Ito ang command micro_razers na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
micro_razers
SINOPSIS
micro_razers [OPTIONS]
DESCRIPTION
Gumagamit ang MicroRazerS ng diskarte sa pagmamapa na nakabatay sa prefix upang maimapa ang maliliit na RNA reads na posibleng
naglalaman ng 3' adapter sequence.
(c) Copyright 2009 ni Anne-Katrin Emde.
-h, - Tumulong
Ipinapakita ang mensahe ng tulong na ito.
--bersyon
Ipakita ang impormasyon ng bersyon
Pangunahing Mga Pagpipilian::
-o, --output FILE
Baguhin ang output filename. Default: .resulta.
-rr, --rate ng pagkilala NUM
itakda ang porsyento na rate ng pagkilala Sa hanay [80..100]. Default: 100.
-sL, --haba ng buto NUM
haba ng binhi Sa hanay [10..inf]. Default: 16.
-sE, --seed-error
payagan ang isang pagkakamali sa binhi
-f, --pasulong
binabasa lamang ng mapa ang mga strand.
-r, --baligtad
binabasa lang ng mapa ang mga strand.
-mN, --tugma-N
Ang 'N' ay tumutugma sa lahat ng iba pang mga character
-m, --max-hit NUM
output lang ng NUM sa mga pinakamahusay na hit Sa hanay [1..inf]. Default: 100.
-pa, --purge-ambiguous
purge reads na may higit sa max-hit na pinakamahusay na mga tugma
-lm, --mababang memorya
bawasan ang paggamit ng memory sa gastos ng runtime
-v, --verbose
verbose mode
-vv, --vverbose
napaka verbose mode
Mga Opsyon sa Output Format::
-ng, --output-format NUM
Itakda ang format ng output. 0 = MicroRazerS na format, 1 = SAM. Nasa hanay [0..1].
-a, --alignment
itapon ang pagkakahanay para sa bawat laban
-gn, --genome-pangalan NUM
Piliin kung paano pinangalanan ang mga genome. 0 = gumamit ng Fasta id, 1 = magbilang na nagsisimula sa 1. Sa
saklaw [0..1]. Default: 0.
-rn, --basahin-pangalan NUM
Piliin kung paano pinangalanan ang mga nabasa. 0 = gumamit ng Fasta id, 1 = magbilang na nagsisimula sa 1. Sa
saklaw [0..1]. Default: 0.
-kaya, --uri-uriin NUM
Piliin kung paano pinagbubukod-bukod ang mga tugma. 0 = read number, 1 = genome position. Nasa hanay
[0..1]. Default: 0.
-pf, --posisyon-format NUM
Piliin ang start/end position numbering (tingnan ang Coordinate section sa ibaba). 0 = gap space,
1 = puwang ng posisyon. Nasa hanay [0..1]. Default: 0.
VERSION
bersyon ng micro_razers: 1.0.1 Huling na-update noong Hul 2009
Gumamit ng mga micro_razers online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
