Ito ang Linux app na pinangalanang SnowyOwl na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang SnowyOwl na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
SnowyOwl
DESCRIPTION
Ang SnowyOwl ay isang gene prediction pipeline na gumagamit ng RNA-Seq data para sanayin at magbigay ng mga pahiwatig para sa pagbuo ng Hidden Markov Model (HMM) na nakabatay sa gene prediction, at para suriin ang mga resultang modelo. Ang pipeline ay napatunayan at na-streamline sa pamamagitan ng paghahambing ng mga hula nito sa manu-manong na-curate na mga modelo ng gene sa tatlong fungal genome, at ang mga resulta nito ay nagpapakita ng malaking pagtaas sa sensitivity at selectivity sa mga nakaraang hula ng gene. Nakukuha ang sensitivity sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagpapatakbo ng HMM gene predictor na si Augustus na may iba't ibang parameter ng input, at selectivity sa pamamagitan ng pagpili ng mga modelong may pinakamahusay na homology sa mga kilalang protina at pinakamahusay na kasunduan sa data ng RNA-Seq. Matagumpay na nahula ng SnowyOwl ang mga gene sa 26 nobelang fungal genome.
Maaaring lokal na mai-install ang pipeline para sa mataas na throughput at kontrol sa configuration. Maaari din itong patakbuhin sa isang malayong server sa pamamagitan ng isang maginhawang web interface para sa paminsan-minsang paggamit.
Mga tampok
- Paghula ng gene gamit ang data ng RNA-Seq
- Mataas na pagiging sensitibo at pagtitiyak
- Na-streamline at na-validate ang pipeline gamit ang manu-manong na-curate na mga modelo ng gene
- Lubos na na-configure
- Default na configuration para sa ascomycete at basidiomycete fungi
- I-install at patakbuhin nang lokal para sa kontrol at flexibility
- Patakbuhin nang malayuan sa pamamagitan ng isang web interface para sa kaginhawahan
Audience
Agham/Pananaliksik, Mga Advanced na End User
Interface ng gumagamit
Nakabatay sa web, Command-line, GTK+
Wika ng Programming
Python, PHP
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
