loadPulses - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

loadPulses - load sequencing pulse information

SINOPSIS

loadPulses basFileName cmpFileName [pagpipilian]

DESCRIPTION

loadPulses naglo-load ng sequencing pulse information gaya ng inter-pulse distance o kalidad
impormasyon sa cmp.h5 file. Pinapayagan nito ang isa na pag-aralan ang kinetic at kalidad
impormasyon ayon sa hanay ng pagkakahanay.

Opsyon

basFileName
Ang input {bas,pls}.h5 o input.fofn.

cmpFileName
Ang cmp.h5 na file upang i-load ang impormasyon ng pulso.

-mga sukatan halaga
Isang listahan ng mga sukatan na pinaghihiwalay ng kuwit (na walang mga puwang).

Ang mga wastong opsyon ay:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex

Ang mga default na opsyon ay:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD

-failOnMissingData
Lumabas kung may nawawalang mga field ng data mula sa bas.h5 o pls.h5 input na
kinakailangan upang mag-load ng sukatan. Ang default ay isang babala.

-byread
Mag-load ng impormasyon ng pulso sa pamamagitan ng pagbabasa sa halip na pag-buffer ng mga sukatan.

-bymetric
I-load ang impormasyon ng pulso ayon sa sukatan sa halip na sa pamamagitan ng nabasa. Gumagamit ito ng mas maraming memorya kaysa
-byread, ngunit maaaring mas mabilis.

-maxElements halaga
Magtakda ng limitasyon sa laki ng pls/bas file na i-buffer -bymetric (default na halaga:
maximum int). Gamitin -byread kung lumampas ang limitasyon.

-maxMemory halaga
Magtakda ng limitasyon (sa GB) sa memorya upang mag-buffer ng data -bymetric (default na halaga: 4
GB). Gamitin -byread kung lumampas ang limitasyon.

-metaNElements halaga
Itakda ang bilang ng mga elemento sa cache ng meta data para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.

-rawNElementshalaga
Itakda ang bilang ng mga elemento sa raw data cache para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.

-rawChunkSize halaga
Itakda ang chunk size ng raw data cache para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.

Gumamit ng loadPulses online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net