mincresample - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mincresample - nagreresample ng minc file kasama ang mga bagong spatial na dimensyon

SINOPSIS

mincresample [ ]

DESCRIPTION

Mincresample ay muling magsample ng minc file kasama ang mga bagong spatial na sukat na may bagong voxel
mga posisyon. Ang bawat volume sa input file (ibinigay ng mga spatial na dimensyon na xspace, yspace
at zspace) ay na-resampling ayon sa mga opsyon sa command-line. Ang mga non-spatial na dimensyon ay
napanatili sa kanilang orihinal na pagkakasunud-sunod, ngunit ang mga spatial na sukat ay maaaring muling i-order upang magbigay
transverse, sagittal o coronal na mga imahe. Ang mga bagong halaga ng voxel ay kinakalkula gamit ang tri-
linear, tri-cubic o pinakamalapit na kapitbahay na interpolation.

Mundo KARAGDAGANG

Ang mga coordinate ng mundo ay tumutukoy sa mga millimetric na coordinate na nauugnay sa ilang pisikal na pinagmulan
(alinman sa scanner o ilang anatomical na istraktura). Ang mga coordinate ng Voxel ay ang
mga indeks sa dami ng imahe ng isang ibinigay na voxel. Upang matukoy ang nararapat
mga opsyon sa resampling, kailangang maunawaan kung paano gumagana ang MINC coordinate ng mga conversion.

Ang bawat dimensyon ng dami ng larawan ng MINC ay tinukoy ayon sa pangalan - ang mga spatial na dimensyon ay
xspace, yspace at zspace. Ang convention ay ang positibong xspace coordinate ay tumatakbo mula sa
kaliwang bahagi ng pasyente hanggang kanang bahagi, ang mga positibong yspace coordinate ay tumatakbo mula sa posterior ng pasyente
sa anterior at positibong zspace coordinates ay tumatakbo mula sa inferior hanggang superior. Para sa bawat isa sa
itong mga spatial na dimensyon, ang world coordinate conversion ay tinukoy ng isang pares ng
mga katangian: hakbang at simulan. Ang xspace world coordinate, halimbawa ay kinakalkula gamit ang x
= v*step + start, kung saan ang x ay ang x world coordinate at v ang voxel count (simula sa
zero). Kaya ang magnitude ng step attribute ay tumutukoy sa distansya sa pagitan ng mga voxel at
ang tanda ng katangian ng hakbang ay tumutukoy sa oryentasyon ng axis.

Mayroong karagdagang twist: Ang mga MINC file ay pinapayagan na magkaroon ng mga non-orthogonal axes na may
mga sukat na hindi perpektong nakahanay sa pinangalanang axis. Maaaring mayroong direksyon_cosine
attribute na nagbibigay ng tunay na oryentasyon ng axis. Halimbawa, karaniwang ang xspace
dimensyon ay dapat line up sa mundo x axis, ibig sabihin. direksyon cosine = (1,0,0); gayunpaman,
posibleng magkaroon ng direction cosine na (0.9, 0.43589, 0).

Ang mga katangiang ito (step, start at direction_cosines) ay nagbibigay ng conversion mula sa voxel
mga coordinate sa mga coordinate ng mundo. Pinagsama sa isang bilang ng mga elemento o sample kasama ng isang
axis, nagbibigay sila ng kumpletong paglalarawan kung saan dapat naroroon ang output sampling.
Gayunpaman, kapag nag-resampling kami ng data, madalas kaming interesado sa pagbabago ng mundo
mga coordinate: mula sa coordinate system ng MRI scanner hanggang sa coordinate system ng PET scanner,
halimbawa, o mula sa isang volume sa acquisition space nito hanggang sa mga coordinate sa isang standardized
space. Ang pagbabagong ito ng mga coordinate ng mundo ay maaaring tukuyin sa pamamagitan ng paggamit ng a
pagbabagong-anyo (.xfm) na file. Kaya, sa pangkalahatan, ang resampling ay kinabibilangan ng tatlo
mga pagbabagong-anyo: mula sa mga coordinate ng voxel ng input file hanggang sa mga coordinate ng mundo nito
(tinukoy ng input file), mula sa input world coordinates hanggang sa output world
mga coordinate (tinukoy ng transformation file), at mula sa mundo ng output file
mga coordinate sa voxel coordinate nito (tinukoy ng mga opsyon sa command-line).

