sam-stats - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

sam-stats - ea-utils: gumawa ng mga digested na istatistika

SINOPSIS

sam-stats [pagpipilian] [file1] [file2...filen]

DESCRIPTION

Bersyon: 1.38.681

Gumagawa ng maraming madaling natutunaw na istatistika para sa mga nakalistang file

Mga Opsyon (default sa parens):

-D Subaybayan ang maraming pagkakahanay -O PREFIX Output pagpapagana ng prefix
pinahabang output (tingnan sa ibaba) -R FIL Coverage/RNA output (coverage, 3' bias, atbp,
nagpapahiwatig -A) -A Iulat ang lahat ng chr sig, kahit na higit sa 1000 -b Int
Bilang ng mga babasahin na isasampol para sa per-base stats (1M) -S INT Sukat ng ascii-signature
(30) -x FIL File extension para sa paghawak ng maramihang mga file (stats) -M Lamang
i-overwrite kung mas bago (kailangan -x, o maramihang mga file) -B Ang input ay bam, huwag
abala sa pagtingin sa magic -z Huwag mabigo kapag zero entries sa sam

OUTPUT:

Kung ang isang file ay tinukoy, ang output ay sa standard out. Kung marami ang mga file
tinukoy, o kung ang -x ang opsyon ay ibinigay, ang output file ay . . Default
Ang extension ay 'stats'.

Kumpletong Stats:


: ibig sabihin, max, stdev, median, Q1 (25 percentile), Q3

reads : # ng mga entry sa parehong file, maaaring hindi # reads

phred : phred scale na ginamit

bsize : # reads na ginamit para sa qual stats

mga binasa sa mapa
: bilang ng mga nakahanay na nabasa (natatanging probe id sequence)

mga naka-map na base
: kabuuan ng mga haba ng mga nakahanay na nabasa

pasulong
: bilang ng mga binasang nakahanay sa pasulong

baligtarin
: bilang ng reverse-aligned reads

snp rate
: hindi tugmang mga base / kabuuang base (snv rate)

ins rate
: ipasok ang mga base / kabuuang base

del rate
: tinanggal na mga base / kabuuang base

pct mismatch
: porsyento ng mga nabasa na may mga hindi tugma

pct align
: porsyento ng mga nabasa na nakahanay

len
: basahin ang mga istatistika ng haba, hindi pinansin kung nakapirming-haba

mapq
: stats para sa mga katangian ng pagmamapa

ipasok
: stats para sa mga laki ng insert

% : porsyento ng mga naka-map na base sa bawat chr, na sinusundan ng isang lagda

Naka-subsample stats (1M bumabasa max):
base qual : stats para sa mga batayang katangian %A,%T,%C,%G : base percentages

Ibig sabihin of ang per-chromosome lagda:
Isang ascii-histogram ng mga nakamapang nabasa ayon sa posisyon ng chromosome. Ito ay output lamang kung ang
may header ang orihinal na SAM/BAM. Ang mga halaga ay ang log2 ng # ng mga nakamapang nabasa sa
bawat posisyon + ascii '0'.

Pinahaba output paraan naglalabas a itakda of file:
.stats : pangunahing output

.fastx : fastx-toolkit na katugmang output

.rcov : mga bilang at saklaw ng bawat reference

.xdist : mismatch distribution

.ldist : haba ng pamamahagi (kung naaangkop)

.mqdist
: pagbabahagi ng kalidad ng pagmamapa

Gumamit ng sam-stats online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net