mincreshape - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mincreshape - pinuputol ang isang hyperslab mula sa isang minc file (na may re-order ng dimensyon)

SINOPSIS

mincreshape [ ] .mnc .mnc

DESCRIPTION

Mincreshape's Ang pangunahing trabaho ay upang i-chop ang isang hyperslab mula sa isang minc file at ilagay ito sa isang bago
minc file. "Ano ang hyperslab?", tanong mo. Isa lamang itong multi-dimensional na kahon na tinukoy
na may panimulang index (isang vector na nagbibigay ng voxel coordinate) at isang count vector (isang bilang ng
voxel sa bawat axis). Ang isang slice mula sa isang volume ay isang hyperslab (na may bilang na 1
sa direksyon ng slice), ang isang maliit na bloke na nakuha mula sa isang malaking volume ay isang hyperslab, a
Ang solong echo volume mula sa isang multi-echo MRI dataset ay isang hyperslab, isang beses na punto sa labas ng a
dynamic acquisition ay isang hyperslab - makukuha mo ang ideya. Tingnan ang -simula, -bilang at
-dimrange mga opsyon para sa higit pang mga detalye kung paano ito gagawin (at tingnan ang mga halimbawa!). kung ikaw
ay kumukuha lamang ng isang punto sa kahabaan ng isang dimensyon, mayroon kang opsyon na gawin ang
dimensyon nawawala, kaya mincreshape nagbibigay sa iyo ng kakayahang bawasan ang dimensionality ng
isang minc file. Gayundin, hindi ka pinipilit na tukuyin ang isang hyperslab na nasa loob lamang
ang input file, maaari kang lumampas sa mga hangganan ng mga sukat sa input file, at
at saka maaari kang magbigay ng isang bilang na i-flip ang data kasama ang isang dimensyon.

Para bang hindi sapat ang lahat, mincreshape ay may kakayahang muling mag-order ng mga sukat. Ang pinaka
Ang malinaw na kaso ay ang pag-convert ng transverse na imahe sa isang coronal na imahe. Ngunit maaari mong i-type ang isang
listahan ng mga pangalan ng dimensyon upang makakuha ng arbitrary na pagkakasunud-sunod ng mga sukat.

Gusto mo pa!?! Okay, okay. Mincreshape gumagawa ng lahat ng operasyon ng minc library ICV
magagamit sa command line. Para sa mga gusto ang mga bagay na tinukoy, ang isang ICV ay isang imahe
conversion variable (huwag mo akong tanungin kung bakit ko ito tinawag) na karaniwang hinahayaan kang sabihin ang
data kung ano ang magiging hitsura nito. Sa madaling salita, gumagawa ito ng isang grupo ng mga conversion para sa iyo.
Kasama sa mga conversion na ito ang pagbabago ng uri, saklaw at normalisasyon ng mga halaga ng voxel,
pagpapalawak o pagkontrata ng mga larawan (sa pamamagitan ng pagdoble ng voxel o pag-average) upang magbigay ng tinukoy
laki ng imahe, at pag-convert ng mga imaheng vector sa scalar.

Para hindi ka malito hayaan mong sabihin ko sa iyo ng malinaw dito: mincreshape ginagawa ang lahat ng
Ang mga conversion ng ICV muna at pagkatapos ay inilapat ang hyperslab at mga bagay sa muling pag-order ng dimensyon
ang resulta niyan. Kaya kung gusto mong pagsamahin ang mga ito (tulad ng -imgsize, -simula, -bilang),
linawin mo muna sa isip mo.

Okay, humawak sa iyong upuan: narito ang isang listahan ng mga opsyon.

Opsyon

Tandaan na ang mga opsyon ay maaaring tukuyin sa pinaikling anyo (hangga't ang mga ito ay natatangi) at
maaaring ibigay kahit saan sa command line.

Pangkalahatan pagpipilian

-2 Lumikha ng MINC 2.0 format na mga output file.

- clobber
I-overwrite ang isang umiiral na file.

