mhap - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mhap - probabilistic sequence overlapping

DESCRIPTION

Mangyaring itakda ang -s o ang -p mga pagpipilian. Tingnan ang mga opsyon sa ibaba: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
Isang tool para sa paghahanap ng mga overlap ng matagal nang nabasa na mga sequence (tulad ng PacBio o Nanopore) sa
bioinformatics.

Bersyon: 1.6, Oras ng paggawa: 09/12/2015 11:46 PM Paggamit 1 (direktang pagpapatupad): java
server -Xmx - banga -s[-q
file>] [-f ] Paggamit 2 (bumuo ng precomputed
binary): java server -Xmx - banga -p
-q [-f ]

--alignment, default = false
Pang-eksperimentong opsyon.

--alignment-offset, default = -0. 535
Ang offset sa account para sa pagkakaiba sa alignment match score.

--alignment-score, default = 1.0E-6
Ang cutoff score para sa alignment na mga tugma.

--filter-threshold, default = 1.0E-5
[double], ang cutoff kung saan isinasaalang-alang ang k-mer sa k-mer filter file
paulit-ulit. Ang halagang ito para sa isang partikular na k-mer ay tinukoy sa pangalawang column sa
ang file ng filter. Kung walang ibinigay na filter file, babalewalain ang opsyong ito.

- Tumulong, default = false
Ipinapakita ang menu ng tulong.

--max-shift, default = 0.2
[doble], laki ng rehiyon sa kaliwa at kanan ng tinantyang overlap, gaya ng hinango
mula sa median shift at sequence length, kung saan nananatili pa rin ang isang k-mer na tugma
itinuturing na wasto. Pangalawang yugto ng filter lamang.

--min-store-haba, default = 0
[int], Ang pinakamababang haba ng nabasa na nakaimbak sa kahon. Ginagamit para i-filter out
maikling pagbabasa mula sa FASTA file.

--nanopore-mabilis, default = false
Itakda ang lahat ng mga parameter para sa mga mabilisang setting ng Nanopore. Ito ang kasalukuyang pinakamahusay
gabay, at maaaring magbago anumang oras nang walang babala.

--wala-sarili, default = false
Huwag kalkulahin ang mga overlap sa pagitan ng mga sequence sa loob ng isang kahon. Dapat gamitin kapag ang
papunta at mula sa mga sequence ay nagmumula sa iba't ibang mga file.

--num-hashes, default = 512
[int], bilang ng mga min-mer na gagamitin sa MinHashing.

--num-min-matches, default = 3
[int], pinakamababang # min-mer na dapat ibahagi bago mag-compute ng pangalawang yugto ng filter.
Anumang mga pagkakasunud-sunod sa ibaba ng halagang iyon ay itinuturing na hindi magkakapatong.

--num-threads, default = 12
[int], bilang ng mga thread na gagamitin para sa pagkalkula. Karaniwang nakatakda sa 2 x #cores.

--pacbio-mabilis, default = false
Itakda ang lahat ng mga parameter para sa mabilis na setting ng PacBio. Ito ang kasalukuyang pinakamahusay
gabay, at maaaring magbago anumang oras nang walang babala.

--pacbio-sensitive, default = false
Itakda ang lahat ng mga parameter para sa mga sensitibong setting ng PacBio. Ito ang kasalukuyang pinakamahusay
gabay, at maaaring magbago anumang oras nang walang babala.

--store-full-id, default = false
Mag-imbak ng mga buong ID tulad ng nakikita sa FASTA file, sa halip na mag-imbak lamang ng pagkakasunud-sunod
posisyon sa file. Ang ilang FASTA file ay may mahabang IDS, nagpapabagal sa output ng mga resulta.
Binabalewala ang mga opsyong ito kapag gumagamit ng naka-compress na format ng file.

--threshold, default = 0.04
[doble], ang cutoff ng marka ng pagkakatulad ng threshold para sa ikalawang yugto ng pag-sort-merge
salain. Ito ay batay sa average na bilang ng mga k-mers na tumutugma sa overlapping
rehiyon.

--bersyon, default = false
Ipinapakita ang bersyon at oras ng pagbuo.

--timbang, default = false
Magsagawa ng weighted MinHashing.

-f, default = ""
k-mer filter file na ginagamit para sa pagsala ng lubos na paulit-ulit na k-mers. Dapat ayusin
sa pababang pagkakasunod-sunod ng dalas (ikalawang hanay).

-h, default = false
Ipinapakita ang menu ng tulong.

-k, default = 16
[int], k-mer size na ginamit para sa MinHashing. Ang laki ng k-mer para sa pangalawang yugto ng filter ay
hiwalay, at hindi maaaring baguhin.

-p, default = ""
Paggamit 2 lamang. Ang direktoryo na naglalaman ng mga FASTA file na dapat i-convert sa
binary na format para sa imbakan.

-q, default = ""
Paggamit 1: Ang FASTA file ng mga reads, o isang direktoryo ng mga file, na ihahambing sa
ang hanay ng mga nabasa sa kahon (tingnan -s). Paggamit 2: Ang output na direktoryo para sa binary
naka-format na dat file.

-s, default = ""
Paggamit 1 lamang. Ang FASTA o binary dat file (tingnan ang Usage 2) ng mga reads na magiging
na nakaimbak sa isang kahon, at ang lahat ng kasunod na pagbabasa ay ihahambing sa.

Gamitin ang mhap online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net