Ito ang command na mirabait na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
mirabait - pumili ng mga nabasa mula sa isang nabasang koleksyon
SINOPSIS
mirabait [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] baitfile infile
DESCRIPTION
mirabait pumipili ng mga nabasa mula sa isang koleksyon ng nabasa na bahagyang katulad o katumbas ng
mga sequence na tinukoy bilang mga target na pain. Ang pagkakatulad ay tinukoy sa pamamagitan ng paghahanap ng isang user-adjustable
bilang ng mga karaniwang k-mer (mga pagkakasunud-sunod ng k magkakasunod na base) na pareho sa pain
mga sequence at ang mga na-screen na sequence na pipiliin, alinman sa pasulong o pabalik
umakma sa direksyon.
Opsyon
-f
i-load ang ganitong uri ng mga file ng proyekto, kung saan ang fromtype ay:
caf sequence mula sa CAF
maf sequence mula sa MAF
phd sequence mula sa isang PHD
gbf sequence mula sa isang GBF
fasta sequence mula sa isang FASTA
fastq sequence mula sa isang FASTQ
-t
isulat ang mga pagkakasunud-sunod sa ganitong uri (maraming pagbanggit ng -t pinapayagan):
fasta sequence sa FASTA
fastq sequence sa FASTQ
caf sequence sa CAF
maf sequence sa MAF
txt sequence names sa text file
-k k-mer, haba ng pain sa mga base (<32, default=31)
-n Min. bilang ng mga k-mer pain na kailangan (default=1)
-i Inverse hit: nagsusulat lang ng mga sequence na hindi tumatama sa pain
-r Walang pagsusuri sa reverse complement na direksyon
-o fastq quality Offset (para lang sa -f = 'fastq') Offset ng mga halaga ng kalidad sa FASTQ
file. Default: 33 Ang isang halaga ng 0 ay sumusubok na awtomatikong makilala.
-f
i-load ang ganitong uri ng mga file ng proyekto, kung saan ang fromtype ay:
caf sequence mula sa CAF
maf sequence mula sa MAF
phd sequence mula sa isang PHD
gbf sequence mula sa isang GBF
fasta sequence mula sa isang FASTA
fastq sequence mula sa isang FASTQ
-t
isulat ang mga pagkakasunud-sunod sa ganitong uri (maraming pagbanggit ng -t pinapayagan):
fasta sequence sa FASTA
fastq sequence sa FASTQ
caf sequence sa CAF
maf sequence sa MAF
txt sequence names sa text file
-k k-mer, haba ng pain sa mga base (<32, default=31)
-n Min. bilang ng mga k-mer pain na kailangan (default=1)
-i Inverse hit: nagsusulat lang ng mga sequence na hindi tumatama sa pain
-r Walang pagsusuri sa reverse complement na direksyon
-o fastq quality Offset (para lang sa -f = 'fastq') Offset ng mga halaga ng kalidad sa FASTQ
file. Default: 33 Ang isang halaga ng 0 ay sumusubok na awtomatikong makilala.
Gumamit ng mirabait online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
