable/i-disable ang pangkulay. Default ay on

-makapal
Paganahin ang pag-highlight na may makapal na linya at mga bold na character

-hlcolor
Paganahin ang pag-highlight na may kulay. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-bgcolor
Itakda ang kulay ng background. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-basecolor
Itakda ang default na kulay ng foreground. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-aamcolor
Itakda ang kulay ng mga indeks ng AAM. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-dsgcolor
Itakda ang kulay ng data SGroups. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-kulay ng komento
Itakda ang kulay ng komento. Ang mga halaga ng bahagi ay dapat nasa hanay [0..255]

-mga numero ng atom
Ipakita ang mga numero ng atom (para sa mga layunin ng pag-debug lamang)

-mga bondnumber
Ipakita ang mga numero ng bono (para sa mga layunin ng pag-debug lamang)

-onebased
Simulan ang mga indeks ng atom at bono mula sa isa. Ang default ay mula sa zero

-tulong I-print ang mensahe ng tulong na ito

HALIMBAWA

indigo-depict infile.mol outfile.png -pangkulay off -arom
indigo-depict database.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno -kapal 1.1
indigo-depict database.smi database.sdf
indigo-depict - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -tanong
indigo-depict - OCO>>CC(C)N reaksyon.rxn

Gumamit ng indigo-depict online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net