InglesPransesEspanyol

Ad


OnWorks favicon

map2slimp - Online sa Cloud

Patakbuhin ang map2slimp sa OnWorks na libreng hosting provider sa Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

Ito ang command map2slimp na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

PROGRAMA:

NAME


map2slim - nagmamapa ng mga asosasyon ng gene sa isang 'slim' ontology

SINOPSIS


cd pumunta
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

DESCRIPTION


Dahil sa isang GO slim file, at isang kasalukuyang ontology (sa isa o higit pang mga file), ang script na ito ay imamapa
isang gene association file (naglalaman ng mga anotasyon sa buong GO) sa mga tuntunin sa GO
payat.

Ang script ay maaaring gamitin upang lumikha ng bagong gene association file, na naglalaman ng karamihan
nauugnay na GO slim accessions, o sa count-mode, kung saan magbibigay ito ng natatanging gene
bilang ng produkto para sa bawat slim term

Ang format ng file ng asosasyon ay inilarawan dito:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#file>

MGA PANGANGATWIRANG


-b balde balingkinitan file
Ang argumentong ito ay nagdaragdag balde takda sa slim ontology; tingnan ang dokumentasyon sa ibaba para sa
isang paliwanag. Isusulat ang bagong slim ontology file, kasama ang bucket terms
balde balingkinitan file

-outmap balingkinitan paggawa ng mga mapa file
Bubuo ito ng mapping file para sa bawat termino sa buong ontology na nagpapakita ng parehong
pinaka-kaugnay na slim term at lahat ng slim term na mga ninuno. Kung ito ang gagamitin mo
opsyon, HUWAG magbigay ng gene-associations file

mga pangalan ng palabas
(Gumagana lamang sa -outmap)

Ipakita ang mga pangalan ng termino sa slim mapping file

-c Pipilitin nito ang map2slim na magbigay ng mga bilang ng assoc file, sa halip na imapa ito

-t Kapag ginamit kasabay ng -c ay ita-tab ang output upang ang indentation ay sumasalamin
ang hierarchy ng puno sa slim file

-o Palabas file
Isusulat nito ang mga nakamapang assocs (o mga bilang) sa tinukoy na file, sa halip na sa
ang screen

DOWNLOAD


Ang script na ito ay bahagi ng go-perl package, available mula sa CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Hindi gagana ang script na ito nang hindi nag-i-install ng go-perl

Pagma-map ALGORITMO
Ang GO ay isang DAG, hindi isang puno. Nangangahulugan ito na kadalasang mayroong higit sa isang path mula sa isang GO term
hanggang sa root Gene_Ontology node; maaaring mag-intersect ang landas ng maraming termino sa slim
ontology - na nangangahulugan na ang isang anotasyon ay maaaring mag-mapa sa maramihang manipis na termino!

(nota kailangan mong tingnan ito online upang makita ang larawan sa ibaba - kung hindi mo ito tinitingnan
ang http://www.geneontology.org site, maaari mong tingnan ang sumusunod na URL:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

Isang hypothetical na halimbawa ang mga asul na bilog ay nagpapakita ng mga termino sa GO slim, at ang mga dilaw na bilog ay nagpapakita
mga tuntunin sa buong ontolohiya. Ang buong ontology ay sumasakop sa slim, kaya ang mga asul na termino ay
din sa ontolohiya.

GO ID MAPS TO SLIM ID ALL SLIM NUNO
===== =====================
5 2+3 2,3,1
6 3 3,1 lang
7 4 4,3,1 lang
8 3 3,1 lang
9 4 4,3,1 lang
10 2+3 2,3,1

Ipinapakita ng ika-2 column ang (mga) pinakamahalagang ID sa slim ang direktang pagmamapa. Ang ika-3
column ay nagpapakita ng lahat ng mga ninuno sa slim.

Pansinin sa partikular ang pagmamapa ng ID 9 bagama't mayroon itong dalawang landas patungo sa root through
ang slim via 3 at 4, 3 ay itinapon dahil ito ay nasa ilalim ng 4.

