Ito ang Linux app na pinangalanang SOAP3-DP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang SOAP3-DP na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
SOAP3-DP
DESCRIPTION
Pinakabagong Code sa GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
Ang SOAP3-dp, sa pamamagitan ng paggamit ng computational power ng parehong CPU at GPU na may mga naka-optimize na algorithm, ay naghahatid ng mataas na bilis at sensitivity nang sabay-sabay. Kung ikukumpara sa malawak na pinagtibay na mga aligner kabilang ang BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM at GPU-based na mga aligner na BarraCUDA at CUSHAW, ang SOAP3-dp ay nakitang dalawa hanggang sampu-sampung beses na mas mabilis, habang pinapanatili ang pinakamataas na sensitivity at pinakamababang false discovery rate (FDR ) sa mga babasahin ng Illumina na may iba't ibang haba. Ang SOAP3-dp ay native na sumusuporta sa BAM file format at nagbibigay ng parehong scoring scheme gaya ng BWA, na nagbibigay-daan dito na maisama sa mga kasalukuyang pipeline ng pagsusuri.
Sipi: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: Mabilis, Tumpak at Sensitibong GPU-Based Short Read Aaligner. PLoS ONE 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Console/Terminal
Wika ng Programming
C++, C
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding makuha mula sa https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
