mia-3dmany2one-nonrigid - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mia-3dmany2one-nonrigid - Pagpaparehistro ng serye ng mga 3D na larawan

SINOPSIS

mia-3dmany2one-nonrigid -i [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

mia-3dmany2one-nonrigid Ang program na ito ay nagpapatakbo ng hindi mahigpit na pagpaparehistro ng isang serye ng imahe sa pamamagitan ng
pagrerehistro ng lahat ng mga larawan sa isang reference na pinili ng user.

Opsyon

File-IO
-i --in-file=(input, kinakailangan); io
input perfusion data set Para sa mga sinusuportahang uri ng file tingnan ang PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(output); io
pangalan ng file para sa mga nakarehistrong file Para sa mga sinusuportahang uri ng file tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/io

rehistrasyon
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimizer na ginagamit para sa minimization

-l --mg-levels=3
mga antas ng multi-resolution na mga antas ng multi-resolution

-f --transForm=spline
uri ng pagbabagong uri ng pagbabago Para sa mga sinusuportahang plugin tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/transform

-r --ref=-1
reference frame (-1 == gamitin ang imahe sa gitna)reference frame (-1 == gamitin
larawan sa gitna)

Tulong & Impormasyon
-V --verbose=babala
verbosity ng output, pag-print ng mga mensahe ng ibinigay na antas at mas mataas na priyoridad.
Ang mga sinusuportahang priyoridad na nagsisimula sa pinakamababang antas ay:
info - Mga mensahe sa mababang antas
kopyahin o sipiin sa pamamagitan ng pag-aninag - Trace ng tawag sa function
mabigo - Mag-ulat ng mga pagkabigo sa pagsubok
babala - Mga babala
mali - Mag-ulat ng mga error
mag-alis ng mga insekto ‐ Debug na output
mensahe - Mga normal na mensahe
nakamamatay ‐ Iulat lamang ang mga nakamamatay na pagkakamali

--copyright
i-print ang impormasyon sa copyright

-h --tulong
i-print ang tulong na ito

-? --gamit
mag-print ng maikling tulong

--bersyon
i-print ang numero ng bersyon at lumabas

Pagproseso
--mga thread=-1
Maximum na bilang ng mga thread na gagamitin para sa pagproseso, Ang bilang na ito ay dapat na mas mababa
o katumbas ng bilang ng mga lohikal na core ng processor sa makina. (-1:
awtomatikong pagtatantya). Pinakamataas na bilang ng mga thread na gagamitin para sa pagproseso, Ito
Ang numero ay dapat na mas mababa o katumbas ng bilang ng mga lohikal na core ng processor
ang makina. (-1: awtomatikong pagtatantya).

MGA PLUGIN: 1d/spacial kernel

cdiff Central pagkakaiba filter kernel, mirror hangganan kondisyon ay ginagamit.

(walang mga parameter)

gauss spacial Gauss filter kernel, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; uint in [0, inf)
kalahating lapad ng filter.

MGA PLUGIN: 1d/splinebc

salamin Mga kundisyon ng hangganan ng spline interpolation na sumasalamin sa hangganan

(walang mga parameter)

ulitin Mga kundisyon ng hangganan ng interpolation ng spline na inuulit ang halaga sa hangganan

(walang mga parameter)

wala Mga kundisyon ng hangganan ng interpolation ng spline na ipinapalagay na zero para sa mga value sa labas

(walang mga parameter)

MGA PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline B-spline kernel creation , ang mga sinusuportahang parameter ay:

d = 3; int sa [0, 5]
Spline degree.

omoms Ang paggawa ng kernel ng OMoms-spline, ang mga sinusuportahang parameter ay:

d = 3; int sa [3, 3]
Spline degree.

MGA PLUGIN: 3dimage/combiner

absdiff Pinagsama-sama ng larawan 'absdiff'

(walang mga parameter)

idagdag Image combiner 'add'

(walang mga parameter)

div Image combiner 'div'

(walang mga parameter)

Mul Pinagsama-sama ng larawan 'mul'

(walang mga parameter)

sub Image combiner 'sub'

(walang mga parameter)

MGA PLUGIN: 3dimage/gastos

lncc lokal na normalized cross correlation na may masking support., mga sinusuportahang parameter
ay:

w = 5; wala sa [1, 256]
kalahating lapad ng bintana na ginagamit para sa pagsusuri ng naisalokal na krus
ugnayan.

