macs2_callpeak - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

macs2_callpeak - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing

DESCRIPTION

paggamit: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize
EXTSIZE] [-q QVALUE | -p PVALUE] [--sa-malaki] [--ratio RATIO] [--down-sample]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--local LARGELOCAL] [--broad]
[--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--cutoff-analysis] [--call-summits] [--fe-cutoff
FECUTOFF]

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

input file mga argumento:
-t TFILE [TFILE ...], --paggamot TFILE [TFILE ...]
ChIP-seq treatment file. Kung maramihang mga file ay ibinigay bilang '-t AB C', pagkatapos ay sila
lahat ay basahin at pinagsama-sama. KAILANGAN.

-c [CFILE [CFILE ...]], --kontrol [CFILE [CFILE ...]]
Control file. Kung maraming file ang ibinigay bilang '-c AB C', isasama ang mga ito sa
tantyahin ang ingay sa background ng ChIP-seq.

-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}
Format ng tag file, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE" o "BAMPE". Ang default na AUTO na opsyon ay magbibigay-daan sa MACS na magpasya
anong format ang file. Pakisuri ang kahulugan sa README file kung pipiliin mo
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. DEFAULT: "AUTO"

-g GSIZE, --gsize GSIZE
Epektibong laki ng genome. Maaari itong maging 1.0e+9 o 1000000000, o mga shortcut:'hs' para sa tao
(2.7e9), 'mm' para sa mouse (1.87e9), 'ce' para sa C. elegans (9e7) at 'dm' para sa fruitfly
(1.2e8), Default:hs

--keep-dup KEEPDUPLICATES
Kinokontrol nito ang gawi ng MACS patungo sa mga duplicate na tag sa eksaktong parehong lokasyon --
ang parehong koordinasyon at ang parehong strand. Ginagawang kalkulahin ng opsyong 'auto' ang MACS
ang maximum na mga tag sa eksaktong parehong lokasyon batay sa binomal distribution gamit
1e-5 bilang pvalue cutoff; at pinapanatili ng opsyong 'lahat' ang bawat tag. Kung ang isang integer ay
ibinigay, hindi hihigit sa bilang ng mga tag na ito ay pananatilihin sa parehong lokasyon. Ang default
ay ang panatilihin ang isang tag sa parehong lokasyon. Default: 1

--buffer-size BUFFER_SIZE
Laki ng buffer para sa unti-unting pagtaas ng laki ng panloob na array upang mag-imbak ng mga nabasa
impormasyon ng pagkakahanay. Sa karamihan ng mga kaso, hindi mo kailangang baguhin ang parameter na ito.
Gayunpaman, kung mayroong malaking bilang ng mga chromosome/contigs/scaffolds sa iyong
alignment, inirerekomendang tumukoy ng mas maliit na laki ng buffer para mabawasan
paggamit ng memorya (ngunit mas matagal ang pagbabasa ng mga alignment file). Pinakamababang memorya
ang hiniling para sa pagbabasa ng isang alignment file ay tungkol sa # ng CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 2
Bytes. DEFAULT: 100000

Pagbubuhos mga argumento:
--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo

-n NAME, --pangalan NAME
Pangalan ng eksperimento, na gagamitin upang bumuo ng mga pangalan ng output file. DEFAULT: "NA"

-B, --bdg
I-save man o hindi ang pinahabang fragment pileup, at mga lokal na lambda track (dalawang
file) sa bawat bp sa isang bedGraph file. DEFAULT: Mali

--verbose VERBOSE
Itakda ang verbose level ng runtime na mensahe. 0: ipakita lamang ang kritikal na mensahe, 1: ipakita
karagdagang mensahe ng babala, 2: ipakita ang impormasyon ng proseso, 3: ipakita ang mga mensahe sa pag-debug.
DEFAULT:2

--trackline
Sinasabi sa MACS na isama ang trackline sa mga bedGraph file. Upang isama ang trackline na ito
habang ipinapakita ang bedGraph sa UCSC genome browser, maaaring magpakita ng pangalan at paglalarawan ng
pati na rin ang file. Gayunpaman ang aking mungkahi ay i-convert ang bedGraph sa bigWig, pagkatapos ay ipakita
ang mas maliit at mas mabilis na binary bigWig file sa UCSC genome browser, pati na rin
pagsusuri sa ibaba ng agos. Mangangailangan -B ihahanda. Default: Hindi kasama ang trackline.

