meryl - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

meryl - in- at out-of-core na pagbibilang at mga utility ng kmer

SINOPSIS

Pagtantya memorya kinakailangan
meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercount

gusali a mesa
meryl -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L minoccurrence] [-U maxoccurrence]
[- mga thread n | {-mga segment mga segment | -alaala megabytes} [-configbatch [-sge pangalan ng trabaho]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

meryl -countbatch numero [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

meryl -mergebatch numero [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Nagpapalabas pagpapatakbo on a mesa
meryl -M operasyon [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o output

Paglalaglag a mesa
meryl -Dh -s tblprefix

meryl -Dt -n mincount -s tblprefix

DESCRIPTION

meryl kinakalkula ang nilalaman ng kmer ng mga genomic sequence. Ang nilalaman ng Kmer ay kinakatawan bilang a
listahan ng mga kmer at ang bilang ng beses na nangyari ang bawat isa sa mga sequence ng input. Ang kmer ay maaaring
limitado lamang sa pasulong na kmer, tanging sa reverse kmer, o sa canonical na kmer
(lexicographically mas maliit ng forward at reverse kmer sa bawat lokasyon). Meryl maaari
iulat ang histogram ng mga bilang, ang listahan ng mga kmer at ang kanilang mga bilang, o maaaring gumanap
mathematical at set operations sa mga naprosesong data file.

Ang output ng meryl ay dalawang binary file, na tinatawag na meryl database, na maaaring mabilis
itinapon upang magbigay ng histogram ng mga bilang, o ang aktwal na mga bilang. Isang C++ library ang ibinibigay
para sa direktang pag-access sa mga file.

Opsyon

-P Tantyahin ang mga kinakailangan sa memorya. Nabigyan ng sequence file (-s) o isang pinakamataas na limitasyon sa
bilang ng mga mer sa file (-n), kalkulahin ang laki ng talahanayan (-t in build) para mabawasan
ang paggamit ng memorya. Kinikilala ng mode na ito ang mga sumusunod na opsyon:

-m # laki ng isang mer (kinakailangan)

-c # homopolymer compression (opsyonal)

-p paganahin ang mga posisyon

-s seq.fasta
Sequence file na i-scan upang matukoy ang bilang ng mga mers

-n # compute params assuming file na may ganitong maraming mers sa loob nito

Isa lamang sa -s, -n kailangang tukuyin. Kung pareho ang ibinigay, -s inuuna ang prioridad.

-B Kalkulahin ang mer-count na mga talahanayan na binigyan ng sequence file (-s) at maraming mga parameter. Sa pamamagitan ng
default, ang parehong mga strand ay pinoproseso.

-f bumuo lamang para sa pasulong na strand

-r bumuo lamang para sa reverse strand

-C gumamit ng canonical mers (nagpapalagay ng parehong mga hibla)

-L # HUWAG i-save ang mga mer na nangyayari nang wala pang # beses

-U # HUWAG i-save ang mga mer na nangyayari nang higit sa # beses

-m # laki ng isang mer (kinakailangan)

-c # homopolymer compression (opsyonal)

-p paganahin ang mga posisyon

-s seq.fasta
pagkakasunud-sunod upang bumuo ng talahanayan para sa

-o tblprefix
prefix ng talahanayan ng output

-v aliwin ang gumagamit

Ang meryl ang proseso ay maaaring tumakbo sa isang malaking memory batch, sa maraming maliliit na memory batch,
o sa ilalim ng kontrol ng SGE, lahat ay mayroon o walang gumagamit ng maramihang mga core ng CPU. Bilang default,
ang pagkalkula ay ginagawa bilang isang malaking sequential na proseso. Multi-threaded na operasyon
ay posible, sa karagdagang gastos sa memorya, tulad ng naka-segment na operasyon, sa karagdagang
gastos sa I/O.

May sinulid operasyon
Hatiin ang pagbibilang sa n halos pantay na laki ng mga piraso. Gumagamit ito ng dagdag
h MB (mula sa -P) bawat thread.

- mga thread n
gamitin n mga thread na itatayo

Segmented, sunud-sunod operasyon
Hatiin ang pagbibilang sa mga piraso na magkakasya sa hindi hihigit sa m MB ng
memorya, o sa n pantay na laki ng mga piraso. Ang bawat piraso ay kinakalkula nang sunud-sunod,
at ang mga resulta ay pinagsama sa dulo. Isa lamang sa -alaala at -mga segment is
kailangan.