mi Spline parzen based mutual information., Ang mga sinusuportahang parameter ay:

bawasan = 0; lumutang sa [0, 40]
Porsiyento ng mga pixel na i-cut sa mataas at mababang intensity na aalisin
outliers.

mbins = 64; wala sa [1, 256]
Bilang ng histogram bins na ginamit para sa gumagalaw na larawan.

mkernel = [bspline:d=3]; pabrika
Spline kernel para sa paglipat ng imahe parzen hinstogram. Para sa mga sinusuportahang plug-in
tingnan ang PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; wala sa [1, 256]
Bilang ng histogram bins na ginamit para sa reference na larawan.

rkernel = [bspline:d=0]; pabrika
Spline kernel para sa reference na imahe parzen hinstogram. Para sa suportadong plug-
ins tingnan ang PLUGINS:1d/splinekernel

ncc normalized na cross correlation.

(walang mga parameter)

ngf Sinusuri ng function na ito ang pagkakatulad ng imahe batay sa normalized na gradient
mga patlang. Ibinigay ang normalized na gradient field na $ _S$ ng src image at $ _R$ ng
ref image iba't ibang evaluator ang ipinatupad., ang mga sinusuportahang parameter ay:

eval = ds; dict
subtype ng plugin (sq, ds, tuldok, krus). Ang mga sinusuportahang halaga ay:
ds ‐ parisukat ng pinaliit na pagkakaiba
tuldok ‐ scalar product kernel
tumawid ‐ cross product kernel

SSD Gastos ng 3D na imahe: kabuuan ng mga squared na pagkakaiba, ang mga sinusuportahang parameter ay:

autothresh = 0; lumutang sa [0, 1000]
Gumamit ng awtomatikong pag-mask ng gumagalaw na imahe sa pamamagitan lamang ng pagkuha ng mga halaga ng intensity
sa account na mas malaki kaysa sa ibinigay na threshold.

uliran = 0; bool
Itakda kung dapat na gawing normal ang sukatan ng bilang ng mga pixel ng larawan.

ssd-automask
Gastos ng 3D na imahe: kabuuan ng mga squared na pagkakaiba, na may automasking batay sa ibinigay
mga threshold, ang mga sinusuportahang parameter ay:

rthresh = 0; doble
Halaga ng intensity ng threshold para sa reference na larawan.

maggiik = 0; doble
Halaga ng intensity ng threshold para sa pinagmulang larawan.

MGA PLUGIN: 3dimage/filter

bandpass intensity bandpass filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

max = 3.40282e+38; lumutang
maximum ng banda.

minuto = 0; lumutang
minimum ng banda.

binarize image binarize filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

max = 3.40282e+38; lumutang
maximum ng tinatanggap na saklaw.

minuto = 0; lumutang
minimum ng tinatanggap na saklaw.

malapit morphological close, ang mga sinusuportahang parameter ay:

paramdam = itim; string
isang pahiwatig sa pangunahing nilalaman ng imahe (itim|puti).

hugis = [sphere:r=2]; pabrika
elemento ng istruktura. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

combiner Pagsamahin ang dalawang larawan sa ibinigay na operator ng combiner. kung ang 'reverse' ay nakatakda sa
false, ang unang operator ay ang imaheng dumaan sa filter pipeline, at
ang pangalawang larawan ay na-load mula sa file na ibinigay kasama ang parameter na 'image' na
sa sandaling tumakbo ang filter., ang mga sinusuportahang parameter ay:

larawan =(input, kinakailangan, string)
pangalawang larawan na kailangan sa combiner.

op =(kinakailangan, pabrika)
Image combiner na ilalapat sa mga larawan. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/combiner

baligtarin = 0; bool
baligtarin ang pagkakasunud-sunod kung saan ipinasa ang mga imahe sa combiner.

palitan filter ng conversion na format ng pixel ng imahe, ang mga sinusuportahang parameter ay:

a = 1; lumutang
linear na parameter ng conversion a.

b = 0; lumutang
linear na parameter ng conversion b.

