Ito ang command na LAshow na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
LAshow - ipakita ang mga lokal na pagkakahanay mula sa mga .las na file
SINOPSIS
LAshow [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|dam [src2:db|dam] align:las
[mababasa ang:FILE | reads: hanay ... ]
DESCRIPTION
LAshow gumagawa ng naka-print na listahan ng mga lokal na pagkakahanay na nakapaloob sa tinukoy na .las
file, kung saan nagmula ang mga a- at b-read src1 o mula sa src1 at src2, ayon sa pagkakabanggit. Kung ang
file o listahan ng mga read range ay ibinibigay, pagkatapos ay ang mga overlap lang kung saan ang a-read ay nasa
ang set na tinukoy ng file o listahan ay ipinapakita. Tingnan mo DBshow(1) para sa paliwanag ng
kung paano binibigyang-kahulugan ang file at listahan ng mga read range.
Opsyon
-F Baligtarin ang mga tungkulin ng a- at b- reads sa display
-U Gumamit ng uppercase para sa DNA sequence sa halip na ang default na lowercase
-iindisyon
Itakda ang indent para sa cartoon at/o alignment na mga display kung hihilingin ang mga ito.
(default: 4)
-bnum_symbols
Itakda ang bilang ng mga simbolo sa magkabilang gilid ng mga naka-align na segment sa isang alignment
display. (default: 10)
-ww Ginagamit ang parameter na ito para sa mga display mode na tinukoy ng -a at -r. (default:
100)
-o Ipakita lamang ang mga alignment na wastong magkakapatong-- iyon ay, kung saan nagtatapos ang isang sequence
nangyayari sa bawat dulo ng pagkakahanay
DISPLAY mode
-c Cartoon rendering ng alignment
-a, -r Magpakita ng pagkakahanay ng lokal na pagkakahanay
Ang -a eksaktong inilalagay ng pagpipilian w mga column sa bawat segment ng display, samantalang ang -r opsyon
naglalagay ng eksakto w a-read na mga simbolo sa bawat segment ng display. Ang -r display mode ay
kapaki-pakinabang kapag gusto ng isa na biswal na ihambing ang dalawang pagkakahanay na kinasasangkutan ng parehong a-read. Kung ang
kumbinasyon ng -c, -a, at -r ang mga flag ay nakatakda, pagkatapos ay ang cartoon ay mauna, pagkatapos ay ang -a
pagkakahanay, at panghuli ang -r pagkakahanay
Gamitin ang LAshow online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