Sa kabilang banda, 10 mapa sa parehong 2 at 3 dahil pareho silang unang slim ID sa
dalawang wastong landas patungo sa ugat, at hindi sumasakop sa isa pa.

Ang algorithm na ginamit ay:

upang i-map ang anumang isang termino sa buong ontology: hanapin ang lahat ng wastong landas hanggang sa root node in
ang buong ontolohiya

para sa bawat landas, gawin ang unang slim term na nakatagpo sa path

itapon ang anumang paulit-ulit na slim terms sa set na ito ie slim terms subsumed by other slim terms
sa set

BUCKET TUNTUNIN
Kung patakbuhin mo ang script gamit ang -b na opsyon, idadagdag ang mga termino ng bucket. Para sa anumang terminong P in
ang slim, kung ang P ay may kahit isang anak na C, isang bucket term na P' ay gagawin sa ilalim ng P. Ito ay
isang catch-all na termino para sa pagmamapa ng anumang termino sa buong ontology na isang inapo ng P, ngunit
HINDI isang inapo ng sinumang anak ni P sa slim ontology.

Halimbawa, ang slim generic.0208 ay may mga sumusunod na termino at istraktura:

%DNA binding ; GO:0003677
%chromatin binding ; GO:0003682
%transcription factor aktibidad ; GO:0003700, GO:0000130

Pagkatapos magdagdag ng mga termino ng bucket, magiging ganito ang hitsura:

%DNA binding ; GO:0003677
%chromatin binding ; GO:0003682
%transcription factor aktibidad ; GO:0003700 ; kasingkahulugan:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA binding ; slim_temp_id:12

Mga tuntunin mula sa buong ontolohiya na iba pang mga bata ng DNA binding, gaya ng single-
stranded DNA binding at ang mga descendent nito ay imamapa sa bucket term.

Ang termino ng bucket ay may slim ID na lumilipas at naroroon lamang upang mapadali ang
pagmamapa. Hindi ito dapat gamitin sa labas.

Ang termino ng bucket ay may prefix na Z-OTHER; ang Z ay isang hack upang matiyak na ang termino ay
laging huling nakalista sa alpabetikong pagkakasunud-sunod.

Bahagyang binago ang algorithm kung gagamitin ang mga termino ng bucket. Ang termino ng balde ay may isang
implicit relationship sa lahat ng IBANG kapatid na wala sa slim.

Do I kailangan balde term?

Sa kasalukuyan, ang karamihan sa mga slim file ay buo o halos 'kumpleto', iyon ay, walang mga puwang.
Nangangahulugan ito na ang -b na opsyon ay hindi makakapagdulot ng kapansin-pansing iba't ibang resulta. Halimbawa,
maaari kang makakita ng bucket term na OTHER-binding na ginawa, na walang anotasyon dito: dahil lahat
ang mga anak ng binding sa GO ay kinakatawan sa slim file.

Ang opsyon sa bucket ay talagang kailangan lamang para sa ilan sa mga mas lumang naka-archive na slim file,
na static at nabuo sa medyo ad-hoc na paraan; may posibilidad silang mag-ipon ng 'mga puwang'
sa paglipas ng panahon (hal. GO ay magdadagdag ng bagong anak ng pagbubuklod, ngunit ang static na slim file ay hindi aabot sa
petsa, kaya ang anumang mga produkto ng gene na na-annotate sa bagong terminong ito ay imamapa sa OTHER-binding sa
slim)

GRAPH MISMATCHES
Tandaan na ang (mga) slim ontology na file ay maaaring hindi na napapanahon kaugnay ng kasalukuyang
ontolohiya.