mapa = opt; dict
conversion mapping. Ang mga sinusuportahang halaga ay:
opt ‐ maglapat ng linear transformation na nagmamapa ng totoong saklaw ng input sa
ang buong saklaw ng output
saklaw ‐ ilapat ang linear transformation na nagmamapa ng input data type
hanay sa hanay ng uri ng data ng output
kopyahin ‐ kopyahin ang data kapag nagko-convert
pahaba ‐ ilapat ang linear transformation x -> a*x+b
optstat ‐ maglapat ng linear transform na nagmamapa batay sa input mean at
pagkakaiba-iba sa buong hanay ng output

repn = ubyte; dict
uri ng pixel ng output. Ang mga sinusuportahang halaga ay:
wala ‐ walang tinukoy na uri ng pixel
lumutang ‐ lumulutang na punto 32 bit
sbyte - nilagdaan ng 8 bit
ulong ‐ unsigned 64 bit
double ‐ lumulutang na punto 64 bit
Sint - nilagdaan ng 32 bit
ushort ‐ unsigned 16 bit
maikli - nilagdaan ng 16 bit
matindi ‐ unsigned 32 bit
slong - nilagdaan ng 64 bit
kaunti ‐ binary na data
ubyte ‐ unsigned 8 bit

ani I-crop ang isang rehiyon ng isang imahe, ang rehiyon ay palaging naka-clamp sa orihinal na larawan
laki sa kahulugan na ang ibinigay na hanay ay pinananatili., ang mga sinusuportahang parameter ay:

dulo = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; streamable
dulo ng hanay ng pag-crop, maximum = (-1,-1,-1).

simula = [[0,0,0]]; streamable
simula ng hanay ng pag-crop.

nagpapalawak 3d image stack dilate filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

paramdam = itim; string
isang pahiwatig sa pangunahing nilalaman ng imahe (itim|puti).

hugis = [sphere:r=2]; pabrika
elemento ng istruktura. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

layo Suriin ang 3D distance transform ng isang imahe. Kung ang imahe ay isang binary mask,
pagkatapos ang resulta ng pagbabago ng distansya sa bawat punto ay tumutugma sa Euclidian
distansya sa maskara. Kung ang input na imahe ay isang scalar pixel value, kung gayon ang
ang scalar na ito ay binibigyang kahulugan bilang heighfield at ang bawat pixel na halaga ay nagdaragdag sa
distansya

(walang mga parameter)

downscale I-downscale ang input na imahe sa pamamagitan ng paggamit ng ibinigay na laki ng block upang tukuyin ang downscale
salik. Bago ang pag-scale ng imahe ay sinasala ng isang smoothing filter sa
alisin ang mataas na dalas ng data at iwasan ang pag-alyas ng mga artifact., suportado
ang mga parameter ay:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
blocksize.

bx = 1; uint in [1, inf)
blocksize sa x direksyon.

by = 1; uint in [1, inf)
blocksize sa y direksyon.

bz = 1; uint in [1, inf)
blocksize sa z direksyon.

pinakabuod = gauss; string
smoothing filter kernel na ilalapat, ang laki ng filter ay tinatantya
base sa blocksize..

mababaw 3d image stack erode filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

paramdam = itim; string
isang pahiwatig sa pangunahing nilalaman ng imahe (itim|puti).

hugis = [sphere:r=2]; pabrika
elemento ng istruktura. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

gauss isotropic 3D gauss filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [0, inf)
parameter ng lapad ng filter.

gradnorm 3D na imahe sa gradient norm filter

(walang mga parameter)

growmask Gumamit ng isang input binary mask at isang reference na gray scale na imahe upang gawin ang paglaki ng rehiyon
sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga pixel ng kapitbahayan ng isang naidagdag na pixel kung ang may mas mababa
intensity na higit sa ibinigay na threshold., ang mga sinusuportahang parameter ay:

minuto = 1; lumutang
mas mababang threshold para sa paglaki ng maskara.

Ref =(input, kinakailangan, string)
reference na imahe para sa paglaki ng rehiyon ng maskara.

hugis = 6n; pabrika
maskara ng kapitbahayan. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

pabaligtad intensity invert filter

(walang mga parameter)

isovoxel Sinusukat ng filter na ito ang isang imahe upang gawing isometric ang laki ng voxel at ang laki nito
tumutugma sa ibinigay na halaga, ang mga sinusuportahang parameter ay:

interp = [bspline:d=3]; pabrika
interpolation kernel na gagamitin . Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

laki = 1; lumutang sa (0, inf)
isometric na target na laki ng voxel.

kmeans 3D image k-means filter. Sa imahe ng output ang halaga ng pixel ay kumakatawan sa
ang pagiging miyembro ng klase at ang mga sentro ng klase ay naka-imbak bilang katangian sa larawan.,
Ang mga sinusuportahang parameter ay:

c = 3; int sa [2, inf)
bilang ng mga klase.