-noclobber
Huwag i-overwrite ang isang umiiral na file (default).

-salita
I-print ang impormasyon sa pag-unlad para sa bawat tipak ng data na kinopya (default). Isang tipak
nag-iiba-iba ang laki depende sa karamihan kung muli kang nag-order ng mga dimensyon o hindi at
gaano kalaki ang pinapayagang panloob na buffer.

-tahimik Huwag mag-print ng impormasyon sa pag-unlad.

-max_chunk_size_in_kb laki
Tukuyin ang maximum na laki ng buffer ng kopya (sa kbytes). Ang default ay 4096 kbytes
(4meg).

Imahen Conversion pagpipilian (pixel uri at saklaw):

Ang default para sa uri, sign at wastong saklaw ay ang gamitin ang mga nasa input file. Kung ang uri ay
tinukoy, pagkatapos ang parehong sign at valid na hanay ay itatakda sa default para sa ganoong uri. Kung ang tanda ay
tinukoy, pagkatapos ay itatakda ang wastong saklaw sa default para sa uri at tanda.

-type ng file
Huwag gumawa ng anumang uri ng conversion (default).

-byte Mag-imbak ng mga output voxel sa 8-bit na integer na format.

-maikli Mag-imbak ng mga output voxel sa 16-bit na integer na format.

-int Mag-imbak ng mga output voxel sa 32-bit na integer na format.

-haba Pinalitan ng -int.

-lumutang Mag-imbak ng mga output voxel sa 32-bit na floating point na format.

-doble
Mag-imbak ng mga output voxel sa 64-bit na floating point na format.

-pinirmahan
Isulat ang mga halaga bilang mga naka-sign integer (default para sa maikli at mahaba). Hindi pinansin para sa
mga uri ng floating point.

-walang pirma
Isulat ang mga halaga bilang mga unsigned integer (default para sa byte). Hindi pinansin dahil lumulutang
mga uri ng punto.

-valid_range minuto max
tumutukoy sa wastong hanay ng mga halaga ng output voxel sa kanilang integer na representasyon.
Ang Default ay ang buong hanay para sa uri at sign. Binabalewala ang opsyong ito para sa
mga halaga ng floating point.

-image_range minuto max
I-normalize ang mga larawan sa ibinigay na minimum at maximum na tunay na halaga (hindi voxel value).

- gawing normal
I-normalize ang mga imahe sa totoong minimum at maximum para sa buong input file.

-nonormalize
Huwag gawing normal ang mga larawan (default).

-nopixfill
Huwag i-convert ang mga out-of-range na value sa input file, kopyahin lang ang mga ito.

-pixfill
Palitan ang mga out-of-range na value sa input file ng pinakamaliit na posibleng value (default).

-pixfillvalue halaga
Tumukoy ng bagong pixel value para palitan ang mga out-of-range na value sa input file.

Imahen Conversion pagpipilian (dimensyon utos at laki):

-scalar
I-convert ang mga imaheng vector sa mga imaheng scalar (isang imahe ng vector ay isa sa vector_dimension
bilang ang pinakamabilis na iba't ibang dimensyon). Ang dimensyon ng vector ay tinanggal at ang mga halaga ay
katamtaman.

-noscalar
Huwag i-convert ang mga imaheng vector sa mga imaheng scalar (default).

+direksyon
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng positibong halaga ng hakbang para sa mga spatial axes. Tandaan na ang flipping
ng mga spatial axes ay nalalapat lamang sa "mga sukat ng imahe". Ito ang dalawang pinakamabilis
iba't ibang (hindi vector) na dimensyon sa file. Kung gusto mong i-flip ang isang hindi larawan
dimensyon, maaari mo itong i-convert sa isang dimensyon ng larawan gamit ang -lumiit dimname= -1 (Ang
-1 ay nangangahulugan na huwag talagang baguhin ang laki). Tingnan ang mga halimbawa.

-direksyon
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng negatibong halaga ng hakbang para sa mga spatial axes.

