mfa2xmfa - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

addUnalignedIntervals - bahagi ng mauveAligner package
alignmentProjector - bahagi ng mauveAligner package
backbone_global_to_local - bahagi ng mauveAligner package
bbAnalyze - bahagi ng mauveAligner package
createBackboneMFA - bahagi ng mauveAligner package
getAlignmentWindows - bahagi ng mauveAligner package
getOrthologList - bahagi ng mauveAligner package
makeBadgerMatrix - bahagi ng mauveAligner package
mauveToXMFA - bahagi ng mauveAligner package
mfa2xmfa - bahagi ng mauveAligner package
projectAndStrip - bahagi ng mauveAligner package
randomGeneSample - bahagi ng mauveAligner package
scoreAlignment - bahagi ng mauveAligner package
stripGapColumns - bahagi ng mauveAligner package
stripSubsetLCBs - bahagi ng mauveAligner package
toGrimmFormat - bahagi ng mauveAligner package
toMultiFastA - bahagi ng mauveAligner package
toRawSequence - bahagi ng mauveAligner package
uniqueMerCount - bahagi ng mauveAligner package
uniquifyTrees - bahagi ng mauveAligner package
xmfa2maf - bahagi ng mauveAligner package

DESCRIPTION

Ang mga tool na ito ay nabibilang sa mauveAligner package. Ang mga ito ay hindi tahasang dokumentado ngunit
ay nagpi-print ng linya ng synopsis na inuulit dito.

addUnalignedIntervals <input agwat file> <output agwat file>

alignmentProjector <input xmfa> <output xmfa> <mfa seq input> <mfa seq output> <listahan of
seqs sa isama, simula at 0>

backbone_global_to_local <xmfa file> < backbone file> <output file>

bbPag-aralan <xmfa file> <gabay puno> < backbone seqpos file> < backbone co file> <annotated
seq index> <output file>

Ang annotated seq index ay nagsisimula sa 0.

createBackboneMFA <input agwat file> <output MFA pangalan>

getAlignmentWindows <XMFA pagkakahanay> <window haba> <window ilipat halaga> <base output
filename>

getOrthologList getOrthologList <input xmfa> < backbone seq file> <reference genome> <CDS
ortholog filename> <CDS pagkakahanay base pangalan>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <input xmfa> <output mabango file> <LCB coordinate file>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Pagkakahanay input> <XMFA output>

mfa2xmfa <MFA pagkakahanay input> <XMFA pagkakahanay output> [Hindi nakahanay MabilisA output]

projectAndStrip <input xmfa> <output xmfa> ...

Ang mga pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod ng numero ay nagsisimula sa 0.

randomGeneSample <input xmfa> < backbone seq file> <sample genome> <numero of genes>
<output base pangalan> [random buto]

scoreAlignment <tama pagkakahanay> <kinakalkula pagkakahanay> [nag-evolve pagkakasunud-sunod file] [slagan]

stripGapColumns <input XMFA> <output XMFA>

stripSubsetLCBs <input xmfa> <input bbcols> <output xmfa> [min AML laki] [min genome]
[random lang subsample sa X kb]

saGrimmFormat <Mauve Pag-align> <genome 1 chr haba>... N chr haba>

saMultiFastA <input agwat file> <output base pangalan>

toRawSequence <input pagkakasunod-sunod> <output file>

uniqueMerCount <Inayos Mag-asawa Listahan>

uniquifyTrees <nexus input file> <nexus output file>

Ang lahat ng mga puno sa input file ay dapat magkaroon ng parehong bilang ng taxa at parehong taxon
mga label

xmfa2maf <xmfa input> <maf output>

Gamitin ang mfa2xmfa online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net