Sa kasalukuyan ang map2slim ay hindi nagba-flag ng mga hindi pagkakatugma ng graph sa pagitan ng slim graph at ng graph sa
ang buong ontology file; ito ay tumatagal ng buong ontolohiya bilang ang tunay na graph. Gayunpaman, ang
slim ontology ang gagamitin para i-format ang mga resulta kung pipiliin mo -t -c bilang mga pagpipilian.

oUTPUT
Sa normal na mode, isang karaniwang format na gene-association file ang isusulat. Ang column ng GO ID
(5) ay maglalaman ng mga GO slim ID. Ang pagmamapa ay tumutugma sa ika-2 column sa talahanayan
sa itaas. Tandaan na ang output file ay maaaring maglaman ng higit pang mga linya kaysa sa input file. Ito ay
dahil ang ilang buong GO ID ay may higit sa isang nauugnay na slim ID.

COUNT MODE

Ang map2slim ay maaaring patakbuhin gamit ang -c na opsyon, na magbibigay ng mga bilang ng natatanging gene
mga produkto na nakamapa sa bawat slim term. Ang mga column ay ang mga sumusunod

GO Term
Ang unang column ay ang GO ID na sinusundan ng terminong pangalan (ang terminong pangalan ay ibinigay bilang
ito ay matatagpuan sa parehong buong GO at slim ontologies - ang mga ito ay karaniwang pareho
ngunit paminsan-minsan ay mahuhuli ang slim file sa likod ng mga pagbabago sa GO file)

Bilang ng mga produkto ng gene kung saan ito ang pinakanauugnay na slim term
ang bilang ng mga natatanging produkto ng gene kung saan ito ang pinakamahalaga/direktang slim
ID. Sa pamamagitan ng pinaka-direktang ibig sabihin namin na alinman sa asosasyon ay ginawa nang direkta sa terminong ito,
O ang asosasyon ay ginawa sa isang bata ng slim term na ito AT walang batang slim
termino kung saan imamapa ng asosasyon.

Para sa karamihan ng mga slim, ang bilang na ito ay magiging katumbas ng direktang bilang ng mga asosasyon
nakamapa sa slim term na ito. Gayunpaman, ang ilang mga mas lumang slim file ay "batik-batik" dahil sila
aminin ang "gaps". Halimbawa, kung ang slim ay may lahat ng mga bata ng "biological na proseso" na may
maliban sa "pag-uugali" kung gayon ang lahat ng anotasyon sa "pag-uugali" o mga anak nito ay magiging
binilang dito

tingnan ang halimbawa sa ibaba

Bilang ng mga produkto ng gene na hinuhulaan na nauugnay sa slim term
at ang bilang ng mga natatanging produkto ng gene na naka-annotate sa alinmang inapo nito
slim ID (o direktang naka-annotate sa slim ID).

watawat ng pagkalipas
GO ontology

Upang kumuha ng isang halimbawa; kung gagamitin natin ang -t at -c tulad nito:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

Pagkatapos ang bahagi ng mga resulta ay maaaring magmukhang ganito:

GO:0008150 biological_process (biological_process) 34 10025 biological_process
GO:0007610 pag-uugali (pag-uugali) 632 632 biological_process
GO:0000004 biological process unknown (biological process unknown) 832 832 biological_process
GO:0007154 cell communication (cell communication) 333 1701 biological_process
GO:0008037 cell recognition (cell recognition) 19 19 biological_process
19 na produkto ang na-map sa GO:0008037 o isa sa mga anak nito. (GO:0008037 ay isang leaf node sa slim, kaya ang dalawang bilang ay magkapareho).

Sa kabilang banda, ang GO:0008150 ay nakakakuha lamang ng 34 na produkto kung saan ito ang pinakanauugnay
termino. Ito ay dahil karamihan sa mga anotasyon ay imamapa sa ilang anak ng GO:0008150 sa slim,
tulad ng GO:0007610 (pag-uugali). Ang 34 na produkto ng gene na ito ay direktang naka-annotate sa
GO:0008150, o sa ilang bata ng terminong ito na wala sa slim. Ito ay maaaring tumuro sa
'gaps' sa slim. Tandaan na ang pagpapatakbo ng map2slim gamit ang -b na opsyon ay 'magsaksak' sa mga puwang na ito
na may mga terminong artipisyal na tagapuno.