etiketa Isang filter upang lagyan ng label ang mga konektadong bahagi ng isang binary na imahe., suportado
ang mga parameter ay:

n = 6n; pabrika
maskara ng kapitbahayan. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

labelmap Filter ng larawan para i-remap ang mga label id. Naaangkop lamang sa mga larawang may halagang integer
intensity/label., ang mga sinusuportahang parameter ay:

mapa =(input, kinakailangan, string)
Label mapping file.

labelscale
Isang filter na gumagawa lamang ng mga output voxel na nalikha na sa input
larawan. Ginagawa ang pag-scale sa pamamagitan ng paggamit ng mga algorithm sa pagboto na pumipili ng target
halaga ng pixel batay sa pinakamataas na bilang ng pixel ng isang partikular na label sa
kaukulang rehiyon ng pinagmulan. Kung ang rehiyon ay binubuo ng dalawang label na may pareho
count, mananalo ang may mas mababang numero., ang mga sinusuportahang parameter ay:

walang sukat =(kinakailangan, 3dbounds)
laki ng target na ibinigay bilang dalawang coma separated na halaga.

magkarga I-load ang input na imahe mula sa isang file at gamitin ito upang palitan ang kasalukuyang larawan sa
pipeline., ang mga sinusuportahang parameter ay:

file =(input, kinakailangan, string)
pangalan ng input file na maglo-load mula sa..

lvdownscale
Isa itong filter na downscale ng pagboto sa label. Binabawasan nito ang isang 3D na imahe sa pamamagitan ng mga bloke.
Para sa bawat bloke ang (hindi zero) na label na madalas na lumalabas sa block ay
na ibinigay bilang output pixel sa target na imahe. Kung lalabas ang dalawang label sa parehong numero
minsan, nanalo ang may mas mababang absolute value., ang mga sinusuportahang parameter ay:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
blocksize para sa downscaling. Ang bawat bloke ay kakatawanin ng isang pixel
sa target na imahe..

mask I-mask ang isang imahe, ang isang imahe ay kinuha mula sa listahan ng mga parameter at ang isa ay mula sa
ang normal na input ng filter. Ang parehong mga larawan ay dapat na may parehong mga sukat at ang isa ay dapat
maging binary. Ang mga katangian ng imahe na dumarating sa pipeline ng filter ay
iniingatan. Ang uri ng output na pixel ay tumutugma sa input na imahe na hindi
binary., ang mga sinusuportahang parameter ay:

input =(input, kinakailangan, string)
Pangalawang input na pangalan ng file ng imahe.

ibig sabihin 3D image mean filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [1, inf)
kalahating lapad ng filter.

panggitna median 3d filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [1, inf)
parameter ng lapad ng filter.

mlv Mean of Least Variance 3D image filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [1, inf)
parameter ng lapad ng filter.

msnormalizer
3D image mean-sigma normalizing filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [1, inf)
kalahating lapad ng filter.

buksan morphological bukas, suportadong mga parameter ay:

paramdam = itim; string
isang pahiwatig sa pangunahing nilalaman ng imahe (itim|puti).

hugis = [sphere:r=2]; pabrika
elemento ng istruktura. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/shape

reorient 3D image reorientation filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

mapa = xyz; dict
oriantation mapping na ilalapat. Ang mga sinusuportahang halaga ay:
p-zxy ‐ palitan ang x->y->z->x
r-x180 ‐ iikot sa x-axis clockwise 180 degree
xyz - panatilihin ang oryentasyon
p-yzx ‐ palitan ang x->z->y->x
r-z180 ‐ iikot sa z-axis clockwise 180 degree
r-y270 ‐ paikutin sa paligid ng y-axis clockwise 270 degree
f-xz ‐ i-flip xz
f-yz ‐ i-flip yz
r-x90 ‐ iikot sa x-axis clockwise 90 degree
r-y90 ‐ paikutin sa paligid ng y-axis clockwise 90 degree
r-x270 ‐ iikot sa x-axis clockwise 270 degree
r-z270 ‐ iikot sa z-axis clockwise 270 degree
r-z90 ‐ iikot sa z-axis clockwise 90 degree
f-xy - i-flip xy
r-y180 ‐ paikutin sa paligid ng y-axis clockwise 180 degree

baguhin ang sukat Baguhin ang laki ng isang imahe. Ang orihinal na data ay nakasentro sa loob ng bagong laki ng imahe.,
Ang mga sinusuportahang parameter ay:

laki = [[0,0,0]]; streamable
bagong laki ng larawan na may sukat na 0 na nagpapahiwatig upang mapanatili ang laki para sa
katumbas na sukat..