-anumang direksyon
Huwag i-flip ang mga larawan sa mga spatial axes (default).

+xdirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng positibong xspace:step na halaga (kaliwa-pakanan).

-xdirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng negatibong xspace:step na halaga (kanan-pakaliwa).

-xanydirection
Huwag i-flip ang mga larawan sa x-axis.

+ydirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng positibong yspace:step na halaga (posterior-to-anterior).

-ydirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng negatibong yspace:step na halaga (anterior-to-posterior).

-yanydirection
Huwag i-flip ang mga larawan sa kahabaan ng y-axis.

+zdirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng positibong zspace:step na halaga (inferior-to-superior).

-zdirection
I-flip ang mga larawan upang magbigay ng negatibong zspace:step na halaga (superior-to-inferior).

-zanydirection
Huwag i-flip ang mga larawan sa z-axis.

-keepaspect
Panatilihin ang aspect ratio kapag binabago ang laki ng mga larawan. Nangangahulugan ito na ang mga voxel ay ginagaya
(o na-average) sa parehong dami ng beses sa bawat dimensyon ng larawan.

-nokeepaspect
Huwag pilitin ang pagpapanatili ng aspect ratio kapag binabago ang laki ng mga larawan (default).

-imgsize laki
Tukuyin ang nais na laki ng imahe (ginamit kung -rowsize or -colsize hindi ibinigay).

-rowsize laki
Tukuyin ang nais na bilang ng mga hilera sa larawan.

-colsize laki
Tukuyin ang gustong bilang ng mga column sa larawan.

-lumiit sukat=laki
Tukuyin ang laki ng pinangalanang dimensyon (sukat=laki). Tandaan na ang pagbabago ng laki lamang
nalalapat sa "mga sukat ng imahe" - kadalasan ang dalawang pinakamabilis na pagkakaiba-iba (hindi vector)
mga sukat. Upang gawin ang pagpapalit ng sukat, lahat ng pinakamabilis na pagkakaiba-iba ng mga dimensyon hanggang sa
ang pinangalanang dimensyon ay ginawang mga sukat ng imahe, at pagkatapos ay maaapektuhan ang mga ito ng
ang mga pagpipilian sa direksyon. Ang pangalan at laki ng dimensyon ay dapat nasa isang command-line
argumento, kaya kung gumagamit ka ng mga puwang (na okay lang), tandaan na gumamit ng mga panipi upang itago ang mga ito
mula sa shell.

Pagbubuhos na pagpipilian:

-nakahalang
Isulat ang mga nakahalang hiwa.

-sagittal
Isulat ang mga hiwa ng sagittal.

-coronal
Isulat ang mga hiwa ng korona.

-dimorder dim1,dim2,dim3, ...
Tukuyin ang pagkakasunud-sunod ng dimensyon, kung saan madilim? ay ang mga pangalan ng mga sukat. Maaari kang magbigay
mas kaunting mga sukat kaysa sa umiiral sa file: ipinapalagay na sila ang pinakamabilis na pag-iiba-iba
mga sukat sa output file (kaya -nakahalang ay eksaktong katumbas ng -dimorder
zspace,yspace,xspace). Muli, pinapayagan ang mga puwang sa pagitan ng mga pangalan, ngunit tandaan na
itago ang mga ito mula sa shell na may mga quote.

-dimrange Sun.=simula[,bilangin]
Tukuyin ang hanay ng mga subscript ng dimensyon para sa dimensyon Sun.. Kung bilangin ay nawawala o
0, pagkatapos ito ay kinuha sa ibig sabihin ng 1, ngunit alisin ang dimensyon mula sa output file (a
ang bilang ng 1 ay magpapanatili ng sukat na 1). Isang negatibo bilangin ibig sabihin ay i-flip ang data
kasama ang sukat na iyon - sa kasong ito simula tumutukoy sa pinakamataas na voxel coordinate
para sa sukat (-dimrange xspace=3,-3 nagbibigay ng binaligtad na bersyon ng
-dimrange xspace=1,3). Ang mga pagpipilian -simula at -bilang magbigay ng alternatibong paraan upang
tukuyin ang parehong impormasyon.

