Ito ang command na mincaverage na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
mincaverage - karaniwang minc file
SINOPSIS
mincaverage [ ] .mnc [ .mnc...] .mnc
DESCRIPTION
Mincaverage pinagsama-sama ang mga minc file. Ang isang hanay ng opsyonal na pag-uugali ay pinahihintulutan bilang
well: pre-normalizing volume, paglikha ng isang standard deviation volume, average ng higit sa a
tinukoy na sukat ng mga input file.
Opsyon
Tandaan na ang mga opsyon ay maaaring tukuyin sa pinaikling anyo (hangga't ang mga ito ay natatangi) at
maaaring ibigay kahit saan sa command line.
Pangkalahatan pagpipilian
-2 Gumawa ng MINC 2.0 na format na output file.
- clobber
I-overwrite ang isang umiiral na file.
-noclobber
Huwag i-overwrite ang isang umiiral na file (default).
-salita
I-print ang impormasyon sa pag-unlad para sa bawat tipak ng data na nakopya (default).
-tahimik Huwag mag-print ng impormasyon sa pag-unlad.
-debug Mag-print ng karagdagang impormasyon (hal. normalization factor).
-filelist filename
Tukuyin ang isang file na naglalaman ng isang listahan ng mga pangalan ng input file. Kung ang "-" ay ibinigay, pagkatapos ay mag-file
binasa ang mga pangalan mula sa stdin. Kung ang pagpipiliang ito ay ibinigay, pagkatapos ay dapat na walang input
mga pangalan ng file na tinukoy sa command line. Ang mga walang laman na linya sa input file ay
hindi pinansin
-max_buffer_size_in_kb laki ng buffer
Tukuyin ang maximum na laki ng mga panloob na buffer (sa kbytes). Ang default ay 4096
kbytes.
Pagbubuhos uri pagpipilian
Kinokontrol ng mga opsyong ito ang katumpakan ng storage at laki ng mga indibidwal na halaga ng voxel sa
output file.
-type ng file
Huwag gumawa ng anumang uri ng conversion (default).
-byte Isulat ang 8-bit na mga halaga ng integer.
-maikli Isulat ang 16-bit na mga halaga ng integer.
-int Isulat ang 32-bit na mga halaga ng integer.
-haba Pinalitan ng -int.
-lumutang Isulat ang mga halaga ng single-precision na floating point.
-doble
Sumulat ng double-precision na mga halaga ng floating point.
-pinirmahan Isulat ang mga halaga bilang mga naka-sign integer (default para sa maikli at mahaba). Hindi pinansin para sa
mga uri ng floating point.
-walang pirma
Isulat ang mga halaga bilang mga unsigned integer (default para sa byte). Hindi pinansin dahil lumulutang
mga uri ng punto.
-bago minuto max
tumutukoy sa wastong hanay ng mga halaga ng output voxel sa kanilang integer na representasyon.
Ang Default ay ang buong hanay para sa uri at sign. Binabalewala ang opsyong ito para sa
mga halaga ng floating point. Para magkaroon ito ng anumang epekto, dapat kang tumukoy ng isang uri.
Pag-average pagpipilian
- gawing normal
I-normalize ang mga volume sa kanilang global average bago i-average ang mga ito (batay sa mean
ng mga voxel na may halagang higit sa 2 porsiyento ng buong saklaw na higit sa minimum).
-nonormalize
Huwag gawing normal ang volume (default).
-sdfile sdfile.mnc
Tukuyin ang pangalan ng isang output standard deviation file, na kakalkulahin bilang karagdagan
ang ibig sabihin na karaniwang kinakalkula.
-weightfile weightfile.mnc
Tumukoy ng output na pinagsama-samang voxel weight file (default=wala).
-copy_header
Kopyahin ang lahat ng karagdagang impormasyon ng header mula sa unang input file (default
para sa isang input file).
-nocopy_header
Huwag kopyahin ang karagdagang impormasyon ng header (default para sa maraming input file).
-avgdim dimname
Tukuyin ang pangalan ng isang dimensyon kung saan dapat nating pag-average (o pagkalkula
karaniwang lihis). Kung tapos na ang normalisasyon, nalalapat pa rin ito sa paghihiwalay
mga file lamang - walang ginagawang normalisasyon sa loob ng isang file.
-binarize
Binarize ang mga volume ng input bago kalkulahin ang average. Tapos na ang binarization
sa pamamagitan ng pagtukoy ng hanay ng mga value na nag-aambag ng 1 sa average. Normalisasyon ng
ang input ay hindi pinahihintulutan kapag nagsasagawa ng binarization.
-binrange minuto max
Tukuyin ang hanay ng mga halaga para sa binarization.
-binvalue halaga
Tumukoy ng isang solong legal na halaga (integer) para sa binarization. Ang hanay ay nakatakda sa +/-
0.5 sa paligid ng halagang ito upang makamit ang isang epektibong pag-ikot ng mga halaga ng input.
-ignore_below halaga
Huwag isama ang mga voxel sa ibaba ng halagang ito sa average at sd
-walang bahala_sa itaas halaga
Huwag isama ang mga voxel na mas mataas sa value na ito sa average at sd
-palapag halaga
kasingkahulugan ng -ignore_below
-walang bahala_sa itaas halaga
kasingkahulugan ng -walang bahala_sa itaas
-mga timbang
Tukuyin ang isang serye ng mga timbang para sa pag-average. Ang bilang ng mga value ng weighting ay dapat
tumugma sa bilang ng mga input file at ang mga halaga ay dapat ibigay bilang isang solong
argumento na may mga kuwit o mga puwang bilang mga separator. Ang kabuuan ng mga timbang ay dapat na hindi
sero. Kung ginamit ang mga timbang na may average na dimensyon, isang input file lang ang magagawa
matukoy.
-width_weighted
Magagamit lang ang opsyong ito kapag nag-a-average sa isang dimensyon (-avgdim opsyon). Ito
tumutukoy na dapat gawin ang pagtimbang gamit ang width variable na tumutugma
sa average na sukat. Halimbawa, ang paggamit -width_weighted sa -avgdim oras
gagamit ng variable ng time-width para timbangin ang mga value.
-min_weight halaga
Tinutukoy nito ang pinakamababang timbang (bilang ng mga volume kung walang mga timbang na tinukoy)
kailangan para sa pagkalkula ng wastong average. Kung ang pinagsama-samang timbang para sa isang voxel ay
sa ibaba ng threshold na ito, ang average at sd na iniulat ay magiging 0. Ito ay karaniwan
maging kapaki-pakinabang kung ang mga halaga ay hindi kasama gamit ang alinman sa -Huwag pansinin mga opsyon, o ayon sa mga halaga ng NaN
sa (mga) volume ng input.
-min_weight_fraction halaga
Katulad ng -min_weight, ngunit tinukoy bilang isang bahagi ng kabuuan ng mga timbang ng input
(o ang bilang ng mga volume ng input, kung walang bigat na tinukoy).
Panlahat pagpipilian para lahat utos:
-tulong I-print ang buod ng mga opsyon sa command-line at paglabas.
-version
I-print ang numero ng bersyon ng programa at lumabas.
Gumamit ng mincaverage online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