Sa pangkalahatan, ang mga direction cosine ay bihirang ginagamit - ang axis re-orientation ay tinukoy ng a
pagbabago ng mga coordinate ng mundo (ang file ng pagbabago). Pati na rin, resampling posisyon
(pag-convert ng mundo ng output sa voxel) ay madalas na tinutukoy na nauugnay sa isang file ng modelo (hal.
i-resample ang file na ito upang maging kamukha ng file na iyon). Bagama't maraming pagpipilian para sa a
kumpletong detalye ng pagbabagong-anyo, ang isa ay hindi karaniwang kailangang tukuyin ang higit pa
kaysa sa iilan sa kanila.

Opsyon

Tandaan na ang mga opsyon ay maaaring tukuyin sa pinaikling anyo (hangga't ang mga ito ay natatangi) at
maaaring ibigay kahit saan sa command line.

Pangkalahatan pagpipilian

-2 Lumikha ng MINC 2.0 format na mga output file.

- clobber
I-overwrite ang isang umiiral na file.

-noclobber
Huwag i-overwrite ang isang umiiral na file (default).

-salita
I-print ang impormasyon sa pag-unlad para sa bawat slice na nakalkula (default).

-tahimik Huwag mag-print ng impormasyon sa pag-unlad.

Pag-resampling detalye

Mga opsyon na nagbibigay ng output sampling (lahat ng sumusunod maliban sa -pagbabagong anyo) ay
na-parse sa pagkakasunud-sunod na lumitaw ang mga ito sa command line. Kaya isang utos na may -Gusto
file.mnc -zneelements 34 -zstep 2 ay magbibigay ng sampling tulad niyan sa file in file.mnc pero
na may 34 na sample sa 2 mm kasama ang zspace aksis. Ang default sampling ay kinuha mula sa
input file, binago ayon sa anumang pagbabago.

-pagbabagong anyo file.xfm
Tukuyin ang isang file na nagbibigay ng pagbabago sa coordinate ng mundo (default ay ang pagkakakilanlan
pagbabagong-anyo).

-invert_transformation
Baligtarin ang pagbabago bago ito gamitin.

-noinvert_transformation
Huwag baligtarin ang pagbabagong-anyo (default).

-tfm_input_sampling
Ibahin ang anyo ng input sampling (gamit ang pagbabagong tinukoy ng -pagbabagong anyo)
kasama ang data at gamitin ito bilang default sampling (default).

-use_input_sampling
Gamitin ang input sampling bilang default sampling, gaya ng dati, nang walang pagbabago, kahit na
kahit na ang data ay binago (lumang pag-uugali).

-Gusto file.mnc
Tumukoy ng modelong file na nagbibigay sa mundo ng output sa pagbabagong-anyo at numero ng voxel
ng mga elemento (ibig sabihin, ibahin ang anyo ng file na ito upang magmukhang iyon).

-standard_sampling
Itakda ang sampling sa mga karaniwang halaga (start = 0, step = 1, direction cosines point
kasama ang naaangkop na mga palakol).

-uri ng espasyo pisi
Itakda ang pangalan ng puwang ng output (karaniwan katutubong____ or talairach_).

-talairach
Itakda ang pangalan ng puwang ng output sa talairach_.

-mga yunit pisi
Itakda ang mga yunit ng puwang ng output.