-simula ugnayan0,ugnayan1,ugnayan2, ...

Tinutukoy ang panimulang sulok ng hyperslab (ang mga coordinate ay mula sa pinakamabagal na pagkakaiba-iba
sukat hanggang sa pinakamabilis). Kung mas kaunting mga coordinate ang ibinigay kaysa sa mga sukat na umiiral sa
file, pagkatapos ay ipinapalagay na nalalapat ang mga ito sa pinakamabagal na iba't ibang dimensyon at sa
ang natitirang mga coordinate ay nakatakda sa 0. Tingnan -dimrange para sa karagdagang detalye. pareho -simula at
-bilang magbigay ng mga vector na tumutugma sa mga sukat ng input file pagkatapos ng imahe
Nailapat na ang mga opsyon sa conversion (ICV).

-bilang size0,size1,size2, ...
Tinutukoy ang mga haba ng gilid ng hyperslab na babasahin (ang mga coordinate ay mula sa pinakamabagal na pagkakaiba-iba
sukat hanggang sa pinakamabilis). Kung mas kaunting laki ang ibinigay kaysa sa mga sukat na umiiral sa file,
pagkatapos ay ipinapalagay na nalalapat ang mga ito sa pinakamabagal na iba't ibang dimensyon at sa natitira
nakatakda ang mga sukat sa buong sukat ng dimensyon. Tingnan mo -dimrange para sa karagdagang detalye.
Kapwa -simula at -bilang magbigay ng mga vector na tumutugma sa mga sukat ng file ng input pagkatapos
nailapat na ang mga opsyon sa conversion ng imahe (ICV).

Nawawala data na pagpipilian:

-nofill
Gumamit ng halagang zero para sa mga puntos sa labas ng dami ng input (default).

-punan Gumamit ng fill value para sa mga point sa labas ng input volume (minimum possible value).

-fillvalue halaga
Tumukoy ng halaga ng punan para sa mga puntos sa labas ng dami ng input (ito ay isang tunay na halaga,
hindi isang halaga ng pixel).

Panlahat pagpipilian para lahat utos:

-tulong I-print ang buod ng mga opsyon sa command-line at paglabas.

-version
I-print ang numero ng bersyon ng programa at lumabas.

Mga HALIMBAWA:

Ipagpalagay na mayroon kaming isang volume na may mga sukat na zspace, yspace, xspace (na transverse)
at mga sukat na 128, 256, 256. Kung gusto nating makakuha ng slice 40 mula dito (pinapanatili ang coordinate
impormasyon para sa dimensyon ng zspace), pagkatapos ay magagamit natin

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

Bilang kahalili, maaari naming gamitin

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

O simpleng

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -count 1

Kung gusto naming alisin ang dimensyon ng zspace, maaari naming gamitin

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Kumuha tayo ng isang bloke sa gitna at i-flip ito sa xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-simula 40,10,240 -bilang 1,200,-200

Ngunit bakit pinipigilan ang sarili? Lumabas tayo sa labas ng hangganan:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-simula 40,-100,340 -bilang 1,200,-200

Kung gusto mo ng sagittal volume, gamitin ito:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

Paano ang tungkol sa ilang patagilid na ulo - i-flip ang x at y. At i-convert sa byte upang makatipid ng espasyo habang
kami ay nasa ito:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Gusto mong mag-imbak ng mga volume sa x,y,z na order (z ang pinakamabilis na pagkakaiba-iba! May kilala akong ilang tao na
gawin mo!)? Sige.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Ngunit ikaw ay isang minimalist (at huwag isiping kumuha ng pagkakataon). Narito ang parehong bagay (ngunit ito
maaaring masira para sa isa pang file):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Siguraduhin natin na ang lahat ng dimensyon ay may negatibong katangian ng hakbang (tingnan ang opsyon +direksyon
para sa ilang detalye):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Gumamit ng mincreshape online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net