jackhmmer - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

jackhmmer - paulit-ulit na paghahanap ng (mga) sequence laban sa isang database ng protina

SINOPSIS

jackhmmer [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

jackhmmer paulit-ulit na hinahanap ang bawat query sequence sa laban sa target
(mga) sequence sa . Ang unang pag-ulit ay kapareho ng a phmmer paghahanap. Para sa
susunod na pag-ulit, isang maramihang pag-align ng query kasama ang lahat ng target na pagkakasunud-sunod
kasiya-siya pagsasama mga threshold ay binuo, ang isang profile ay binuo mula sa pagkakahanay na ito
(kapareho ng paggamit hmmbuild sa pagkakahanay), at paghahanap ng profile ng tapos na
(kapareho ng isang hmmsearch kasama ang profile).

Ang tanong maaaring '-' (isang gitling na character), kung saan ang mga pagkakasunud-sunod ng query ay
basahin mula sa a pipe sa halip na mula sa isang file. Ang hindi mababasa mula sa a
stream, dahil jackhmmer kailangang gumawa ng maramihang pagpasa sa database.

Ang format ng output ay idinisenyo upang maging nababasa ng tao, ngunit kadalasan ay napakalaki nito
ang pagbabasa nito ay hindi praktikal, at ang pag-parse nito ay isang sakit. Ang --tblout at --domtblout pagpipilian
i-save ang output sa mga simpleng tabular na format na maigsi at mas madaling i-parse. Ang -o opsyon
nagbibigay-daan sa pag-redirect ng pangunahing output, kabilang ang pagtatapon nito sa /dev/null.

Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

-N Itakda ang maximum na bilang ng mga pag-ulit sa . Ang default ay 5. Kung N=1, ang resulta
ay katumbas ng isang phmmer maghanap.

Opsyon KONTROL oUTPUT

Bilang default, lumilitaw ang output para sa bawat pag-ulit sa stdout sa isang medyo nababasa ng tao,
medyo parseable na format. Ang mga pagpipiliang ito ay nagbibigay-daan sa pag-redirect ng output o pag-save
karagdagang mga uri ng output sa mga file, kabilang ang mga checkpoint file para sa bawat pag-ulit.

-o Idirekta ang output na nababasa ng tao sa isang file .

-A Pagkatapos ng panghuling pag-ulit, mag-save ng annotated na maramihang alignment ng lahat ng hit
nagbibigay-kasiyahan sa mga threshold ng pagsasama (kasama rin ang orihinal na query) sa in
Format ng Stockholm.

--tblout
Pagkatapos ng panghuling pag-ulit, mag-save ng isang tabular na buod ng nangungunang sequence na mga hit sa sa isang
madaling ma-parse, columnar, whitespace-delimited na format.

--domtblout
Pagkatapos ng panghuling pag-ulit, mag-save ng tabular na buod ng nangungunang mga hit ng domain sa sa isang
madaling ma-parse, columnar, whitespace-delimited na format.

--chkhmm
Sa simula ng bawat pag-ulit, i-checkpoint ang query na HMM, na ise-save ito sa isang file na pinangalanan
- .hmm saan ay ang numero ng pag-ulit (mula sa 1..N).

--chkali
Sa dulo ng bawat pag-ulit, suriin ang isang alignment ng lahat ng domain na kasiya-siya
mga threshold ng pagsasama (hal. kung ano ang magiging query na HMM para sa susunod na pag-ulit),
sine-save ito sa isang file na pinangalanan <checkpoint file prefix>- .sto sa format ng Stockholm,
saan ay ang numero ng pag-ulit (mula sa 1..N).

--acc Gumamit ng mga accession sa halip na mga pangalan sa pangunahing output, kung saan available para sa mga profile
at/o mga pagkakasunod-sunod.

--noali
Alisin ang seksyon ng alignment mula sa pangunahing output. Ito ay lubos na makakabawas sa output
dami.

--notextw
Alisin ang haba ng bawat linya sa pangunahing output. Ang default ay isang limitasyon ng 120
mga character bawat linya, na tumutulong sa pagpapakita ng output nang malinis sa mga terminal at
sa mga editor, ngunit maaaring putulin ang mga linya ng paglalarawan ng target na profile.

