Ito ang Linux app na pinangalanang piv_clustering upang tumakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang piv_clustering_1.3.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang piv_clustering upang tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
piv_clustering upang tumakbo sa Linux online
DESCRIPTION
Ang program na ito ay nagbibigay-daan upang magsagawa ng structural cluster analysis ng atomic trajectories na nakuha, hal, mula sa molecular dynamics simulation.Sa pagkakaiba-iba sa iba pang mga diskarte, posibleng pag-aralan din ang mga proseso sa solusyon, hal, mga kemikal na reaksyon sa likidong tubig, dahil ang sukatan ng distansya ay batay sa isang Permutation Invariant Vector (PIV) na simetriko sa ilalim ng pagpapalitan ng magkakahawig na mga atomo o molekula, kabilang ang sa parehong footing parehong solute at solvent na antas ng kalayaan. Ang diskarte ay pangkalahatan at ang kahulugan ng PIV ay nangangailangan lamang na tukuyin ang hanay ng mga interatomic na distansya na nauugnay para sa prosesong pinag-aaralan. Bilang kahalili, maaari ding gamitin ang SPRINT topological coordinate, na partikular na angkop para sa mga nanostructure.
Ang output ay isang partitioning ng trajectory sa ilang structural cluster (ibig sabihin, set ng mga frame), na nagbibigay-daan para sa mas simpleng pagsusuri at visualization.
Pakibasa at banggitin ang Gallet & Pietrucci, J. Chem. Phys. 139, 074101 (2013)
Mga tampok
- Structural clustering ng atomistic trajectories
- Permutation invariance: crystals, amorphous solids, liquids, nanostructures
- Sinusuportahan ang lahat ng simulation cell (mula sa orthorombic hanggang triclininc)
- Parallel na pagpapatupad ng MPI
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Fortran
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