-alaala m
gumamit ng higit m MB ng memorya bawat segment

-mga segment n
gamitin n mga segment

Segmented, nag-batch operasyon
Pareho sa sunud-sunod, maliban kung pinapayagan nito ang bawat segment na manu-manong isagawa
kahanay. Isa lamang sa -alaala at -mga segment ay kailangan. Tingnan din ang
Halimbawa seksyon sa pahinang ito.

-alaala m
gumamit ng higit m MB ng memorya bawat segment

-mga segment n
gamitin n mga segment

-configbatch
lumikha ng mga batch

-countbatch n
tumakbo batch number n

-mergebatch
pagsamahin ang mga batch

Maaaring tumakbo ang batched mode sa grid.

-sge pangalan ng trabaho
natatanging pangalan ng trabaho para sa pagpapatupad na ito. Meryl magsusumite ng mga trabaho na may pangalan
mppangalan ng trabaho, ncpangalan ng trabaho, nmpangalan ng trabaho, para sa mga yugto ng paghahanda, pagbibilang at pagsasama-sama.

-sgebuild "mga opsyon"

-sgemerge "mga opsyon"
anumang karagdagang mga opsyon sa qsub(1) (hal., "-p -153 -pe thread 2 -A
merylaccount") NB - -N ay hindi papansinin NB - siguraduhin na quote ang
pagpipilian

-M Dahil sa listahan ng mga talahanayan, magsagawa ng math, logical o threshold na operasyon. Maliban kung
tinukoy, ang lahat ng mga operasyon ay tumatagal ng anumang bilang ng mga database. Ang mga operasyon sa matematika ay:

minuto ang bilang ay ang pinakamababang bilang para sa lahat ng mga database. Kung ang mer ay HINDI umiiral sa
lahat ng mga database, ang mer ay may zero count, at WALA sa output.

mineexist
ang bilang ay ang pinakamababang bilang para sa lahat ng mga database na naglalaman ng mer

max ang bilang ay ang pinakamataas na bilang para sa lahat ng mga database

idagdag ang bilang ay kabuuan ng mga bilang para sa lahat ng mga database

sub ang bilang ay ang unang minus ang pangalawa (binary lamang)

abs ang bilang ay ang ganap na halaga ng una minus ang pangalawa (binary lamang)

Ang mga lohikal na operasyon ay:

at outputs mer kung ito ay umiiral sa lahat ng mga database

nand outputs mer kung ito ay umiiral sa hindi bababa sa isa, ngunit hindi lahat, mga database

or outputs mer kung ito ay umiiral sa hindi bababa sa isang database

xor outputs mer kung ito ay umiiral sa isang kakaibang bilang ng mga database

Ang mga operasyon ng threshold ay:

mas mababa sa x
outputs mer kung ito ay may bilang < x

lessthanorequal x
outputs mer kung ito ay may bilang <= x

mahigit sa x
outputs mer kung ito ay may bilang > x

higit sa hindi kapantay x
outputs mer kung ito ay may bilang >= x

kapantay x
outputs mer kung ito ay may bilang == x

Ang mga operasyon ng threshold ay gumagana sa eksaktong isang database.

-s tblprefix
gamitin tblprefix bilang isang database

-o tblprefix
lumikha ng output na ito

-v aliwin ang gumagamit

-D Dump table (hindi lahat ng ito ay gumagana)

-DD Magtapon ng histogram ng distansya sa pagitan ng parehong mga mer.

-Dt Dump mers >= isang threshold. Gamitin -n upang tukuyin ang threshold.

-Dc Bilangin ang bilang ng mga mer, natatanging mer at natatanging mer.

-Dh Dump (to stdout) isang histogram ng mer counts.

-s Basahin ang talahanayan ng bilang mula dito (iwanan ang .mcdat o .mcidx).

Halimbawa

Talaksan paglikha of a mesa
Simulan ang pag-compute gamit ang -configbatch, na nangangailangan ng lahat ng mga pagpipilian sa pagbuo. Isagawa ang lahat
-countbatch mga trabaho, kung gayon -mergebatch upang makumpleto.

meryl -configbatch -B [mga pagpipilian] -o file
meryl -countbatch 0 -o file
meryl -countbatch 1 -o file
...
meryl -countbatch N -o file
meryl -mergebatch N -o file

Gamitin ang meryl online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net