ipcress - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

ipcress - In-silico PCR experiment simulation system

SINOPSIS

ipcress [ pagpipilian ] <primer file> <pagkakasunod-sunod mga landas>

DESCRIPTION

ipcress ay ang In-silico PCR Experiment Spaggaya System

Ito ay isang tool para sa simulation ng mga eksperimento sa PCR. Nagbibigay ka ng file na naglalaman ng mga panimulang aklat
at isang set ng mga sequence, at hinuhulaan nito ang mga produkto ng PCR.

Ang Ipcress ay katulad ng e-PCR program mula sa NCBI, ngunit mas mabilis, at hindi
dumaranas ng mga problema sa pagtukoy ng mga tugma kapag may mga simbolo ng kalabuan malapit sa primer
mga dulo.

Kung magbibigay ka ng maraming pares ng primer na magkakasama, gagayahin ng ipcress ang mga eksperimento sa PCR
parallel, na nagpapahintulot sa genome wide simulation ng malaking bilang ng mga eksperimento. Gumagamit ito ng marami
mga aklatan mula sa magpatawad tool sa paghahambing ng pagkakasunud-sunod.

INPUT FORMAT

Ang input para sa ipcress ay isang simpleng white-space delimited file na naglalarawan ng isang eksperimento bawat
linya. Ang bawat linya ay naglalaman ng sumusunod na 5 field:

id Isang identifier para sa eksperimentong ito
panimulang aklat_A Pagkakasunud-sunod para sa unang panimulang aklat
panimulang aklat_B Pagkakasunud-sunod para sa pangalawang primer
min_product_len Minimum na haba ng produkto upang iulat
max_product_len Pinakamataas na haba ng produkto na iuulat

Narito ang isang halimbawang linya sa format na ito:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

oUTPUT FORMAT

Inilalarawan ng format ng output ang isang produkto ng PCR bawat linya,
at may prefix na "ipcress:", na sinusundan ng sumusunod na 11 field:

sequence_id Ang pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod
experiment_id Ang PCR experiment id
product_length Ang haba ng produkto ng PCR
panimulang aklat_5 Ang 5' primer (alinman sa A o B)
pos_5 Posisyon ng 5' primer
mismatch_5 Bilang ng mga hindi pagkakatugma sa 5' primer
panimulang aklat_3 |
pos_3 | Parehong mga field para sa 3' primer
mismatch_3 |
paglalarawan Isang paglalarawan ng produkto ng PCR

Ang field ng paglalarawan ay isa sa sumusunod na 4 na string:

pasulong Normal na produkto, primer A na sinusundan ng B
revcomp Normal na produkto, primer B na sinusundan ng A
single_A Hindi magandang produkto na nabuo ng primer_A lamang
single_B Hindi magandang produkto na nabuo ng primer_B lamang

Mayroon ding ipinapakitang output na nababasa ng tao, hindi idinisenyo para sa pag-parse (tingnan ang:
--maganda sa ibaba).

PANGKALAHATAN Opsyon

Karamihan sa mga argumento ay may maikli at mahabang anyo. Ang mahabang anyo
ay mas malamang na maging matatag sa paglipas ng panahon, at samakatuwid ay dapat gamitin sa mga script na
tumawag sa ipcress.

-h | --shorthelp
Magpakita ng tulong. Magpapakita ito ng isang maigsi na buod ng mga magagamit na opsyon, mga default
at mga halaga na kasalukuyang itinakda.

- Tumulong
Ipinapakita nito ang lahat ng mga opsyon sa tulong kabilang ang mga default, ang halaga na kasalukuyang nakatakda,
at ang environment variable na maaaring gamitin para itakda ang bawat parameter. magkakaroon
maging indikasyon kung aling mga opsyon ang sapilitan. Ang mga ipinag-uutos na opsyon ay walang
default, at dapat ay may ibinigay na halaga para tumakbo ang ipcress. Kung ipinag-uutos na mga pagpipilian
ay ginagamit sa pagkakasunud-sunod, ang kanilang mga flag ay maaaring laktawan mula sa command line (tingnan ang mga halimbawa
sa ibaba). Hindi tulad ng man page na ito, ang impormasyon mula sa opsyong ito ay palaging nasa itaas
hanggang ngayon kasama ang pinakabagong bersyon ng programa.

-v | --bersyon
Ipakita ang numero ng bersyon. Nagpapakita rin ng iba pang impormasyon tulad ng petsa ng pagbuo
at glib na bersyon ang ginamit.

FILE INPUT Opsyon

-i | --input
Data ng eksperimento ng PCR sa format ng ipcress file na inilarawan sa itaas.

-s | --sunod-sunod
Tukuyin ang mga pagkakasunod-sunod. Maaaring tukuyin dito ang maramihang mga file, na nagpapababa sa FSM
gusali sa itaas, at ginagawang mas mabilis na tumakbo ang ipcres kaysa sa pagpapatakbo ng proseso
hiwalay.

IPCRESS MGA PARAMETERS

-m | --mismatch
Tukuyin ang bilang ng mga hindi pagkakatugma na pinapayagan sa bawat primer. Ang pagpapahintulot sa hindi pagkakatugma ay nababawasan
ang bilis ng programa bilang isang malaking panimulang kapitbahayan ay dapat na itayo, at
mas kaunting mga eksperimento ang maaaring ilagay sa memorya bago ang bawat pag-scan ng sequence
mga database.

-M | --alaala
Tukuyin ang dami ng memorya na dapat gamitin ng program. Ang dami pang memory na ginawa
available na ipcress, mas mabilis itong tatakbo, dahil mas maraming eksperimento sa PCR ang maaaring isagawa
sa bawat pag-scan ng mga database ng sequence. Hindi kasama dito ang memorya na ginamit habang
ang pag-scan (para sa pag-iimbak ng mga bahagyang resulta at pagkakasunud-sunod), kaya ang aktwal na halaga ng
ang memory na ginamit ay bahagyang mas mataas.

-p | --maganda
Ipakita ang mga resulta sa isang format na nababasa ng tao, hindi idinisenyo para sa pag-parse.

-P | --mga produkto
Ipakita ang mga produkto ng PCR bilang isang pagkakasunod-sunod ng format ng FASTA.

-S | --binhi
Tukuyin ang haba ng binhi para sa salitang kapitbahayan para sa FSM. Kung nakatakda sa zero,
ang buong primer ay ginagamit. Ang mas maiikling salita ay nagpapababa sa laki ng kapitbahayan, ngunit
taasan ang oras na ginugugol ng ipcress upang i-filter ang mga maling positibong tugma.

Kapaligiran

Hindi pa nakadokumento.

HALIMBAWA

ipcress pagsubok.ipcres sequence.fasta
Ito ang pinakasimpleng paraan na magagamit ang ipcress.
ipcress dbsts_human.ipcress --sunod-sunod ncbi30/*.fasta --mismatch 1
Ikumpara ang isang input file laban sa isang set ng mga fasta file, na nagbibigay-daan sa isang mismatch sa bawat isa
panimulang aklat

VERSION

Kasama ng dokumentasyong ito ang bersyon 2.2.0 ng exonerate package.

Gamitin ang ipcress online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net