--textw
Itakda ang limitasyon sa haba ng linya ng pangunahing output sa mga character bawat linya. Ang default ay
120.

Opsyon KONTROL ISANG KATANUNGAN PAGSUSULIT (UNA ITERATION)

Bilang default, ang unang pag-ulit ay gumagamit ng isang modelo ng paghahanap na binuo mula sa isang query
pagkakasunod-sunod. Ang modelong ito ay binuo gamit ang isang karaniwang 20x20 substitution matrix para sa residue
probabilities, at dalawang karagdagang parameter para sa posisyon-independiyenteng puwang na bukas at puwang
pahabain ang mga probabilidad. Ang mga opsyong ito ay nagbibigay-daan sa default na single-sequence na mga parameter ng pagmamarka
Babaguhin.

--popen
Itakda ang gap open probability para sa isang solong sequence query model sa . Ang default
ay 0.02. dapat ay >= 0 at < 0.5.

--pextend
Itakda ang gap extend probability para sa isang solong sequence query model sa . ang
ang default ay 0.4. dapat ay >= 0 at < 1.0.

--mx
Kumuha ng mga probabilidad ng residue alignment mula sa built-in na substitution matrix na pinangalanan
. Ilang karaniwang matrice ang naka-built-in, at hindi kailangang basahin mula sa
mga file. Ang pangalan ng matrix maaaring PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80, o BLOSUM90. Isa lamang sa mga --mx at --mxfile
maaaring gamitin ang mga opsyon.

--mxfile
Kumuha ng mga posibilidad ng pag-align ng residue mula sa substitution matrix sa file
. Ang default na score matrix ay BLOSUM62 (ang matrix na ito ay panloob sa HMMER
at hindi kailangang maging available bilang isang file). Ang format ng isang substitution matrix
ay ang karaniwang format na tinatanggap ng BLAST, FASTA, at iba pang sequence
software ng pagsusuri.

Opsyon KONTROL Pag-uulat MGA THRESHOLD

Kinokontrol ng mga threshold sa pag-uulat kung aling mga hit ang naiulat sa mga output file (ang pangunahing output,
--tblout, at --domtblout). Sa bawat pag-ulit, niraranggo ang sequence hit at domain hit
sa pamamagitan ng statistical significance (E-value) at ang output ay nabuo sa dalawang seksyon na tinatawag na per-
target at per-domain na output. Sa per-target na output, bilang default, lahat ng sequence hit na may isang
Ang E-value <= 10 ay iniulat. Sa per-domain na output, para sa bawat target na nakapasa sa bawat-
target na mga limitasyon sa pag-uulat, lahat ng mga domain na nakakatugon sa mga limitasyon ng pag-uulat sa bawat domain ay
iniulat. Bilang default, ang mga ito ay mga domain na may kondisyon na E-values ​​na <= 10. Ang mga sumusunod
Binibigyang-daan ka ng mga opsyon na baguhin ang default na mga limitasyon sa pag-uulat ng E-value, o gumamit ng bit score
mga threshold sa halip.

-E Iulat ang mga sequence na may mga E-values ​​<= sa per-sequence na output. Ang default ay 10.0.

-T Gumamit ng kaunting threshold ng marka para sa per-sequence na output sa halip na isang E-value threshold
(anumang setting ng -E ay hindi pinapansin). Iulat ang mga sequence na may kaunting marka na >= . Sa pamamagitan ng
default ang pagpipiliang ito ay hindi nakatakda.

-Z Ipahayag ang kabuuang laki ng database na magiging mga sequence, para sa mga layunin ng E-value
pagkalkula. Karaniwan ang mga E-value ay kinakalkula kaugnay sa laki ng database
talagang naghanap ka (hal. ang bilang ng mga sequence sa target_seqdb). Sa ilan
kaso (halimbawa, kung hinati mo ang iyong target na sequence database sa maramihang
file para sa parallelization ng iyong paghahanap), maaaring mas alam mo kung ano ang aktwal na laki
ng iyong espasyo sa paghahanap ay.