sandp asin at paminta 3d filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

maggiik = 100; lumutang sa [0, inf)
halaga ng thresh.

w = 1; int sa [1, inf)
parameter ng lapad ng filter.

sukatan 3D na filter ng imahe na sumusukat sa isang partikular na laki ng target , ang mga sinusuportahang parameter ay:

interp = [bspline:d=3]; pabrika
interpolation kernel na gagamitin . Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dbounds
target na laki upang itakda ang lahat ng mga bahagi nang sabay-sabay (component 0:gamitin ang input na imahe
laki)

sx = 0; uint in [0, inf)
laki ng target sa direksyon ng x (0:gamitin ang laki ng imahe ng input).

sy = 0; uint in [0, inf)
laki ng target sa direksyon ng y (0:gamitin ang laki ng larawan ng input).

sz = 0; uint in [0, inf)
laki ng target sa direksyon ng y (0:gamitin ang laki ng larawan ng input).

piling malaki Isang filter na gumagawa ng binary mask na kumakatawan sa intensity na may pinakamataas
bilang ng pixel. Ang halaga ng pixel na 0 ay hindi papansinin, at kung ang dalawang intensity ay mayroong
parehong bilang ng pixel, kung gayon ang resulta ay hindi natukoy. Ang input pixel ay dapat may isang
mahalagang uri ng pixel.

(walang mga parameter)

sepconv 3D image intensity separaple convolution filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

kx = [gauss:w=1]; pabrika
filter kernel sa x-direksyon. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/spacialkernel

ky = [gauss:w=1]; pabrika
filter kernel sa y-direksyon. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/spacialkernel

kz = [gauss:w=1]; pabrika
filter kernel sa z-direksyon. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/spacialkernel

pbuh seeded watershead. Eksaktong kinukuha ng algorithm ang napakaraming mga rehiyon bilang paunang
ang mga label ay ibinigay sa larawan ng binhi., ang mga sinusuportahang parameter ay:

antas = 0; bool
Bigyang-kahulugan ang input na imahe bilang gradient. .

markahan = 0; bool
Markahan ang mga naka-segment na watershed na may espesyal na halaga ng gray scale.

n = [sphere:r=1]; pabrika
Kapitbahayan para sa watershead na rehiyon na lumalaki. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/shape

magbigay ng binhi =(input, kinakailangan, string)
seed input image na naglalaman ng mga label para sa mga unang rehiyon.

tee I-save ang input na imahe sa isang file at ipasa din ito sa susunod na filter,
Ang mga sinusuportahang parameter ay:

file =(output, kinakailangan, string)
pangalan ng output file upang i-save din ang imahe..

payat 3D morphological thinning, batay sa: Lee at Kashyap, 'Building Skeleton Models
sa pamamagitan ng 3-D Medial Surface/Axis Thinning Algorithms', Graphical Models at Image
Pinoproseso, 56(6):462-478, 1994. Sinusuportahan lamang ng pagpapatupad na ito ang 26
kapitbahayan.

(walang mga parameter)

ibahin ang anyo Ibahin ang anyo ng input na imahe gamit ang ibinigay na pagbabago., mga sinusuportahang parameter
ay:

file =(input, kinakailangan, string)
Pangalan ng file na naglalaman ng pagbabago..

imgboundary = ; string
i-override ang mga kundisyon ng hangganan ng interpolation ng larawan.

imgkernel = ; string
i-override ang image interpolator kernel.

pagkakaiba 3D image variance filter, ang mga sinusuportahang parameter ay:

w = 1; int sa [1, inf)
kalahating lapad ng filter.

ws pangunahing watershead segmentation., ang mga sinusuportahang parameter ay:

evalgrad = 0; bool
Itakda sa 1 kung ang input na imahe ay hindi kumakatawan sa isang gradient norm na imahe.

markahan = 0; bool
Markahan ang mga naka-segment na watershed na may espesyal na halaga ng gray scale.

n = [sphere:r=1]; pabrika
Kapitbahayan para sa watershead na rehiyon na lumalaki. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/shape

maggiik = 0; lumutang sa [0, 1)
Relatibong gradient norm threshold. Ang aktwal na halaga ng threshold na halaga ay
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassin na pinaghihiwalay ng mga gradient
na may mas mababang pamantayan ay isasama.

