mauveAligner - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mauveAligner - mahusay na pagbuo ng maramihang genome alignment

SINOPSIS

mauveAaligner [mga opsyon] ...
filename>

DESCRIPTION

Ang mauveAligner at progressiveMauve alignment algorithm ay ipinatupad bilang
mga command-line program na kasama sa nada-download na software ng Mauve. Kapag tumakbo mula sa
command-line, ang mga program na ito ay nagbibigay ng mga opsyon na hindi pa available sa graphical na interface.

Opsyon

--output=Pangalan ng file output.
Nagpi-print sa screen bilang default

--mga ina Maghanap ng mga MUM lamang, huwag subukang tukuyin ang mga lokal na collinear block (LCBs)

--walang-recursion Huwag magsagawa ng recursive anchor identification (nagpapahiwatig
--walang-gapped-alignment)

--walang-lcb-extension Kung tinutukoy ang mga LCB, huwag subukang palawigin ang mga LCB

--laki ng buto=Paunang sukat ng tugma ng binhi, ang default ay log_2( average na haba ng seq. )

--max-extension-iteration=Limitahan ang mga extension ng LCB sa bilang ng mga pagtatangka,
ang default ay 4

--alisin-inclusions Tanggalin ang mga naka-link na inklusyon sa mga subset na tugma.

--timbang=Pinakamababang timbang ng LCB sa mga pares ng base bawat pagkakasunud-sunod

--match-input=Gumamit ng tinukoy na file ng tugma sa halip na maghanap ng mga tugma

--lcb-match-input Isinasaad na ang tugmang input file ay naglalaman ng mga tugma na
naka-cluster sa mga LCB

--lcb-input=Gumamit ng tinukoy na lcb file sa halip na gumawa ng mga LCB (lumalaktaw sa LCB
henerasyon)

--scratch-path=Para sa malalaking genome, gumamit ng direktoryo para sa pag-imbak ng pansamantalang data.
Dapat bigyan ng dalawa o higit pang beses sa magkaibang landas.

--id-matrix=Bumuo ng mga istatistika ng LCB at isulat ang mga ito sa tinukoy na file

--laki ng isla=Maghanap ng mga isla na mas malaki kaysa sa ibinigay na numero

--isla-output=I-output ang ibinigay na file (nangangailangan --laki ng isla)

--laki ng gulugod=Maghanap ng mga kahabaan ng backbone na mas mahaba kaysa sa ibinigay na bilang ng bp

--max-backbone-gap=Payagan ang backbone na maantala ng mga puwang hanggang sa haba na ito
bp

--backbone-output=I-output ang ibinigay na file (nangangailangan --laki ng isla)

--coverage-output=Mag-output ng listahan ng saklaw sa tinukoy na file (- para sa stdout)

--uulit Bumubuo ng paulit-ulit na mapa. Isang sequence lang ang maaaring tukuyin

--output-guide-tree=Sumulat ng isang puno ng gabay sa itinalagang file

--collinear Ipagpalagay na ang mga sequence ng input ay collinear--wala silang mga muling pagsasaayos

Nakanganga pagkakahanay mga kontrol:
--walang-gapped-alignment Huwag magsagawa ng gapped alignment

--max-gapped-aligner-length=Pinakamataas na bilang ng mga pares ng base upang subukang ihanay
ang gapped aligner

--min-recursive-gap-length=Minimum na laki ng gaps na gagawin ni Mauve na recursive
MUM anchoring on (Default ay 200)

Naka-sign permutasyon matris na pagpipilian:
--permutation-matrix-output=Isulat ang mga LCB bilang isang nilagdaang permutation matrix sa
ang ibinigay na file

--permutation-matrix-min-weight=Isang permutation matrix ang isusulat para sa bawat
set ng mga LCB na may bigat sa pagitan ng halagang ito at ng halaga ng --timbang

Pagkakahanay output na pagpipilian:
--alignment-output-dir=Naglalabas ng isang set ng alignment file (isa bawat LCB) sa a
ibinigay na direktoryo

--alignment-output-format=Pinipili ang format ng output para sa --alignment-output-dir

--output-alignment=Sumulat ng XMFA format alignment sa itinalagang file

Ang mga sinusuportahang format ng output ng alignment ay: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Gamitin ang mauveAligner online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net