--domE
Mag-ulat ng mga domain na may mga conditional na E-values ​​<= sa per-domain na output, bilang karagdagan
sa top-scoring domain sa bawat makabuluhang sequence hit. Ang default ay 10.0.

--domT
Gumamit ng kaunting threshold ng marka para sa bawat-domain na output sa halip na isang E-value threshold
(anumang setting ng --domT ay hindi pinapansin). Mag-ulat ng mga domain na may kaunting marka na >= in
per-domain na output, bilang karagdagan sa top-scoring domain sa bawat makabuluhang sequence
tamaan. Bilang default, hindi nakatakda ang opsyong ito.

--domZ
Ipahayag ang bilang ng mga makabuluhang sequence na magiging pagkakasunud-sunod, para sa mga layunin ng
kondisyonal na pagkalkula ng E-value para sa karagdagang kahalagahan ng domain. Karaniwan
Ang mga conditional E-values ​​ay kinakalkula kaugnay ng bilang ng mga sequence na dumadaan
bawat-sequence na limitasyon ng pag-uulat.

Opsyon KONTROL PAGLALAGA MGA THRESHOLD

Kinokontrol ng mga threshold ng pagsasama kung aling mga hit ang kasama sa maramihang alignment at profile
ginawa para sa susunod na pag-ulit ng paghahanap. Bilang default, ang isang sequence ay dapat may per-
sequence E-value ng <= 0.001 (tingnan -E opsyon) na isasama, at anumang karagdagang mga domain sa
ito bukod sa pinakamataas na pagmamarka ay dapat may kondisyonal na E-value na <= 0.001 (tingnan ang --domE
opsyon). Ang pagkakaiba sa pagitan ng mga threshold sa pag-uulat at mga threshold ng pagsasama ay iyon
Kinokontrol ng mga threshold ng pagsasama kung aling mga hit ang aktwal na magagamit sa susunod na pag-ulit (o ang
final output multiple alignment kung ang -A ginagamit ang opsyon), samantalang ang mga threshold sa pag-uulat
kontrolin kung ano ang nakikita mo sa output. Sa pangkalahatan, mas maluwag ang mga limitasyon sa pag-uulat kaya kaya mo
tingnan ang mga hit sa borderline sa tuktok ng ingay na maaaring maging interesado.

--incE
Isama ang mga sequence na may E-values ​​<= sa kasunod na pag-ulit o panghuling pagkakahanay
output ng -A. Ang default ay 0.001.

--incT
Gumamit ng kaunting threshold ng marka para sa bawat pagkakasunod-sunod na pagsasama sa halip na isang E-value
threshold (anumang setting ng --incE ay hindi pinapansin). Isama ang mga sequence na may kaunting marka ng
>= . Bilang default, hindi nakatakda ang opsyong ito.

--incdomE
Isama ang mga domain na may kondisyon na E-values ​​<= sa kasunod na pag-ulit o pangwakas
alignment output sa pamamagitan ng -A, bilang karagdagan sa top-scoring domain sa bawat makabuluhan
sunud-sunod na hit. Ang default ay 0.001.

--incdomT
Gumamit ng kaunting threshold ng marka para sa pagsasama ng bawat domain sa halip na isang limitasyon ng E-value
(anumang setting ng --incT ay hindi pinapansin). Isama ang mga domain na may kaunting marka na >= . Sa pamamagitan ng
default ang pagpipiliang ito ay hindi nakatakda.

Opsyon KONTROL ACCELERATION HEURISTICS

Ang mga paghahanap sa HMMER3 ay pinabilis sa isang tatlong-hakbang na pipeline ng filter: ang MSV filter, ang
Viterbi filter, at ang Forward filter. Ang unang filter ay ang pinakamabilis at pinakamarami
tinatayang; ang huli ay ang buong Forward scoring algorithm, pinakamabagal ngunit pinakatumpak.
Mayroon ding bias na hakbang sa filter sa pagitan ng MSV at Viterbi. Mga target na pumasa sa lahat ng mga hakbang
sa acceleration pipeline ay sasailalim sa postprocessing -- domain identification
at pagmamarka gamit ang Forward/Backward algorithm.