MGA PLUGIN: 3dimage/fullcost

larawan Pangkalahatang pag-andar ng gastos sa pagkakatulad ng imahe na humahawak din ng multi-resolution
pagpoproseso. Ang aktwal na sukatan ng pagkakatulad ay binibigyan ng karagdagang parameter.,
Ang mga sinusuportahang parameter ay:

gastos = ssd; pabrika
Cost function kernel. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/cost

mag-alis ng mga insekto = 0; bool
I-save ang mga intermediate resut para sa pag-debug.

Ref =(input, string)
Larawan ng sanggunian.

SRC =(input, string)
Pag-aaral ng imahe.

timbang = 1; lumutang
bigat ng function ng gastos.

labelimage
Pag-andar ng pagkakatulad sa gastos na nagmamapa ng mga label ng dalawang larawan at humahawak ng label-
pinapanatili ang pagproseso ng multi-resolution., ang mga sinusuportahang parameter ay:

maxlabel = 256; int sa [2, 32000]
maximum na bilang ng mga label na dapat isaalang-alang.

Ref =(input, string)
Larawan ng sanggunian.

SRC =(input, string)
Pag-aaral ng imahe.

timbang = 1; lumutang
bigat ng function ng gastos.

maskedimage
Pangkalahatang masked image similarity cost function na humahawak din ng multi-
pagpoproseso ng resolusyon. Ang mga ibinigay na maskara ay dapat na makapal na puno ng mga rehiyon
multi-resolution na pagproseso dahil kung hindi ay maaaring mawala ang impormasyon ng mask
kapag binabawasan ang laki ng imahe. Maaaring na-pre-filter ang mask - pagkatapos ng pre-filter
ang mga maskara ay dapat na bit-type.Ang reference mask at ang transformed mask ng
Ang imahe ng pag-aaral ay pinagsama ng binary AT. Ang aktwal na sukat ng pagkakatulad ay ibinigay
ang mga karagdagang parameter., ang mga sinusuportahang parameter ay:

gastos = ssd; pabrika
Cost function kernel. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
PLUGINS:3dimage/maskedcost

Ref =(input, string)
Larawan ng sanggunian.

ref-mask =(input, string)
Reference image mask (binary).

ref-mask-filter = ; pabrika
I-filter upang ihanda ang reference na imahe ng mask, ang output ay dapat na isang binary
larawan.. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/filter

SRC =(input, string)
Pag-aaral ng imahe.

src-mask =(input, string)
Pag-aralan ang mask ng imahe (binary).

src-mask-filter = ; pabrika
I-filter upang ihanda ang pag-aaral mask imahe, ang output ay dapat na isang binary
larawan.. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan ang PLUGINS:3dimage/filter

timbang = 1; lumutang
bigat ng function ng gastos.

taggedssd Sinusuri ang sukat ng pagkakatulad ng Kabuuan ng mga Squared Difference sa pamamagitan ng paggamit ng tatlo
naka-tag na mga pares ng larawan. Ang halaga ng function ng gastos ay sinusuri batay sa lahat ng larawan
mga pares, ngunit ang gradient ay binubuo sa pamamagitan ng pagbubuo ng bahagi nito batay sa tag
direksyon., ang mga sinusuportahang parameter ay:

refx =(input, string)
X-tag ng reference na larawan.

refy =(input, string)
Sangguniang larawan Y-tag.

rezz =(input, string)
Sangguniang larawan Z-tag.

srcx =(input, string)
Pag-aralan ang X-tag ng larawan.

srcy =(input, string)
Pag-aralan ang Y-tag ng larawan.

srcz =(input, string)
Pag-aralan ang larawan Z-tag.

timbang = 1; lumutang
bigat ng function ng gastos.

