Ito ang command kalign na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
kalign - gumaganap ng maramihang pag-align ng mga biological sequence.
SINOPSIS
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Mga Opsyon]
kalign [-i infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Mga Opsyon]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Mga Opsyon]
DESCRIPTION
Kalign ay isang command line tool upang magsagawa ng maramihang pag-align ng mga biological sequence. Ito
gumagamit ng Muth?Manber string-matching algorithm, upang mapabuti ang parehong katumpakan at bilis
ng pagkakahanay. Gumagamit ito ng pandaigdigan, progresibong diskarte sa pagkakahanay, na pinayaman sa pamamagitan ng paggamit ng isang
tinatayang algorithm ng pagtutugma ng string upang makalkula ang mga distansya ng pagkakasunud-sunod at sa pamamagitan ng pagsasama
mga lokal na tugma sa kung hindi man ay pandaigdigang pagkakahanay.
Opsyon
-s -gpo -gapopen -gap_open x
Gap open penalty.
-e -gpe -gap_ext -gapextension x
Parusa sa pagpapalawig ng gap.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Mga parusa sa terminal gap.
-m -bonus -matrix_bonus x
Isang pare-pareho na idinagdag sa matrix ng pagpapalit.
-c -uri-uriin <input, tree, gaps.>
Ang pagkakasunud-sunod kung saan lumilitaw ang mga pagkakasunud-sunod sa pagkakahanay ng output.
-g -tampok
Pinipili ang mode ng tampok at tinutukoy kung aling mga tampok ang gagamitin: hal lahat, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-same_feature_score
Marka para sa pag-align ng parehong mga tampok.
-diff_feature_score
Parusa para sa pag-align ng iba't ibang feature.
-d -distansya <wu, pares>
Pamamaraan ng distansya
-b -Tree -guide-tree <nj, upgma>
Gabay sa paraan ng puno.
-z -zcutoff
Parameter na ginamit sa wu-manber based na pagkalkula ng distansya.
-i -in -input
Pangalan ng input file.
-o -labas -output
Pangalan ng output file.
-a -gap_inc
Pinapataas ang mga parusa sa gap depende sa bilang ng mga umiiral na gaps.
-f -porma <fasta, msf, aln, clu, macsim>
Ang format ng output.
-q -tahimik
Walang i-print sa STDERR. Walang basahin mula sa STDIN.
Mga sanggunian
· Timo Lassmann at Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - isang tumpak at mabilis na multiple
algorithm ng pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod. BMC Bioinformatics 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings at Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
high-performance multiple alignment ng protina at nucleotide sequence na nagpapahintulot
panlabas na mga tampok. Pananaliksik sa Nucleic Acid 3:858?865.
MGA AUTHORS
Timo Lassmann <[protektado ng email]>
Upstream author ng Kalign.
Charles Plessy <[protektado ng email]>
Isinulat ang manpage.
COPYRIGHT
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Ang Kalign ay libreng software. Maaari mo itong muling ipamahagi at/o baguhin ito sa ilalim ng mga tuntunin ng
GNU General Public License na inilathala ng Free Software Foundation.
Ang manwal na pahinang ito ay isinulat ni Charles Plessy[protektado ng email]> para sa Debian(TM)
sistema (ngunit maaaring gamitin ng iba). Ipinagkaloob ang pahintulot na kopyahin, ipamahagi at/o
baguhin ang dokumentong ito sa ilalim ng parehong mga termino gaya ng mismong kalign.
Sa mga Debian system, ang kumpletong teksto ng GNU General Public License na bersyon 2 ay maaaring
natagpuan sa /usr/share/common-licenses/GPL-2.
Gumamit ng kalign online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