Ang tanging libreng parameter na kumokontrol sa heuristic na mga filter ng HMMER ay ang P-
value threshold na kumokontrol sa inaasahang fraction ng mga hindi homologous na sequence na pumasa
ang mga filter. Ang pagtatakda ng mga default na threshold na mas mataas ay papasa sa mas mataas na proporsyon ng
nonhomologous sequence, pagtaas ng sensitivity sa gastos ng bilis; sa kabaligtaran,
ang pagtatakda ng mas mababang P-value threshold ay papasa sa isang mas maliit na proporsyon, na nagpapababa ng sensitivity
at pagtaas ng bilis. Ang pagtatakda ng threshold ng P-value ng filter sa 1.0 ay nangangahulugang papasa ito
lahat ng mga sequence, at epektibong hindi pinapagana ang filter.

Ang pagbabago ng mga threshold ng filter ay nag-aalis o nagsasama lamang ng mga target mula sa pagsasaalang-alang; nagbabago
hindi binabago ng mga threshold ng filter ang mga bit score, E-values, o alignment, na lahat ay
tinutukoy lamang sa postprocessing.

--max Pinakamataas na sensitivity. I-off ang lahat ng filter, kabilang ang bias filter, at tumakbo nang buo
Pasulong/Paatras na postprocessing sa bawat target. Ito ay nagpapataas ng sensitivity
bahagyang, sa isang malaking halaga sa bilis.

--F1
Unang filter threshold; itakda ang P-value threshold para sa MSV filter step. Ang
Ang default ay 0.02, ibig sabihin, humigit-kumulang 2% ng pinakamataas na scoring na hindi homologous
inaasahang makapasa sa filter ang mga target.

--F2
Pangalawang filter threshold; itakda ang P-value threshold para sa Viterbi filter step.
Ang default ay 0.001.

--F3
Ikatlong filter threshold; itakda ang P-value threshold para sa Forward filter step. Ang
default ay 1e-5.

--nobias
I-off ang bias filter. Medyo pinapataas nito ang sensitivity, ngunit maaaring dumating sa a
mataas na gastos sa bilis, lalo na kung ang query ay may bias na residue composition (tulad ng
isang repetitive sequence region, o kung ito ay isang membrane protein na may malalaking rehiyon ng
hydrophobicity). Kung wala ang bias na filter, masyadong maraming sequence ang maaaring makapasa sa filter
na may pinapanigang mga query, na humahantong sa mas mabagal kaysa sa inaasahang pagganap bilang ang
computationally intensive Forward/Backward algorithms shoulder a abnormally heavy
load.

Opsyon KONTROL PROFILE Konstruksyon (MAMAYA ITERATIONS)

Kinokontrol ng mga opsyong ito kung paano tinutukoy ang mga column ng consensus sa maraming alignment kung kailan
mga profile ng gusali. Bilang default, jackhmmer palaging kasama ang iyong orihinal na pagkakasunud-sunod ng query sa
ang resulta ng alignment sa bawat pag-ulit, at ang mga posisyon ng pinagkasunduan ay tinukoy ng query na iyon
sequence: iyon ay, isang default jackhmmer Ang profile ay palaging kapareho ng haba ng iyong orihinal
query, sa bawat pag-ulit.

--mabilis Tukuyin ang mga column ng pinagkasunduan bilang mga may fraction >= symfrac ng mga nalalabi bilang
laban sa gaps. (Tingnan sa ibaba para sa --symfrac opsyon.) Bagama't ito ang default
opsyon sa pagtatayo ng profile sa ibang lugar (sa hmmbuild, sa partikular), maaaring mayroon ito
hindi kanais-nais na epekto sa jackhmmer, dahil ang isang profile ay maaaring umulit na pumasok
sequence space ang layo mula sa iyong orihinal na query, nag-iiwan ng kaunti o walang consensus column
naaayon sa mga nalalabi nito.