-pinanggalingan ox oy oz
Tukuyin ang coordinate ng unang voxel. Ito ay hindi katulad ng panimulang halaga
kung ang mga cosine ng direksyon ay hindi pamantayan. Gayundin, ang simula ay hindi lamang isang
perpendicular projection ng pinanggalingan papunta sa axis, ito ay isang parallel projection
(tulad ng sa isang multi-dimensional na paralelogram projection). Ang conversion ay pinangangasiwaan
nang maayos sa pamamagitan ng opsyong ito.

-nelements nx ny nz
Bilang ng mga elemento sa bawat sukat ng mundo.

-mga elemento nx
Bilang ng mga elemento sa kahabaan ng dimensyon ng xspace.

- mga elemento ny
Bilang ng mga elemento sa kahabaan ng dimensyon ng yspace.

-zneelements nz
Bilang ng mga elemento sa kahabaan ng dimensyon ng zspace.

-hakbang xstep ystep zstep
Hakbang sa pagitan ng mga voxel sa bawat isa sa mga sukat ng mundo.

-xstep xstep
Hakbang sa pagitan ng mga voxel sa kahabaan ng dimensyon ng xspace.

-ystep ystep
Hakbang sa pagitan ng mga voxel sa kahabaan ng dimensyon ng yspace.

-zstep zstep
Hakbang sa pagitan ng mga voxel sa kahabaan ng dimensyon ng zspace.

-simula xstart ystart zstart
Posisyon ng sentro ng unang voxel sa bawat isa sa mga sukat ng mundo.

-xstart xstart
Posisyon ng gitna ng unang voxel sa kahabaan ng dimensyon ng xspace.

-ystart ystart
Posisyon ng gitna ng unang voxel sa kahabaan ng dimensyon ng yspace.

-zstart zstart
Posisyon ng gitna ng unang voxel sa kahabaan ng dimensyon ng zspace.

-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Mga cosiine ng direksyon para sa bawat axes ng mundo.

-xdircos x1 x2 x3
Mga cosiine ng direksyon para sa dimensyon ng xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Mga cosine ng direksyon para sa dimensyon ng yspace.

-zdircos z1 z2 z3
Mga cosine ng direksyon para sa dimensyon ng zspace.

sukat pag-order

Ang default ay upang mapanatili ang orihinal na pagkakasunud-sunod ng dimensyon.

-nakahalang
Isulat ang mga nakahalang hiwa.

-sagittal
Isulat ang mga hiwa ng sagittal.

-coronal
Isulat ang mga hiwa ng korona.

Pagbubuhos data uri at saklaw

Ang default para sa uri, sign at wastong saklaw ay ang gamitin ang mga nasa input file. Kung ang uri ay
tinukoy, pagkatapos ang parehong sign at valid na hanay ay itatakda sa default para sa ganoong uri. Kung ang tanda ay
tinukoy, pagkatapos ay itatakda ang wastong saklaw sa default para sa uri at tanda.

-byte Mag-imbak ng mga output voxel sa 8-bit na integer na format.

-maikli Mag-imbak ng mga output voxel sa 16-bit na integer na format.

-int Mag-imbak ng mga output voxel sa 32-bit na integer na format.

-haba Pinalitan ng -int.

-lumutang Mag-imbak ng mga output voxel sa 32-bit na floating point na format.

-doble
Mag-imbak ng mga output voxel sa 64-bit na floating point na format.

-pinirmahan
Isulat ang mga halaga bilang mga naka-sign integer (default para sa maikli at mahaba). Hindi pinansin para sa
mga uri ng floating point.

-walang pirma
Isulat ang mga halaga bilang mga unsigned integer (default para sa byte). Hindi pinansin dahil lumulutang
mga uri ng punto.

-bago minuto max
tumutukoy sa wastong hanay ng mga halaga ng output voxel. Default ay ang buong hanay para sa
uri at pirmahan. Binabalewala ang opsyong ito para sa mga value ng floating point.