MGA PLUGIN: 3dimage/io

suriin Suriin ang 7.5 na larawan

Mga kinikilalang extension ng file: .HDR, .hdr

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
unsigned 8 bit, sign 16 bit, sign 32 bit, floating point 32 bit,
lumulutang na punto 64 bit

datapool Virtual IO papunta at mula sa panloob na data pool

Mga kinikilalang extension ng file: .@

dicom Mga serye ng imahe ng Dicom bilang 3D

Mga kinikilalang extension ng file: .DCM, .dcm

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 16 bit, hindi nilagdaan ang 16 bit

hdf5 HDF5 3D na imahe IO

Mga kinikilalang extension ng file: .H5, .h5

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, hindi nalagdaan 32 bit, nilagdaan ang 64 bit, hindi nalagdaan 64 bit, lumulutang
point 32 bit, floating point 64 bit

inria Larawan ng INRIA

Mga kinikilalang extension ng file: .INR, .inr

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

mhd MetaIO 3D image IO gamit ang pagpapatupad ng VTK (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

nifti NIFTI-1 3D na imahe IO

Mga kinikilalang extension ng file: .NII, .nii

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, signed 64 bit, unsigned 64 bit, floating point 32
bit, lumulutang na punto 64 bit

vff VFF Sun raster na format

Mga kinikilalang extension ng file: .VFF, .vff

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
unsigned 8 bit, sign 16 bit

tingnan 3D view

Mga kinikilalang extension ng file: .V, .VISTA, .v, .vista

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
kaunti

VTI 3D na larawang VTK-XML sa- at output (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .VTI, .vti

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

vtk 3D VTK image legacy sa- at output (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
kaunti

MGA PLUGIN: 3dimage/maskedcost

lncc lokal na normalized cross correlation na may masking support., mga sinusuportahang parameter
ay:

w = 5; wala sa [1, 256]
kalahating lapad ng bintana na ginagamit para sa pagsusuri ng naisalokal na krus
ugnayan.

mi Spline parzen based mutual information na may masking., Ang mga sinusuportahang parameter ay:

bawasan = 0; lumutang sa [0, 40]
Porsiyento ng mga pixel na i-cut sa mataas at mababang intensity na aalisin
outliers.

mbins = 64; wala sa [1, 256]
Bilang ng histogram bins na ginamit para sa gumagalaw na larawan.

mkernel = [bspline:d=3]; pabrika
Spline kernel para sa paglipat ng imahe parzen hinstogram. Para sa mga sinusuportahang plug-in
tingnan ang PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; wala sa [1, 256]
Bilang ng histogram bins na ginamit para sa reference na larawan.

rkernel = [bspline:d=0]; pabrika
Spline kernel para sa reference na imahe parzen hinstogram. Para sa suportadong plug-
ins tingnan ang PLUGINS:1d/splinekernel

ncc normalized cross correlation na may masking support.

(walang mga parameter)

SSD Kabuuan ng mga parisukat na pagkakaiba sa masking.

(walang mga parameter)

MGA PLUGIN: 3dimage/hugis

18n 18n neighborhood 3D shape creator

(walang mga parameter)

26n 26n neighborhood 3D shape creator

(walang mga parameter)

6n 6n neighborhood 3D shape creator

(walang mga parameter)

globo Nakasaradong spherical shape neighborhood kabilang ang mga pixel sa loob ng isang partikular na radius
r., ang mga sinusuportahang parameter ay:

r = 2; lumutang sa (0, inf)
radius ng globo.

MGA PLUGIN: 3dimage/transform

mag-asawa Affine transformation (12 degrees of freedom), ang mga sinusuportahang parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

axisrot Restricted rotation transformation (1 degrees of freedom). Ang pagbabago ay
limitado sa pag-ikot sa paligid ng ibinigay na axis tungkol sa ibinigay na pag-ikot
center, ang mga sinusuportahang parameter ay:

aksis =(kinakailangan, 3dfvector)
rotation axis.

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

pinagmulan =(kinakailangan, 3dfvector)
sentro ng pagbabago.

pino Pinaghihigpitang pagbabago ng affine (3 degree ng kalayaan). Ang pagbabago ay
limitado sa pag-ikot sa paligid ng ibinigay na axis at paggugupit sa kahabaan ng dalawang axis
patayo sa ibinigay, ang mga sinusuportahang parameter ay:

aksis =(kinakailangan, 3dfvector)
rotation axis.

