Ito ang command ltrsift na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
lrsift - isang graphical na interface para sa postprocessing at pag-uuri ng LTR
mga kandidato ng retrotransposon
SINOPSIS
ltrsift
DESCRIPTION
Ang LTRsift ay isang graphical na desktop tool para sa semi-awtomatikong postprocessing ng de novo na hinulaang
LTR retrotransposon annotation, gaya ng mga nabuo ng LTRharvest at LTRdigest.
Configuration
Ang LAST binary (lastal at lastdb) ay dapat na matatagpuan sa path ng paghahanap ng system. Kung sila
ay hindi, posible bang tukuyin ang kanilang lokasyon gamit ang "GT_LAST_PATH" na kapaligiran
variable bago patakbuhin ang LTRsift. Ang parehong naaangkop para sa lokasyon ng BLAST. Gamitin
``GT_BLAST_PATH" upang tukuyin ang buong path sa "blastall" na maipapatupad.
Mga style file (naglalarawan kung ano ang hitsura ng linear diagram ng mga feature ng kandidato).
itinakda sa pamamagitan ng LTRSIFT_STYLE_FILE environment variable. Isang makabuluhang default na istilo ang binuo
sa LTRsift.
Gumamit ng ltrsif online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net