-keep_real_range
Panatilihin ang tunay na minimum at maximum mula sa dami ng input, upang ang mga halaga ay
na-scale sa parehong paraan sa output. Ito ay partikular na kapaki-pakinabang para sa resampling label
mga volume kung saan walang saysay ang pagsasama-sama ng mga halaga ng intensity.

-nokeep_real_range
Recompute ang tunay na minimum at maximum para sa bawat output slice. Ito ang default.

Pag-asikaso of hindi naipalilawanag (hindi wasto) voxel halaga

-punan Ang mga output voxel na nasa labas ng dami ng input ay may hindi natukoy na mga halaga. Kapag ang
-punan ginagamit ang opsyon, ang mga voxel na ito ay binibigyan ng value na nasa labas ng valid
range (mas mababa sa wastong minimum, kung pinahihintulutan ng uri, lagda at wastong hanay) kaya
na maaari silang makita ng ibang software. Ang mga halaga ng mga voxel na ito ay hindi
kasama sa imahe-max at imahe-min mga variable.

-nofill
Gumamit ng tunay/pisikal na halaga (hindi voxel value) na zero para sa mga puntos sa labas ng input
dami. Ang mga puntong ito ay kasama sa pagkalkula ng imahe-max at imahe-min
mga variable. Ito ang default.

-fillvalue fillvalue
Tumutukoy ng tunay/pisikal na halaga (hindi voxel value) para sa mga puntos sa labas ng input
dami. Ang mga puntos ay hindi kasama sa pagkalkula ng imahe-max at larawan-
minuto mga variable.

Pagsasama pagpipilian

-trilinear
Gumawa ng tri-linear interpolation sa pagitan ng mga voxel. Ang mga gilid ng volume ay nasa
gitna ng una at huling voxel ng isang dimensyon. Ito ang default.

-tricubic
Gumawa ng tri-cubic interpolation sa pagitan ng mga voxel. Ang mga gilid ng volume ay nasa
gitna ng una at huling voxel ng isang dimensyon.

-pinakamalapit na_kapitbahay
Gawin ang pinakamalapit na interpolation ng kapitbahay sa pagitan ng mga voxel (ibig sabihin, hanapin ang voxel na pinakamalapit sa
ang punto at gamitin ang halaga nito). Ang mga gilid ng volume ay nasa gilid ng una
at mga huling voxel ng isang dimensyon (gitna +/- kalahating paghihiwalay ng voxel).

-sinc Gumawa ng renormalized windowed-sinc interpolation sa pagitan ng mga voxel, gaya ng inilarawan ni Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

-bandwidth n
Tinutukoy ang kalahating lapad ng sinc interpolation kernel, sa hanay mula 1 hanggang
10. Ang buong sinc kernel width ay n * 2 + 1, at samakatuwid ay nag-iiba mula 3 hanggang 21.
Ang default na halaga ay 5 na nagbibigay ng buong lapad na 11.

-hanning
Gumamit ng Hanning window na may sinc interpolant. Ito ang default.

-hamming
Gumamit ng Hamming window na may sinc interpolant.

Panlahat pagpipilian

-tulong I-print ang buod ng mga opsyon sa command-line at paglabas.

-version
I-print ang numero ng bersyon ng programa at lumabas.

HALIMBAWA

Sample muli ang utak ng isang indibidwal sa isang standardized na espasyo sa isang karaniwang sampling grid:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-tulad ng standard_sampling.mnc

Sample muli ang dami ng MRI na itugma sa dami ng PET, ngunit may mas pinong resolution:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-hakbang 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-mga elemento 256 256 64

Gawing sagittal volume ang transverse volume:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-sagittal -pinakamalapit

Gawing 256x256x64 (1x1x2mm) na sagittal volume ang 256x128x256 (1x1x1mm) na transverse volume:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zstep 1 -znelem 128

Kumuha ng mas pinong axial sampling sa dami ng PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

Gumamit ng mincresample online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net