Ito ang Linux app na pinangalanang BarraCUDA Fast Short Read Aaligner na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang barracuda_0.7.107h.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang BarraCUDA Fast Short Read Aligner sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
BarraCUDA Mabilis na Maikling Pagbasa Aligner
DESCRIPTION
Ang Barracuda ay isang high-speed sequence aligner batay sa Sanger's BWA at ginagamit ang pinakabagong Nvidia CUDA architecture para sa pagpapabilis ng mga alignment ng sequence reads na nabuo ng mga susunod na henerasyong sequencer.
Mga tampok
- Inayos ang mga problema sa pag-compile ng software sa Ubuntu 16.04
- Tweak: Inalis na ngayon ang SAMPE 8-core na limitasyon
- FM-index sequencing read mapper software gamit ang NVIDIA CUDA acceleration
- Mga output sa SAM na format para sa downstream na pagsusuri
- Nangangailangan ng NVIDIA graphics card na may compute capability na 3.5 o mas mataas at hindi bababa sa 1GB VRAM
- Nangangailangan ng NVIDIA CUDA SDK toolkit 6.x o mas mataas at NVIDIA driver 340 o mas mataas
- Na-publish ang BarraCUDA sa BMC Research Notes 2012, 5:27, doi:10.1186/1756-0500-5-27
- URL ng papel: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Ang proyektong ito ay sinusuportahan ng CUDA center of excellence sa Cambridge University
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
C++, C
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.