--SPMR Kung Tama, magse-save ang MACS ng signal sa bawat milyong pagbabasa para sa mga profile ng pileup ng fragment.
Mangailangan -B ihahanda. Default: Mali

Nagbabago modelo mga argumento:
-s TSIZE, --tsize TSIZE
Laki. I-o-override nito ang awtomatikong natukoy na laki ng tag. DEFAULT: Hindi nakatakda

--bw BW
Lapad ng banda para sa pagpili ng mga rehiyon para kalkulahin ang laki ng fragment. Ang halagang ito ay ginagamit lamang
habang ginagawa ang nagbabagong modelo. DEFAULT: 300

-m MFOLD MFOLD, --mfold MFOLD MFOLD
Piliin ang mga rehiyon na nasa hanay ng MFOLD ng mataas na kumpiyansa na ratio sa pagpapayaman
background upang bumuo ng modelo. Ang fold-enrichment sa mga rehiyon ay dapat na mas mababa kaysa sa itaas
limitasyon, at mas mataas kaysa sa mas mababang limitasyon. Gamitin bilang "-m 10 30". DEFAULT:5 50

--ayusin-bimodal
Kung i-on ang proseso ng modelo ng auto pair. Kung nakatakda, kapag nabigo ang MACS na bumuo
ipinares na modelo, gagamitin nito ang mga setting ng nomodel, ang --exsize parameter na i-extend
bawat tag ay patungo sa 3' direksyon. Ang hindi paggamit ng automate fixation na ito ay isang default
ugali ngayon. DEFAULT: Mali

--walang modelo
Buuin man o hindi ang nagbabagong modelo. Kung True, hindi gagawa ng modelo ang MACS. sa pamamagitan ng
default ibig sabihin nito shifting size = 100, try to set extsize to change it. DEFAULT:
Huwad

--shift SHIFT
(HINDI ang legacy --shiftsize opsyon!) Ang arbitrary shift sa bp. Gumamit ng pagpapasya
habang itinatakda ito maliban sa default na halaga. Kapag nakatakda ang NOMODEL, gagamitin ito ng MACS
halaga upang ilipat ang mga dulo ng pagputol (5') patungo sa 5'->3' na direksyon pagkatapos ay ilapat ang EXTSIZE sa
pahabain ang mga ito sa mga fragment. Kapag negatibo ang value na ito, ililipat ang mga dulo
3'->5' na direksyon. Inirerekomenda na panatilihin itong default na 0 para sa mga dataset ng ChIP-Seq, o -1
* kalahati ng EXTSIZE kasama ang EXTSIZE na opsyon para sa pag-detect ng enriched cutting loci
gaya ng ilang mga dataset ng DNAseI-Seq. Tandaan, hindi ka makakapagtakda ng mga halaga maliban sa 0 kung
ang format ay BAMPE para sa paired-end na data. DEFAULT: 0.

--extsize EXTSIZE
Ang di-makatwirang laki ng extension sa bp. Kapag totoo ang nomodel, gagamitin ng MACS ang halagang ito
bilang laki ng fragment upang i-extend ang bawat pagbasa patungo sa 3' dulo, pagkatapos ay itambak ang mga ito. ito ay
eksaktong doble ang bilang ng hindi na ginagamit na SHIFTSIZE. Sa nakaraang wika, ang bawat nabasa ay
inilipat ang 5'->3' na direksyon sa gitna ng fragment ng 1/2 d, pagkatapos ay pinalawak sa pareho
direksyon na may 1/2 d. Ito ay katumbas ng pagsasabi na ang bawat pagbasa ay pinalawak patungo sa
5'->3' sa fragment ng laki ng ad. DEFAULT: 200. Maaaring pagsamahin ang EXTSIZE at SHIFT kapag
kailangan. Suriin ang opsyon na SHIFT.

Peak pagtatawag mga argumento:
-q QVALUE, --qvalue QVALUE
Minimum na FDR (q-value) cutoff para sa peak detection. DEFAULT: 0.05. -q, at -p ay
kapwa eksklusibong.

-p PVALUE, --phalaga PVALUE
Pvalue cutoff para sa peak detection. DEFAULT: hindi nakatakda. -q, at -p ay kapwa
eksklusibo. Kung nakatakda ang pvalue cutoff, ang qvalue ay hindi kakalkulahin at iuulat bilang
-1 sa huling .xls file.