Gamitin ang map2slimp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net


Mga Libreng Server at Workstation

Mag-download ng Windows at Linux apps

  • 1
    AstroOrzPlayer
    AstroOrzPlayer
    Ang AstroOrz Player ay isang libreng media player
    software, bahagi batay sa WMP at VLC. Ang
    ang player ay nasa isang minimalist na istilo, na may
    higit sa sampung kulay ng tema, at maaari rin
    b ...
    I-download ang AstroOrzPlayer
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Ang Kodi Movistar+ TV ay isang ADDON para sa XBMC/
    Kodi que permite disponer de un
    decodificador de los servicios IPTV de
    Movistar integrado en uno de los
    mga mediacenter ma...
    I-download ang movistartv
  • 3
    Code :: Mga Pag-block
    Code :: Mga Pag-block
    Code::Blocks ay isang libre, open-source,
    cross-platform C, C++ at Fortran IDE
    binuo upang matugunan ang pinaka-hinihingi na mga pangangailangan
    ng mga gumagamit nito. Ito ay dinisenyo upang maging napaka
    mga extension...
    I-download ang Code::Blocks
  • 4
    Sa gitna
    Sa gitna
    Sa gitna o Advanced na Minecraft Interface
    at ang Pagsubaybay sa Data/Istruktura ay isang kasangkapan upang
    magpakita ng pangkalahatang-ideya ng isang Minecraft
    mundo, nang hindi aktwal na nilikha ito. Ito
    pwede...
    I-download sa gitna
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    Ang MSYS2 ay isang koleksyon ng mga tool at
    mga aklatan na nagbibigay sa iyo ng isang
    madaling gamitin na kapaligiran para sa pagtatayo,
    pag-install at pagpapatakbo ng katutubong Windows
    software. Ito con...
    I-download ang MSYS2
  • 6
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo
    Ang libjpeg-turbo ay isang JPEG image codec
    na gumagamit ng mga tagubilin sa SIMD (MMX, SSE2,
    NEON, AltiVec) para mapabilis ang baseline
    Naka-on ang JPEG compression at decompression
    x86, x8...
    I-download ang libjpeg-turbo
  • Marami pa »

Linux command

  • 1
    abi-tracker
    abi-tracker
    abi-tracker - tingnan ang mga pagbabago sa ABI
    timeline ng isang C/C++ software library.
    DESCRIPTION: NAME: ABI Tracker
    (abi-tracker) I-visualize ang mga pagbabago sa ABI
    timeline ng isang C/C+...
    Patakbuhin ang abi-tracker
  • 2
    abicheck
    abicheck
    abicheck - suriin ang mga binary ng application
    para sa mga tawag sa pribado o umuusbong na mga simbolo
    sa mga aklatan at para sa static na pag-uugnay ng
    ilang system library. ...
    Patakbuhin ang abicheck
  • 3
    couriermlm
    couriermlm
    couriermlm - Ang Courier mailing list
    manager...
    Patakbuhin ang couriermlm
  • 4
    couriertcpd
    couriertcpd
    couriertcpd - ang Courier mail server
    Daemon ng TCP server ...
    Patakbuhin ang couriertcpd
  • 5
    gbklatex
    gbklatex
    bg5latex - Direktang gumamit ng LaTeX sa isang Big5
    encodedtex file bg5pdflatex - Gamitin
    pdfLaTeX nang direkta sa isang Big5 encodedtex
    file bg5+latex - Gamitin ang LaTeX nang direkta sa a
    Big5+...
    Patakbuhin ang gbklatex
  • 6
    gbkpdflatex
    gbkpdflatex
    bg5latex - Direktang gumamit ng LaTeX sa isang Big5
    encodedtex file bg5pdflatex - Gamitin
    pdfLaTeX nang direkta sa isang Big5 encodedtex
    file bg5+latex - Gamitin ang LaTeX nang direkta sa a
    Big5+...
    Patakbuhin ang gbkpdflatex
  • Marami pa »

Ad