king-probe - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

king-probe - Suriin at mailarawan ang interatomic na packing ng protina

DESCRIPTION

Syntax: probe input.pdb >> out.kin

o: probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

Mga Bandila:
-SARILI intersection sa sarili: src -> src (default)

-Marehong bumalandra sa parehong paraan: src <=> targ

-Minsan iisang intersection: src -> targ

-Labas panlabas na van der Waals na ibabaw ng src (solvent contact surface)

-AUTObondrot filename
basahin at iproseso ang isang autobondrot file

mga shortcut:

< >katulad ng: -4H -mc -ang -sarili "altA ogt33"

-Mga DEFAULT
katulad ng: < >, ngunit pinapayagan ang ilang iba pang mga flag

-SCSurface katulad ng: -drop -rad1.4 -labas "hindi tubig"

-Nakalantad
katulad ng: -drop -rad1.4 -labas (tandaan: pattern ng mga supply ng user)

-ASsurface
katulad ng: -drop -rad0.0 -dagdag1.4 -labas "hindi tubig"

-ACCESS
katulad ng: -drop -rad0.0 -dagdag1.4 -labas (tandaan: pattern ng mga supply ng user)

-SCAN0 katulad ng: -4H -mc -sarili "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 katulad ng: -4H -minsan "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(hindi tubig ogt33)"

-DUMPAtominfo
bilangin ang mga atomo sa pagpili: src

(tandaan na ang BOTH at ONCE ay nangangailangan ng dalawang pattern habang

Ang OUT, SELF at DUMPATOMINFO ay nangangailangan lamang ng isang pattern)

-Implicit
implicit hydrogens

-Malinaw
tahasang hydrogens (default)

-Kakapalan#
itakda ang density ng tuldok (default na 16 tuldok/sq A)

-Radyus#.#
itakda ang probe radius (default 0.25 A)

-ADDvdw#.#
idinagdag ang offset sa Van der Waals radii (default 0.0)

-SCALEvdw#.# scale factor para sa Van der Waals radii (default 1.0)

-COSCale#.#
sukat C=O carbon Van der Waals radii (default 0.94)

-SPike gumuhit ng spike sa halip na mga tuldok (default)

-SPike#.#
itakda ang spike scale (default=0.5)

-NOSpike
gumuhit lamang ng mga tuldok

-HBRegular#.# max overlap para sa regular na Hbonds(default=0.6)

-HBCcharged#.# max na overlap para sa mga nasingil na Hbonds(default=0.8)

-Itago panatilihin ang mga hindi napiling atom (default)

-Dop i-drop ang mga nonselected atoms

-LIMit limitahan ang mga bump dots sa max dist kapag naghahalikan (default)

-Walang limitasyon
huwag limitahan ang mga bump tuldok

-LEN magdagdag ng lens keyword sa kin file

-NOLENs
huwag magdagdag ng lens keyword sa kin file (default)

-MC isama ang mainchain->mainchain na mga pakikipag-ugnayan

-Mga HET isama ang mga tuldok sa mga non-water HET group (default)

-NOHETs
ibukod ang mga tuldok sa mga non-water HET group

-Tubig
isama ang mga tuldok sa tubig (default)

-NOWATER
ibukod ang mga tuldok sa tubig

-WAT2wat
ipakita ang mga tuldok sa pagitan ng tubig

-DUMPH2O
isama ang tubig H? vectorlist sa output

-4H pahabain ang pag-alis ng tuldok ng bond chain sa 4 para sa H (default)

-3 limitahan ang pag-alis ng tuldok ng chain ng bond sa 3

-2 limitahan ang pag-alis ng tuldok ng chain ng bond sa 2

-1 limitahan ang pag-alis ng tuldok ng chain ng bond sa 1

-HUWAG PANSININ "pattern" tahasang pagbaba: huwag pansinin ang mga atom na pinili ayon sa pattern

-DOCHO
kilalanin ang CH..O Hbonds

-CHO#.#
scale factor para sa CH..O Hbond score (default=0.5)

-PolarH
gumamit ng maikling radii ng polar hydrogens (default)

-NOPolarH
huwag paikliin ang radii ng polar hydrogens

-NOFACEhbond huwag tukuyin ang mga HBond sa mga mabangong mukha

-Name "pangalan" tukuyin ang pangalan ng pangkat (default "mga tuldok")

-DOTMASTER
pangalan ng grupo na ginamit bilang extra master={name} sa mga listahan

-NOGroup
huwag bumuo ng @group statement sa .kin format na output

-KINimage
magdagdag ng @kinemage 1 statement sa itaas ng .kin format na output

-Countdots
gumawa ng bilang ng mga tuldok-hindi isang dotlist

-Hindi nakaporma
output raw tuldok info

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
output dot info na na-format para ipakita sa O

-XVFORMAT
output dot info na na-format para ipakita sa XtalView

-ISANG LINYA
maglabas ng isang linya :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
kulay na mga tuldok ayon sa halaga ng gap (default)

-ATOMcolor
kulay na mga tuldok ayon sa uri ng atom

-BASEcolor
mga tuldok ng kulay ayon sa uri ng base ng nucleic acid

-COLORBase
kulay na mga tuldok ayon sa puwang at uri ng base ng nucleic acid

-OUTCOLor "pangalan" tukuyin ang kulay ng punto para sa -LABAS (default na "grey")

-GAPWeight#
itakda ang timbang para sa mga puwang sa pagmamarka (default 0.25)