--sa-malaki
Kapag nakatakda, sukatin ang maliit na sample hanggang sa mas malaking sample. Bilang default, mas malaki
ang dataset ay babawasan patungo sa mas maliit na dataset, na hahantong sa mas maliit
p/qvalues ​​at mas tiyak na mga resulta. Tandaan na ang pag-scale pababa ay magpapababa
mas ingay sa background. DEFAULT: Mali

--ratio RATIO
Kapag nakatakda, gumamit ng custom na scaling ratio ng ChIP/control (hal. kinakalkula gamit ang NCIS)
para sa linear scaling. DEFAULT: ingore

--down-sample
Kapag itinakda, babawasan ng random sampling na paraan ang mas malaking sample. Bilang default,
Gumagamit ang MACS ng linear scaling. Babala: Ang pagpipiliang ito ay gagawing hindi matatag ang iyong resulta at
irreproducible since every time, random reads ang pipiliin. Pag-isipang gamitin
'randsample' script sa halip. Kung gagamitin kasama ng --SPMR, 1
milyon-milyong natatanging mga nabasa ay random na pipiliin. Pag-iingat: dahil sa
pagpapatupad, ang huling bilang ng mga napiling pagbabasa ay maaaring hindi tulad ng iyong inaasahan!
DEFAULT: Mali

--binhi SEED
Itakda ang random na binhi habang binababa ang data ng sampling. Dapat ay isang hindi negatibong integer sa
upang maging epektibo. DEFAULT: hindi nakatakda

--nolambda
Kung True, gagamit ang MACS ng fixed background lambda bilang lokal na lambda para sa bawat peak
rehiyon. Karaniwan, kinakalkula ng MACS ang isang dynamic na lokal na lambda upang ipakita ang lokal na bias
dahil sa potensyal na istraktura ng chromatin.

--slocal MALIIT
Ang maliit na kalapit na rehiyon sa basepairs upang kalkulahin ang dynamic na lambda. Ito ay nakasanayan na
makuha ang bias malapit sa peak summit region. Di-wasto kung walang control data.
Kung itatakda mo ito sa 0, laktawan ng MACS ang slocal na pagkalkula ng lambda. *Tandaan* na MACS
ay palaging magsasagawa ng d-size na lokal na pagkalkula ng lambda. Ang huling lokal na bias ay dapat
maging ang maximum ng lambda value mula sa d, slocal, at llocal na laki ng mga bintana.
DEFAULT: 1000

--lokal LARGELOCAL
Ang malaking kalapit na rehiyon sa basepairs upang kalkulahin ang dynamic na lambda. Ito ay nakasanayan na
makuha ang surround bias. Kung itatakda mo ito sa 0, lalaktawan ng MACS ang llocal lambda
pagkalkula. *Tandaan* na ang MACS ay palaging magsasagawa ng d-size na lokal na lambda
pagkalkula. Ang panghuling lokal na bias ay dapat ang maximum ng lambda value mula sa d,
slocal, at lokal na laki ng mga bintana. DEFAULT: 10000.

--malawak
Kung nakatakda, susubukan ng MACS na tawagan ang mga malalawak na taluktok sa pamamagitan ng pag-link sa malapit na napakayaman
mga rehiyon. Ang nagli-link na rehiyon ay kinokontrol ng isa pang cutoff through
--linking-cutoff. Ang maximum na haba ng rehiyon ng pag-link ay 4 na beses ng d mula sa MACS.
DEFAULT: Mali

--broad-cutoff BROADCUTOFF
Cutoff para sa malawak na rehiyon. Hindi available ang opsyong ito maliban kung --malawak ay nakatakda. Kung -p
ay nakatakda, ito ay isang pvalue cutoff, kung hindi, ito ay isang qvalue cutoff. DEFAULT: 0.1

--cutoff-analysis
Habang nakatakda, susuriin ng MACS2 ang bilang o kabuuang haba ng mga taluktok na maaaring tawagan ng
ibang p-value cutoff pagkatapos ay mag-output ng isang summary table upang matulungan ang user na magpasya ng isang mas mahusay
putulin. Ise-save ang talahanayan sa NAME_cutoff_analysis.txt file. Tandaan, minlen at
maxgap ay maaaring makaapekto sa mga resulta. BABALA: Maaaring tumagal ng ~30 beses na mas matagal bago matapos.
DEFAULT: Mali

Post processing na pagpipilian:
--call-summits
Kung nakatakda, gagamit ang MACS ng mas sopistikadong diskarte sa pagpoproseso ng signal upang mahanap
subpeak summits sa bawat enriched peak region. DEFAULT: Mali

--fe-cutoff FECUTOFF
Kapag nakatakda, gagamitin ang value para i-filter ang mga peak na may mababang fold-enrichment.
Tandaan, ginagamit ng MACS2 ang 1.0 bilang pseudocount habang kinakalkula ang fold-enrichment. DEFAULT: 1.0

Gumamit ng macs2_callpeak online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net