--kamay Tukuyin ang mga column ng pinagkasunduan sa susunod na profile gamit ang reference na anotasyon sa maramihang
pagkakahanay jackhmmer nagpapalaganap ng reference na anotasyon mula sa nakaraang profile sa
ang maramihang pagkakahanay, at pagkatapos ay sa susunod na profile. Ito ang default.

--symfrac
Tukuyin ang natitirang fraction threshold na kinakailangan upang tukuyin ang isang consensus column kung kailan
gamit ang --mabilis opsyon. Ang default ay 0.5. Ang bahagi ng simbolo sa bawat hanay ay
kinakalkula pagkatapos isaalang-alang ang relatibong sequence weighting, at hindi papansinin ang gap
mga character na tumutugma sa mga dulo ng mga fragment ng sequence (kumpara sa internal
pagsingit/pagtanggal). Ang pagtatakda nito sa 0.0 ay nangangahulugan na ang bawat alignment column ay gagawin
italaga bilang consensus, na maaaring maging kapaki-pakinabang sa ilang mga kaso. Itakda ito sa 1.0
nangangahulugan na ang mga column lamang na may kasamang 0 gaps (mga panloob na pagpapasok/pagtanggal) ang magiging
itinalaga bilang pinagkasunduan.

--fragthresh
Gusto lang naming bilangin ang mga terminal gaps bilang mga pagtanggal kung alam ang nakahanay na pagkakasunud-sunod
upang maging buong-haba, hindi kung ito ay isang fragment (halimbawa, dahil bahagi lamang nito
ay sunud-sunod). Gumagamit ang HMMER ng isang simpleng panuntunan upang maghinuha ng mga fragment: kung ang haba ng sequence
Ang L ay mas mababa sa o katumbas ng isang fraction beses ang haba ng pagkakahanay sa mga hanay,
pagkatapos ay ang sequence ay hinahawakan bilang isang fragment. Ang default ay 0.5. Setting
--fragthresh0 tutukuyin ang walang (walang laman) na sequence bilang isang fragment; baka gusto mong
gawin ito kung alam mong mayroon kang maingat na na-curate na pagkakahanay ng buong haba
mga pagkakasunod-sunod. Setting --fragthresh1 ay tutukuyin ang lahat ng mga sequence bilang mga fragment; baka ikaw
gusto mong gawin ito kung alam mong ang iyong pagkakahanay ay ganap na binubuo ng mga fragment, tulad
bilang isinalin na maikling nabasa sa metagenomic shotgun data.

Opsyon KONTROL KAMAG-ANAK KAMI

Sa tuwing binubuo ang isang profile mula sa maraming pagkakahanay, gumagamit ang HMMER ng ad hoc sequence
weighting algorithm sa downweight na malapit na nauugnay na mga pagkakasunud-sunod at upweight na malayong nauugnay
mga. Ito ay may epekto ng paggawa ng mga modelo na hindi gaanong bias ng hindi pantay na phylogenetic
representasyon. Halimbawa, ang dalawang magkaparehong sequence ay karaniwang makakatanggap ng kalahati ng bawat isa
timbang na gagawin ng isang sequence (at ito ang dahilan kung bakit jackhmmer ay hindi laging nag-aalala
kasama ang iyong orihinal na pagkakasunud-sunod ng query sa bawat pagkakahanay ng pag-ulit, kahit na mahanap ito
muli sa database na iyong hinahanap). Kinokontrol ng mga opsyong ito kung aling algorithm ang gagamitin.

--wpb Gamitin ang Henikoff position-based sequence weighting scheme [Henikoff at Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. Ito ang default.

--wgsc Gamitin ang algorithm ng pagtimbang ng Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
Biol. 235:1067, 1994].

--wblosum
Gamitin ang parehong clustering scheme na ginamit upang timbangin ang data sa pagkalkula ng BLOSUM
subsitution matrices [Henikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89:10915, 1992].
Ang mga pagkakasunud-sunod ay naka-cluster na single-linkage sa isang threshold ng pagkakakilanlan (default 0.62; tingnan ang
--wid) at sa loob ng bawat kumpol ng c sequence, ang bawat sequence ay nakakakuha ng relatibong timbang
1/c.