-BUMPTimbang# itakda ang kamag-anak na sukat para sa pagmamarka ng mga bump (default 10.0)

-HBTimbang#
magtakda ng kamag-anak na sukat para sa pagmamarka ng Hbonds (default 4.0)

-DIVMababa#.#
Dibisyon para sa mga kategorya ng Bump (default -0.4)

-DIVMataas#.#
Dibisyon para sa mga kategorya ng Contact (default 0.25)

-MINOCCupancy#.#
Ang occupancy sa ibaba nito ay pareho sa zero (default 0.02)

-Elemento
magdagdag ng mga master button para sa iba't ibang elemento sa kin output

-NOHBOUT
huwag mag-output ng mga contact para sa HBonds

-NOCLASHOUT
huwag mag-output ng mga contact para sa mga pag-aaway

-NOVDWOUT
huwag mag-output ng mga contact para sa mga pakikipag-ugnayan ng van der Waals

-ONLYBADOUT
onlybadout output masamang clashes (matinding overlap contact)

-BUOD
listahan ng buod ng output ng mga contact at sagupaan

-ISANG LINYA
listahan ng buod ng output sa oneline

-NOTICKs
huwag ipakita ang ticker ng natitirang pangalan sa panahon ng pagproseso

-STDBONDs
ipagpalagay lamang ang mga karaniwang pattern ng pagbubuklod sa mga karaniwang nalalabi

-WALA PA
huwag mag-bond ng mga hydrogen batay sa talahanayan ng mga mabibigat na atomo ng magulang

-SEGID gamitin ang field ng PDB SegID upang ilarawan ang pagitan ng mga nalalabi

-OLDU bumuo ng lumang estilo -u output: kissEdge2BullsEye, atbp

-VERbose
verbose mode (default)

-Sanggunian
ipakita ang reference na string

-Mga pagbabago
magpakita ng listahan ng mga pagbabago sa programa

-Tahimik tahimik na mode

-Tulong ipakita ang pinalawak na abiso ng tulong (kasama ang iba pang mga flag)

-BERSYON
isang linya na bersyon sa stdout

Mga elemento ng pattern: (dapat ilagay sa mga quote sa command line)

FILE# sa loob ng file #

MODEL# sa loob ng modelo #

CHAINaa
sa loob ng kadena a

SEGaaaa
segment identifier aaaa (kung saan ang _ ay kumakatawan sa blangko)

ALTa alternate conformation a

ATOMaaaa
pangalan ng atom aaaa (kung saan ang _ ay kumakatawan sa blangko) (lahat ng 4 na character ay ginagamit upang maging H
ATOM_H__)

RESaaa nalalabi aaa

# nalalabi #

#a residue #, ipasok ang a

#-# residue range # (insert codes binalewala)

isang residue type sa pamamagitan ng isang letter code (hal. y)

aaa uri ng nalalabi sa pamamagitan ng tatlong titik na code (hal. tyr)

LAHAT,PROTEIN,MC,SC,BASE,ALPHA,BETA,NITROGEN,CARBON,
OXYGEN,SULPHUR,PHOSPHORUS,HYDROGEN,METAL,POLAR,
NONPOLAR,SININGIL,DONOR,ACCEPTOR,AROMATIC,METHYL, HET,TUBIG,DNA,RNA

lahat o isang subset ng mga atom

OLT# Occupancy mas mababa sa # (integer percent)

OGT# Occupancy na higit sa # (integer percent)

BLT# B-value na mas mababa sa # (integer)

BGT# B-value na mas malaki sa # (integer)

INSa Ilagay ang code a (kung saan ang _ ay kumakatawan sa blangko)

SA LOOB NG #.# NG #.#, #.#, #.#
mga atom sa loob ng distansya mula sa punto

Maaaring pagsamahin ang mga pattern sa mga listahang pinaghihiwalay ng kuwit gaya ng kahulugan ng "trp,phe,tyr".
TRP o PHE o TYR.

Ang mga pattern na pinaghihiwalay ng mga blangko ay dapat na totoo lahat gaya ng kahulugan ng "chainb 1-5".
nalalabi 1 hanggang 5 sa chain B.

Maaari ka ring magpangkat ng mga pattern na may panaklong, paghiwalayin ang maraming pattern gamit ang |
ibig sabihin ay 'o' at piliin ang pandagdag na may HINDI tulad ng sa "hindi file1" na nangangahulugang hindi sa
file 1.

Ang isang autobondrot file ay katulad ng iba pang mga PDB input file ngunit ito ay may kasamang impormasyon
pagkilala sa mga atom na napapailalim sa mga pag-ikot at iba pang pagbabago.

Halimbawang autobondrot file fragment na nagpapakita ng pag-ikot ng Calpha-Cbeta bond at isang panaka-nakang
torsion penalty function para sa pag-ikot na ito

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Gumagamit ang mga utos ng Autobondrot ng mga tutuldok upang paghiwalayin ang mga halaga Mga pagbabagong-anyo:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # dummy

Mga function ng bias:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

Sumasanga:
I-SAVE at IBALIK o "(" at ")"

(hal. upang paikutin ang bawat Chi at ang mga methyl para sa isoleucine ang

sequence ay: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Itakda ang oryentasyon: GO:angle1:angle2:... Isama ang mga file: @filename Mga Komento:
# text ng komento

probe: bersyon 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

Gumamit ng king-probe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net