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

pinagmulan =(kinakailangan, 3dfvector)
sentro ng pagbabago.

matibay Matibay na pagbabago, ibig sabihin, pag-ikot at pagsasalin (anim na antas ng kalayaan).,
Ang mga sinusuportahang parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

pinagmulan = [[0,0,0]]; 3dfvector
Relative rotation center, ibig sabihin <0.5,0.5,0.5> ay tumutugma sa gitna ng
ang lakas ng tunog.

pag-ikot Pagbabago ng pag-ikot (tatlong antas ng kalayaan), ang mga sinusuportahang parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

pinagmulan = [[0,0,0]]; 3dfvector
Relative rotation center, ibig sabihin <0.5,0.5,0.5> ay tumutugma sa gitna ng
ang lakas ng tunog.

rotbend Pinaghihigpitang pagbabago (4 na antas ng kalayaan). Ang pagbabago ay
limitado sa pag-ikot sa paligid ng x at y axis at isang baluktot sa kahabaan ng x
axis, independiyente sa bawat direksyon, na may pagtaas ng baluktot kasama ang
squared distance mula sa rotation axis., ang mga sinusuportahang parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

norot = 0; bool
Huwag i-optimize ang pag-ikot.

pinagmulan =(kinakailangan, 3dfvector)
sentro ng pagbabago.

pasak Free-form na pagbabagong-anyo na maaaring ilarawan ng isang set ng B-spline coefficients
at isang pinagbabatayan na B-spline kernel., ang mga sinusuportahang parameter ay:

anisorate = [[0,0,0]]; 3dfvector
anisotropic coefficient rate sa pixels, magiging nonpositive values
na-overwrite ng 'rate' na halaga..

mag-alis ng mga insekto = 0; bool
paganahin ang karagdagang pag-debug na output.

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

pinakabuod = [bspline:d=3]; pabrika
pagbabagong-anyo spline kernel. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

parusa = ; pabrika
termino ng enerhiya ng parusa sa pagbabago. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
PLUGINS:3dtransform/splinepenalty

singil = 10; lumutang sa [1, inf)
isotropic coefficient rate sa mga pixel.

Isalin Pagsasalin (tatlong antas ng kalayaan), ang mga sinusuportahang parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

vf Ang plug-in na ito ay nagpapatupad ng pagbabagong tumutukoy sa pagsasalin para sa bawat isa
punto ng grid na tumutukoy sa domain ng pagbabagong-anyo., suportado
ang mga parameter ay:

imgboundary = salamin; pabrika
mga kondisyon ng hangganan ng interpolation ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrika
kernel ng interpolator ng imahe. Para sa mga sinusuportahang plug-in tingnan
MGA PLUGIN:1d/splinekernel

MGA PLUGIN: 3dtransform/io

bbs Binary (non-portable) serialized IO ng 3D transformations

Mga kinikilalang extension ng file: .bbs

datapool Virtual IO papunta at mula sa panloob na data pool

Mga kinikilalang extension ng file: .@

tingnan Vista storage ng mga 3D transformation

Mga kinikilalang extension ng file: .v, .v3dt

xml XML serialized IO ng 3D transformations

Mga kinikilalang extension ng file: .x3dt

MGA PLUGIN: 3dtransform/splinepenalty

divcurl divcurl penalty sa pagbabago, ang mga sinusuportahang parameter ay:

kulutan = 1; lumutang sa [0, inf)
bigat ng parusa sa kulot.

div = 1; lumutang sa [0, inf)
bigat ng parusa sa divergence.

uliran = 0; bool
Itakda sa 1 kung dapat gawing normal ang parusa kaugnay ng larawan
laki.

timbang = 1; lumutang sa (0, inf)
bigat ng lakas ng parusa.

Halimbawa

Irehistro ang mga larawang ibinigay bilang mga may bilang na file imagesXXXX.v sa pamamagitan ng pag-optimize ng spline based
pagbabagong-anyo na may coefficient rate na 16 pixel gamit ang isang tinimbang na kumbinasyon ng
normalized na gradient field at SSD bilang sukatan ng gastos, at parusahan ang pagbabago sa pamamagitan ng
gamit ang divcurl na may timbang na 2.0. Itago ang mga resultang larawan sa nakarehistrongXXXX.v.

mia-3dmany2one-nonrigid -i images0000.v -o registered%04d.v -F spline:rate=16
image:cost=[ngf:eval=ds],weight=2.0 image:cost=ssd,weight=0.1 divcurl:weight=2.0

AUTHOR(s)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Ang software na ito ay Copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Germany at Madrid, Spain. Dumating ito
na WALANG WARRANTY at maaari mo itong muling ipamahagi sa ilalim ng mga tuntunin ng GNU
PANGKALAHATANG PUBLIC LICENSE Bersyon 3 (o mas bago). Para sa karagdagang impormasyon, patakbuhin ang programa gamit ang
opsyon na '--copyright'.

Gumamit ng mia-3dmany2one-nonrigid online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net