--wala
Walang kamag-anak na timbang. Ang lahat ng mga sequence ay itinalaga ng pare-parehong timbang.

--wid
Itinatakda ang threshold ng pagkakakilanlan na ginagamit ng single-linkage clustering kapag gumagamit --wblosum.
Di-wasto sa anumang iba pang scheme ng weighting. Ang default ay 0.62.

Opsyon KONTROL MABUTI KATANUNGAN NUMBER

Matapos matukoy ang mga kamag-anak na timbang, ang mga ito ay na-normalize sa kabuuan sa isang kabuuang epektibo
numero ng pagkakasunud-sunod, eff_nseq. Ang numerong ito ay maaaring ang aktwal na bilang ng mga sequence sa
pagkakahanay, ngunit ito ay halos palaging mas maliit kaysa doon. Ang default na entropy weighting
paraan (--eent) binabawasan ang epektibong sequence number upang bawasan ang nilalaman ng impormasyon
(relative entropy, o average na inaasahang marka sa mga totoong homolog) sa bawat posisyon ng consensus. Ang
Ang kamag-anak na target na entropy ay kinokontrol ng isang function na may dalawang parameter, kung saan ang dalawa
ang mga parameter ay maaaring itakda sa --ere at --sigma.

--eent Isaayos ang epektibong sequence number para makamit ang isang partikular na relatibong entropy bawat
posisyon (tingnan --ere). Ito ang default.

--eclust
Itakda ang epektibong sequence number sa bilang ng mga single-linkage cluster sa a
tiyak na hangganan ng pagkakakilanlan (tingnan --eid). Ang pagpipiliang ito ay hindi inirerekomenda; ito'y para
mga eksperimento na sinusuri kung gaano kahusay --eent ay.

--enone
I-off ang epektibong sequence number determination at gamitin lang ang aktwal na bilang ng
mga pagkakasunod-sunod. Ang isang dahilan kung bakit gusto mong gawin ito ay upang subukang i-maximize ang kamag-anak
entropy/posisyon ng iyong modelo, na maaaring maging kapaki-pakinabang para sa mga maiikling modelo.

--eset
Tahasang itakda ang epektibong sequence number para sa lahat ng modelo .

--ere
Itakda ang pinakamababang relatibong entropy/target na posisyon sa . Kinakailangan --eent. Default
depende sa sequence alphabet; para sa mga sequence ng protina, ito ay 0.59 bits/posisyon.

--sigma
Itinatakda ang pinakamababang relatibong entropy na iniambag ng isang buong pagkakahanay ng modelo, tapos na
buong haba nito. Ito ay may epekto ng paggawa ng mga maikling modelo na may mas mataas na kamag-anak
entropy bawat posisyon kaysa --ere mag-isa ang magbibigay. Ang default ay 45.0 bits.

--eid
Itinatakda ang fractional pairwise identity cutoff na ginagamit ng single linkage clustering na may
ang --eclust opsyon. Ang default ay 0.62.

Opsyon KONTROL MGA PRIOR

Sa pagbuo ng profile, bilang default, ang mga timbang na bilang ay kino-convert sa mean posterior
mga pagtatantya ng parameter ng posibilidad gamit ang pinaghalong Dirichlet priors. Default na pinaghalong Dirichlet
Ang mga naunang parameter para sa mga modelo ng protina at para sa mga modelo ng nucleic acid (RNA at DNA) ay binuo
in. Hinahayaan ka ng mga sumusunod na opsyon na i-override ang mga default na prior.

--pnone Huwag gumamit ng anumang priors. Ang mga parameter ng probabilidad ay masusunod lamang
mga frequency, pagkatapos ng relatibong sequence weighting.

--lugar Gumamit ng Laplace +1 bago kapalit ng default na mixture na Dirichlet prior.

Opsyon KONTROL E-VALUE PAGKAKALIBRATE

Pagtatantya ng mga parameter ng lokasyon para sa inaasahang pamamahagi ng marka para sa MSV filter
ang mga marka, mga marka ng filter ng Viterbi, at mga marka ng Pagpasa ay nangangailangan ng tatlong maikling random na pagkakasunud-sunod
mga simulation.

