Ito ang command na ipig na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
ipig - Pagsasama ng mga PSM sa mga visualization ng browser ng Genome
SINOPSIS
ipig <psm file> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIPTION
Tina-target ng iPiG ang pagsasama ng peptide spectrum matches (PSMs) mula sa mass spectrometry
(MS) peptide identifications sa genomic visualizations na ibinigay ng genome browser tulad nito
bilang UCSC genome browser (http://genome.ucsc.edu/).
Kinukuha ng iPiG ang mga PSM mula sa karaniwang format ng MS na mzIdentML (*.mzid) o sa format ng teksto at
nagbibigay ng mga resulta sa mga format ng genome track (BED at GFF3 file), na maaaring maging madali
na-import sa mga genome browser.
Opsyon
<psm file>
ay nagpapahiwatig ng file na may peptide spectrum na mga tugma (mzid/txt)
-g, -gui
sinisimulan ang graphical na user interface ng iPiG
-c, -kontrol
sinisimulan ang kontrol ng gene, kailangang ipahiwatig ang mga kinakailangang file sa pagsasaayos
file
-cg, -controlgui
sinisimulan ang graphical na user interface ng gene control
-d, -mga nagda-download
magsisimula ang pag-download ng gui
maaaring magpahiwatig ng ibang configuration file (kung hindi, ang ipig.conf ay nilo-load ng
default)
karagdagang mga kinakailangan:
gamit ang non-gui mode, ang isang config file (ipig.conf bilang default) ay kailangang maglaman ng ilan
karagdagang mga parameter, hal na nagpapahiwatig ng reference genome atbp.
sa gui mode (-g at -cg), ang mga karagdagang parameter ay maaaring ipahiwatig sa dalawang paraan, sa loob
ang interface o may config file din.
tingnan ang readme.txt at ipig.conf para sa mga halimbawa at higit pang mga detalye tungkol sa
karagdagang mga parameter
Gamitin ang ipig online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