--EmL
Itinatakda ang haba ng sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon na mu para sa
MSV filter E-values. Ang default ay 200.

--EmN
Itinatakda ang bilang ng mga sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon mu
para sa MSV filter E-values. Ang default ay 200.

--EvL
Itinatakda ang haba ng sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon na mu para sa
Viterbi filter E-values. Ang default ay 200.

--EvN
Itinatakda ang bilang ng mga sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon mu
para sa Viterbi filter E-values. Ang default ay 200.

--EfL
Itinatakda ang haba ng sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon tau
para sa Forward E-values. Ang default ay 100.

--EfN
Itinatakda ang bilang ng mga sequence sa simulation na tinatantya ang parameter ng lokasyon
tau para sa Forward E-values. Ang default ay 200.

--Eft
Itinatakda ang tail mass fraction upang magkasya sa simulation na tinatantya ang lokasyon
parameter tau para sa Forward evalues. Ang default ay 0.04.

OTHER Opsyon

--nonull2
I-off ang null2 score corrections para sa bias na komposisyon.

-Z Igiit na ang kabuuang bilang ng mga target sa iyong mga paghahanap ay , para sa mga layunin
ng bawat-sequence E-value kalkulasyon, sa halip na ang aktwal na bilang ng mga target
nakita.

--domZ
Igiit na ang kabuuang bilang ng mga target sa iyong mga paghahanap ay , para sa mga layunin
ng mga kalkulasyon ng conditional E-value sa bawat domain, sa halip na ang bilang ng mga target
na pumasa sa mga limitasyon sa pag-uulat.

--binhi
Binhi ang random number generator gamit ang , isang integer >= 0. Kung ay >0, anuman
stochastic simulation ay maaaring kopyahin; ang parehong utos ay magbibigay ng pareho
resulta. Kung ay 0, ang generator ng random na numero ay na-seed nang arbitraryo, at
Ang mga stochastic simulation ay mag-iiba mula sa run hanggang run ng parehong command. Ang default
ang buto ay 42.

--qformat
Ipahayag na ang input query_seqfile ay nasa format . Tinanggap na sequence file
Kasama sa mga format ang FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, at SELEX. Default
ay ang autodetect ang format ng file.

--tformat
Ipahayag na ang input target_seqdb ay nasa format . Tinanggap na sequence file
Kasama sa mga format ang FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, at SELEX. Default
ay ang autodetect ang format ng file.

--cpu
Itakda ang bilang ng mga parallel worker thread sa . Bilang default, itinatakda ito ng HMMER sa
ang bilang ng mga CPU core na nakikita nito sa iyong makina - ibig sabihin, sinusubukan nitong i-maximize
ang paggamit ng iyong magagamit na mga core ng processor. Setting mas mataas kaysa sa bilang ng
ang magagamit na mga core ay maliit kung mayroon mang halaga, ngunit maaaring gusto mong itakda ito sa isang bagay
mas kaunti. Makokontrol mo rin ang numerong ito sa pamamagitan ng pagtatakda ng variable ng kapaligiran,
HMMER_NCPU.

Available lang ang opsyong ito kung pinagsama-sama ang HMMER na may suporta sa mga thread ng POSIX.
Ito ang default, ngunit maaaring naka-off ito sa oras ng pag-compile para sa iyong site
o makina para sa ilang kadahilanan.

--stall
Para sa pag-debug sa bersyon ng master/manggagawa ng MPI: i-pause pagkatapos magsimula, upang paganahin ang
developer na mag-attach ng mga debugger sa tumatakbong master at (mga) proseso ng manggagawa. Ipadala
SIGCONT signal para bitawan ang pause. (Sa ilalim ng gdb: (Gdb) senyas NEXTCONT) (Tanging
magagamit kung ang opsyonal na suporta ng MPI ay pinagana sa oras ng pag-compile.)

--mpi Tumakbo sa MPI master/worker mode, gamit ang mpirun. (Magagamit lamang kung opsyonal na MPI
pinagana ang suporta sa oras ng pag-compile.)

Gamitin ang jackhmmer online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net